2024 Fiscal Year Research-status Report
口腔細菌が引き金となる腸管dysbiosisの理解とその予防に向けたリスク因子の特定
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24K02660
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
影山 伸哉 九州大学, 歯学研究院, 准教授 (90822495)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
古田 美智子 九州大学, 歯学研究院, 准教授 (20509591)
二宮 利治 九州大学, 医学研究院, 教授 (30571765)
竹下 徹 九州大学, 歯学研究院, 教授 (50546471)
坂田 智子 九州大学, 医学研究院, 講師 (50815016)
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| Project Period (FY) |
2024-04-01 – 2027-03-31
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| Keywords | マイクロバイオーム / ロングリードシークエンサー / 次世代シークエンサー / 16S rRNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、唾液検体ならびに便検体のマイクロバイオーム解析を行った。以前の研究でも同様のマイクロバイオーム解析を行ったが、本研究では検体数を大幅に増やして解析を行う。唾液検体、便検体からのDNA抽出はすでに完了しており、PCR法を用いて採取した検体に含まれる16S rRNA遺伝子の全長を網羅的に増幅した。プライマーにはサンプル識別用の8塩基のタグ配列を付与した8Fと1492Rを使用した。現在、ロングリードシークエンサーのPacBio Revioを用いて、得られた増幅断片の塩基配列データを取得中である。この解析手法では細菌の識別に用いる16S rRNA遺伝子の可変領域（V1-V9領域）の塩基配列が全て解読されるため、遺伝子の相同性の高い細菌についても高解像度に識別することが可能となる。そのため、口腔マイクロバイオームと腸管マイクロバイオームから検出された細菌が同一細菌かどうかをより高精度に検証できる。今後塩基配列データが揃い次第、詳細なマイクロバイオーム解析を行なっていく予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
唾液検体、便検体について、16S rRNA遺伝子の全長をターゲットにしたPCRが完了し、さらにロングリードシークエンサーのPacBio Revioによるシークエンスに着手しており、順調に解析が進んでいるため。
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| Strategy for Future Research Activity |
十分な塩基配列データが揃い次第、唾液マイクロバイオームと腸管マイクロバイオームの関連性について詳細な解析を行なっていく。
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| Causes of Carryover |
現在シークエンス解析を実施中で想定数のシークエンスが完了しておらず次年度使用額が生じた。次年度のシークエンスに使用する。
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