2013 Fiscal Year Annual Research Report
全エクソンシークエンスによる自閉症スペクトラム障害多発家系の遺伝研究
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24791199
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
桑原 斉 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (50456117)
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| Keywords | 自閉症スペクトラム障害 / エクソンシークエンス / 多発家系 |
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| Research Abstract |
本研究のために、自閉症スペクトラム障害（autism spectrum disorder; ASD）多発家系（発端者、双子の弟、父親、長姉、弟が罹患者、母、次姉、兄が非罹患者）において、健常者も含めた家系構成員8名から、末梢血を採取した。採取した白血球よりゲノムDNAを抽出した。遺伝形式として優性遺伝を想定し、多発家系構成員全8名のDNAサンプルを対象に全エクソンシークエンスを行った。
サンプルDNAを断片化し、Agilent Sure SelectによりDNAを濃縮し、Illumina Hiseq2000によるシークエンスに用いた。Hiseq2000による解析で鋳型DNAの両末端100塩基の配列を決定した。Hg19を参照配列として、CLC Genomics Workbench softwareによる解析を行った。得られた100塩基のDNA配列はpair endとしてmappingした。10倍以上のcoverageを持つ変異を対象に以後の解析を行った。
発端者では、116,607個の変異が見出された。エクソン領域で病因となる多型/変異は、コードするタンパク質の変化を伴うことが想定されるため、病因となる候補変異をアミノ酸の非同義置換を伴うものと、挿入/欠失を伴うものに限定した結果、13,187個の変異が残った。これらの変異のうち、5名の罹患者全てで見出された変異が8,174個で、非罹患者3名が持つ変異を除いたところ、298個の変異が残った。さらに、浸透率が高く稀な変異がASDの病因になっている可能性が高いと考え、候補変異をデータベースに掲載されていない多型/変異に限ったところ最終的に8個の変異が残った。これら8個の変異が位置する遺伝子のいずれかがASDの原因遺伝子である可能性が高いと考えた。今後、見出された遺伝子の機能を検討しASDの原因遺伝子を同定する必要がある。
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[Journal Article] Altered Metabolites in the Plasma of Autism Spectrum Disorder: A Capillary Electrophoresis Time-of-Flight Mass Spectroscopy Study2013
Author(s)
Kuwabara H, Yamasue H, Koike S, Inoue H, Kawakubo Y, Kuroda M, Takano Y, Iwashiro N, Natsubori T, Aoki Y, Kano Y, Kasai K
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Journal Title
PloS one
Volume: 8
Pages: e73814
DOI
Peer Reviewed
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