「一重まぶた・二重まぶた」を推定するSNP検査キット「Eyelid-plex」の構築

2024 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 24K13553
• Research Institution: Juntendo University
• Principal Investigator: 齋藤 一之 順天堂大学, 医学部, 教授 (10215535)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 中西 宏明 順天堂大学, 医学部, 准教授 (90392274)
• Project Period (FY): 2024-04-01 – 2027-03-31
• Keywords: 眼瞼形態 / SNP

Outline of Annual Research Achievements

2024年度は、倫理審査の申請と、実施許可後は一重まぶたまたは二重まぶたの人のサンプル採取を行った。合計62名から協力を得られ、サンプルからDNA抽出とDNAの定量を行った。十分量DNAを抽出できたサンプルから、一重まぶたと二重まぶた各10人ずつ抽出し、エクソーム解析を行った。
一重まぶたを潜性集団・二重まぶたを顕性集団としたとき、変異の絞り込み条件を、①潜性集団群のうち閾値以上の割合のサンプルでホモ型であり、かつ、顕性集団群のうち閾値以上の割合のサンプルでホモ型ではない変異、②ゲノム上の同一箇所に複数のSNPが検出された場合、潜性集団群内で最も割合の高いSNPを対象とする、③対象外のSNPのホモ型が顕性集団群内に存在する場合、上記条件の「ホモ型ではない」に該当する（例：リファレンス配列がT、潜性集団群が（AA、AA）、顕性集団群が（CT、CC）のとき、絞り込みの対象とする）とした場合、閾値1.0では候補SNPを選出することができず、0.9で3個のSNP、0.8では数十個のSNPが候補として挙げられた。また、一重まぶた群をReferenceの塩基とは異なる塩基のホモであると仮定したとき、遺伝子頻度の違いで絞り込むと、6個のSNPが候補として挙がった。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

目標であるエクソーム解析を実施することができ、そのデータ解析も始められたため。

Strategy for Future Research Activity

エクソーム解析の詳細なデータ解析を引き続き行い、候補SNPを絞り込む。次に、既報のSNPとあわせて、エクソーム解析に用いた提供者とは別の一重まぶた・二重まぶた各50人くらいを対象として、SNPのデータを取る。

Causes of Carryover

当初は一重まぶた家族と二重まぶた家族でWhole genome sequence (WGS)を実施する予定であったが、一重まぶた家族のサンプルが集められず、一重まぶた・二重まぶた各10人でWGSより安価なエクソーム解析を実施することにしたため、若干、予算とのずれが生じた。
2025年度は、一重まぶた・二重まぶた各50人分のDNA抽出と候補SNP型判定の費用に充てる予定である。