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2013 Fiscal Year Annual Research Report

電子線結晶学と酵素化学的研究に基づいた胃プロトンポンプのユニークな作動機構の解明

Research Project

Project/Area Number 24870014
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

阿部 一啓  名古屋大学, 細胞生理学研究センター, 助教 (60596188)

Project Period (FY) 2012-08-31 – 2014-03-31
Keywords胃プロトンポンプ / P型ATPase / 膜タンパク質 / 電子線結晶学 / 極低温電子顕微鏡
Research Abstract

本研究課題は、電子線結晶学による構造解析を柱とした、胃プロトンポンプ H+,K+-ATPaseの駆動によって作り出されるpH1(細胞内外で100万倍のH+濃度勾配)という胃内部での高い酸性環境を作り出す作動機構の解明である。
前年度に、電子線結晶学によって輸送イオンが結合した状態の構造解析を達成したが(Abe K. et al., 2012, PNAS)、この構造解析を裏付ける為に、当該年度はRb+を用いた輸送イオン閉塞量の測定及び反応速度論的な解析を行った。得られた結果は昨年度の構造解析の結果と併せて、学会にて発表した。
また、分子機構のより詳細な構造学的理解の為には、分解能の向上と立体構造解析の効率化が不可欠であり、そのような観点から、電子線結晶学の為のサンプル調整法の改良について行った。H+,K+-ATPaseの二次元結晶は非常に脆く、サンプル調整時の乾燥やこれに伴う塩濃度の変化によって容易に崩壊する。カーボンサンドウィッチ法と呼ばれる、二枚の薄いカーボン膜の間に二次元結晶を挟むことで、急速な乾燥が抑えられ、分解能が向上することが示された。また、電子顕微鏡特有の傾斜像撮影時に起こるcharge-induced image shiftという現象が劇的に軽減され効率的なデータ収集が可能になったことを示した。この方法は、H+,K+-ATPase作動機構理解の為の構造解析になくてはならない手法であり、また同様に他の親水性領域を多く含む膜タンパク質の二次元結晶にも応用可能である。この結果は論文として発表した(Yan F. and Abe K. et al., 2013, Microscopy)。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (8 results)

All 2013 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 4 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] 1. Carbon sandwich preparation preserves quality of two-dimensional crystals for cryo-electron microscopy.2013

    • Author(s)
      Yang, F., Abe, K., Tani, K. & Fujiyoshi Y.
    • Journal Title

      Microscopy (Oxf)

      Volume: 62 Pages: 597-606

    • DOI

      10.1093/jmicro/dft038

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 胃プロトンポンプの極低温電子顕微鏡による構造解析2013

    • Author(s)
      阿部一啓
    • Organizer
      大阪大学タンパク質研究所セミナー 第4回神経科学と構造生物学の融合研究会
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      20131120-20131121
    • Invited
  • [Presentation] 電子顕微鏡のイメージから膜タンパク質の立体構造を再構成する2013

    • Author(s)
      阿部一啓
    • Organizer
      第23回分析化学講習会 愛知地区講演会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20131025-20131025
    • Invited
  • [Presentation] Biochemical and Electron crystallographic Studies of Gastric Proton Pump2013

    • Author(s)
      Abe K.
    • Organizer
      The 86th Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society,
    • Place of Presentation
      Yokohama
    • Year and Date
      20130912-20130912
  • [Presentation] 胃プロトンポンプの生化学と電子線結晶構造解析2013

    • Author(s)
      阿部一啓
    • Organizer
      日本生化学会平成25年度奨励賞受賞講演
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      20130911-20130911
    • Invited
  • [Presentation] Cryo-EM structures of gastric proton pump.2013

    • Author(s)
      Abe K.
    • Organizer
      FAOBMB Mini-symposium
    • Place of Presentation
      Iwate Medical University
    • Year and Date
      20130406-20130406
    • Invited
  • [Remarks] 名古屋大学 細胞生理学研究センター

    • URL

      http://www.cespi.nagoya-u.ac.jp/

  • [Remarks] 名古屋大学 創薬科学研究科

    • URL

      http://www.ps.nagoya-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2015-05-28  

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