2024 Fiscal Year Research-status Report
Pathological significance of mRNA alternative splicing in oral/head and neck squamous cell carcinoma
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24K12895
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
阿部 達也 新潟大学, 医歯学系, 助教 (70634856)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
凌 一葦 新潟大学, 医歯学系, 助教 (70804540)
大橋 瑠子 新潟大学, 医歯学系, 教授 (20447600)
山崎 学 新潟大学, 医歯学系, 准教授 (10547516)
田沼 順一 新潟大学, 医歯学系, 教授 (20305139)
丸山 智 新潟大学, 医歯学総合病院, 講師 (30397161)
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| Project Period (FY) |
2024-04-01 – 2027-03-31
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| Keywords | 頭頸部扁平上皮癌 / RNA / 選択的スプライシング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、癌におけるmRNA選択的スプライシングに注目し、口腔癌を含む頭頸部扁平上皮癌に特異的なRNA選択的スプライシングバリアントおよびスプライシングシグネチャー（複数のスプライシングバリアントから構成されるパターン）を明らかにし, さらにその病理形態像との関連性や機能的意義を解明することを目的としている。
初年度は、公開データベースを用いた頭頸部扁平上皮癌のmRNA選択的スプライシングバリアント解析において、複数の統計学的手法を組み合わせることで、頭頸部扁平上皮癌を生命予後の観点で高リスク群・低リスク群に層別化することができるスプライシングイベントの組み合わせが見出された。いくつかのスプライシングの種類がある中で、エクソンスキッピングに絞った場合、最も予後予測性能の指標が優れていることが示された。また、高リスク群/低リスク群の層別化と臨床病理学的因子との関連性の検討したところ、リンパ節転移病変における節外浸潤や神経周囲浸潤の有無などとの関連性が示唆された。同時に、自施設の口腔扁平上皮癌臨床病理検体を用いたRNAseq解析のため、症例選定と臨床病理学的情報の収集を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
初年度に予定していた公開データベースを用いた頭頸部扁平上皮癌の予後関連スプライシングイベントの同定と、臨床検体によるRNAseqのための症例抽出が実施された。一方、病理形態所見との関連性を検討するための画像解析モデルの構築は、2024年度では大きな進展はなかったが、2025年度よりモデル構築を発展させる予定であることから、おおむね順調に進展していると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
自施設の口腔扁平上皮癌外科切除検体の病理標本より抽出したRNAを用いて、 mRNAスプライシングイベントの検証をRNAseqを用いて行う予定であり、2025年度初頭に解析が開始できる見込みである。また、癌におけるmRNA選択的スプライシングと病理形態所見の関連性を検討するための画像解析モデルを国内外の共同研究先と構築する。
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| Causes of Carryover |
初年度に予定していた一部のRNA解析を2025年度に一括して行う予定としたため、次年度使用額が生じた。
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