クライオ電子顕微鏡による生体分子モーターの立体構造と機能の解明

2013 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 25000013
• Research Institution: Osaka University
• Principal Investigator: 難波 啓一 大阪大学, 生命機能研究科, 教授 (30346142)
• Project Period (FY): 2013-04-26 – 2018-03-31
• Keywords: 生物物理 / ナノバイオ / ナノマシン / 分子モーター

Research Abstract

当初の計画どおりに電子線直接検知型の高感度・高解像度CMOSカメラを導入し、加速電圧300 kVのクライオ電子顕微鏡に装備した。高感度・高解像度の画像記録性能を確認するとともに、毎秒5フレームの高速画像収集能を活用し、試料ステージの機械的な動きや電子線照射による帯電等で生じる像ブレを画像処理により補正して像の解像度を格段に高めるモーショントラッキングの効果を確認した。CMOSチップは1600万画素(4k×4k)であるが、毎秒400フレームで記録される各画像を実時間処理して実現される超高解像度モードでは総画素数6400万(8k×8k)で画像データは128メガバイトになる。実際の像記録では0.2秒ごとに積算するが、超高解像度モード安定動作のため照射電子線密度を落として5秒露出にすると3.2ギガバイトとなる。この計25フレームをモーショントラッキングによる像ブレ補正に使う。大容量データを高速転送にも対応して通常の顕微鏡像撮影に効率よく使えるよう様々な技術的課題を洗い出し、記憶媒体にSSDを導入するなどして問題の解決策を講じた。
生体超分子の構造解析も並行して進めた。武藤グループと共同で進めているダイニンストーク微小管複合体の構造解析では、3次元密度マップをもとに構築した分子モデルに、チューブリン遺伝子の改変でモーター括性ごに必須と同定された2つのアミノ酸残基が関与する一対の逆向きイオン結合を同定し、機能と構造の重要な相関を明らかにした。骨格筋の細いフィラメントでは、クライオ電子顕微鏡像による低分解能構造を指標にして、ワタリガニからアクチン繊維トロポミオシン・トロポニン複合体を効率よく単離精製できる条件を検討した。試料の生化学的解析では収縮制御能を持つ複合体が安定に存在するにもかかわらず、急速凍結グリッドでクライオ電子顕微鏡像を解析するとアクチン繊維の75%からトロポミオシン・トロポニンが脱離していたため、低濃度グルタルアルデヒドで緩やかに架橋して複合体の安定化を試み、ほぼすべてのアクチン繊維にトロポミオシン・トロポニンの結合した構造を確認した。
べん毛モーターやニードル複合体の構造解析についても高分解能をめざした努力と工夫により一定の成果が得られている。顕微光学ナノ計測によるべん毛モーターやその変異体の機能解析では高速カメラとレーザー光学系による高時間分解能の回転計測を行い、高速回転におけるステップ動作が見え始めている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計画通り初年度予算で導入した電子線直接検知型の高感度・高解像度CMOSカメラは、これまで使用してきた電子光子変換受容型CCDカメラと性質や動作がかなり異なるため、性能確認と通常の連続使用のための環境整備に予測以上の時間と労力を要したが、さまざまな技術的課題を克服し、通常のクライオ電子顕微鏡による像データ収集が可能となった。低温試料ステージの改造についても、電子顕微鏡メーカーの技術者との協議による設計仕様の策定に長時間を費やしたが、これも年度内に終えることができた。
ダイニンストーク微小管複合体の構造解析では、機能解析でモーター活性に必須と同定されたチューブリンの2つのアミノ酸残基が分子モデル上で一対の逆向きイオン結合に寄与していることを見出し、機能構造相関を明らかにして論文を投稿した。筋収縮制御メカニズムの解明を目指す骨格筋の細いフィラメントの構造解析では、単離精製試料の生化学的解析では収縮制御機能を持つ複合体が安定であるにもかかわらず、急速凍結グリッドで観察される繊維構造ではアクチン繊維の75%からトロポミオシン・トロポニンが脱離しており、像データ収集に多大な困難が予想されたが、緩やかな架橋で問題を解決することができた。
べん毛モーターやニードル複合体についても、クライオ電子顕微鏡像の解析の工夫により高分解能構造解析への目処がつきつつある。べん毛モーターや変異体の顕徴光学ナノ計測による機能解析では、高速カメラとレーザー光学系により高速回転でのステップ動作が見え、本格的なデータ収集を開始した。当初は導入計画のなかった倒立型リサーチ顕微鏡と画像解析ソフトウェアにより蛍光像で長時間の間欠的経時観察が可能になり、べん毛のモーター回転やタンパク質輸送に関わる構成タンパク質の離合集散を安定に観察できるようになった。

Strategy for Future Research Activity

初年度に設計仕様を固めたクライオ電子顕微鏡の低温試料ステージと電子工学系の改造については、繰り越した平成25年度予算でメーカー(日本電子(株))に詳細設計を依頼し、詳細設計完了後は平成26年度予算により装置の製作を完了する予定である。電子顕微鏡への実装は平成27年度初めとなるが、高解像度像データの自動収集も可能になる。
装置開発と並行して、現有のクライオ電子顕微鏡と初年度に導入した高感度・高解像度CMOSカメラの性能を最大限に活用して、高分解能の像データを多数収集することにより、当初の計測に沿って様々な超分子モーターの立体構造解析を進める。ダイニンストーク微小管複合体の構造解析では、すでに3次元密度マップをもとに複合体の分子モデルを構築し、モーター活性に必須と同定された2つのアミノ酸残基が関与する一対の逆向きイオン結合を同定したが、ダイニンストークと微小菅の結合が安定でなく、立体構造の分解能は微小管部分で8Å、ダイニンストークでは10Å程度に留まり、すべての2次構造が明確に見えているとは言い難い。骨格筋の細いフィラメントでも同様の結合不安定性が観察され、単離精製した試料水溶液の生化学的解析では収縮制御機能を有するアクチン繊維トロポミオシン・トロポニン複合体が安定に存在するにもかかわらず、急速凍結氷包埋グリッドで撮影したクライオ電子顕微鏡像ではアクチン繊維の75%からトロポミオシン・トロポニンが脱離していた。そこで、低濃度グルタルアルデヒドによる緩やかな架橋を試みたところ、ほぼすべてのアクチン繊維にトロポミオシン・トロポニンの結合した構造を確認することに成功した。よって、この緩やかな架橋法を、ダイニンストーク微小管複合体やべん毛モーターなどさまざまな超分子複合体にも応用し、複合体の構造をできる限り安定化することで高分解能の立体構造解析ができるものと期待する。
べん毛モーターのトルク発生とその制御機構を解明するための一分子光学ナノ計測法による回転計測では、これまで1～3 Hzの低速回転でしか見えなかったステップ動作が、超高速カメラとレーザー光学系により100 Hz以上の高速回転でも見えるようになった。今後は固定子や回転子構成タンパク質に様々な変異を持つモーターについても多くのデータを収集して詳細に解析することにより、トルク発生の素過程に迫る。倒立型リサーチ顕微鏡による蛍光像の間欠的経時観察でも、今後さまざまなべん毛タンパク質のダイナミックな離合集散を観察することで、トルク発生やタンパク質輸送の制御をつかさどるしくみの解明をめざす。

Research Products

• [Journal Article] Swimming behaviour and magnetotax is function of the marine bacterium strain MO-1. (2014)
  • Author(s): Zhang, S. -D., Petersen, N., Zhang, W. -J., Cargou, S., Ruan, J., Murat, D., Santini, C. -L, Song, T., Kato, T., Notareschi, P., Li, Y., Namba, K., Gue, An-M., Wu, L. -F.
  • Journal Title: Environmental Microbiology Reports Volume: 6 Pages: 14-20
  • DOI: 10.1111/1758-2229.12102
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Load-sensitive coupling of proton translocation and torque generation in the bacterial flagellar motor. (2014)
  • Author(s): Che, Y. -S., Nakamura, S., Morimoto, Y. V., Kami-ike, N., Namba, K., Minamino, T.
  • Journal Title: Mol. Microbiol. Volume: 91 Pages: 175-184
  • DOI: 10.1111/mmi.12453
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Direct measurement of helical cell motion of the spirochete Leptospira. (2014)
  • Author(s): Nakamura, S., Leshansky, A., Magariyama, Y., Namba, K., Kudo, S.
  • Journal Title: Biophysical Journal Volume: 106 Pages: 47-54
  • DOI: 10.2142/biophysics.9.173
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Assembly and stoichiomtry of FliF and FlhA in Salmonella flagellar basal body. (2014)
  • Author(s): Morimoto, Y. V., Ito, M., Hiraoka, K. D., Che, Y-S., Bai, F., Kami-ike, N., Namba, K., Minamino, T.
  • Journal Title: Mol. Microbiol. Volume: 91 Pages: 1214-1226
  • DOI: 10.1111/mmi.12529
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Exression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a core fragment of FlgG, a bacterial flagellar rod protein. (2013)
  • Author(s): Saijo-Hamano, Y., Matsunami, H., Namba, K., Imada, K.
  • Journal Title: Acta Cryst. Volume: F69 Pages: 547-550
  • DOI: 10.1107/S1744309113007392
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Common evolutionary origin for the rotor domain of rotary ATPases and Flagellar protein exort apparatus. (2013)
  • Author(s): Kishikawa, J, Ibuki, T., Nakamura, S., Nakanishi, A., Minamino, T., Miyata, T., Namba, K., Konno, H., Ueno, H., Imada, K., Yokoyama, K.
  • Journal Title: PLoS One Volume: 8 Pages: e64695
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0064695
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Role of the Dc domain of the bacterial hook protein FlgE in hookassembly and function. (2013)
  • Author(s): Moriya, N., Minamino, T., Ferris, U. H., Morimoto., V. Y., Ashihara, M., Kato, T. Namba, K.
  • Journal Title: BIOPHYSICS Volume: 9 Pages: 63-72
  • DOI: 10.2142/biophysics.9.63
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structure of the ParM filament at 8.5Å resolution. (2013)
  • Author(s): Gayathri, P., Fujii, T., Namba, K. Lowe, J.
  • Journal Title: J. Struct. Biol. Volume: 184 Pages: 33-42
  • DOI: 10.1016/i.jsb.2013.02.010
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Populational heterogeneity vs. temporal fluctuation in Esherichia coli flagellar motor switching. (2013)
  • Author(s): Bai. F., Che, Y. -S., Kami-ike, N., Ma, Q., Mi nanino, T., Sowa, Y. Naniba, K.
  • Journal Title: Biophis. J. Volume: 105 Pages: 2123-2129
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2013.09.043
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Correlation between supercoiling and conformational motions of the bacterial flagellar filament. (2013)
  • Author(s): Stadler, A. M., Unruh, T., Namba, K., Samatey, F., Zaccai, G.
  • Journal Title: Biophysical Journal Volume: 105 Pages: 2157-2165
  • DOI: 10.1016/j.bpj.2013.09.039
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Interactions of bacterial flagellar chaperone-substrate complexs with FlhA contribute to coordinating assembly of the flagellar filament. (2013)
  • Author(s): Kinoshita, M., Hara, N., Imada, K., Namba, K., Minamino, T.
  • Journal Title: Mol. Microbiol. Volume: 90 Pages: 1249-1261
  • DOI: 10.1111/mmi.12430
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Common and distinct structural features of SalMonella injectisome and flageliar basal body. (2013)
  • Author(s): Kawamoto, A., Morimoto, Y. V., Miyata, T., Minamino, T., Hughes, K. T., Kato, T., Namba, K.
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 3 Pages: 3-369
  • DOI: 10.1038/srep03369
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The C-terminal periplasmic domain of MotB is responsible for load-dependent control of the number of stators of the bacterial flagellar motor. (2013)
  • Author(s): Castillo, D. J., Nakamura, S., Morimoto, Y. V., Che, Y. -S., Kami-ike, N., Kudo, S., Minamino, T., Namba, K.
  • Journal Title: BIOPHYSICS Volume: 9 Pages: 173-181
  • DOI: 10.2142/biophysics.9.173
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Identification of a switch protein FliG in the flagellar basal body. 細菌べん毛基部体におけるスイッチ蛋白質FliGの位置と向きの同定 (2014)
  • Author(s): 宮田知子
  • Organizer: 2013年度・第19回べん毛研究交流会
  • Place of Presentation: 県立広島大学サテライトキャンパス(広島県)
  • Year and Date: 20140301-03
• [Presentation] べん毛特異的分子シャペロンと輸送ゲート構成蛋白質FlhAとの相互作用. Interaction of bacterial flagellar chaperones with an export gate protein FlhA. (2014)
  • Author(s): 木下実紀
  • Organizer: 2013年度・第19回べん毛研究交流会
  • Place of Presentation: 県立広島大学サテライトキャンパス(広島県)
  • Year and Date: 20140301-03
• [Presentation] 細菌べん毛固定子回転子間相互作用によるプロトンチャネルの活性化. Evidence of stator-rotor interaction activating proton channel for torque generation by the flagellar motor. (2014)
  • Author(s): 森本雄祐
  • Organizer: 2013年度・第19回べん毛研究交流会
  • Place of Presentation: 県立広島大学サテライトキャンパス(広島県)
  • Year and Date: 20140301-03
• [Presentation] ワタリガニ骨格筋の細いフィラメントの精製および低温電子顕微鏡法による構造解析. Isolation of native thin filament from skeletal muscle for structural analysis by cryoEM. (2014)
  • Author(s): 山田有里佳
  • Organizer: 2013年度・第19回べん毛研究交流会
  • Place of Presentation: 県立広島大学サテライトキャンパス(広島県)
  • Year and Date: 20140301-03
• [Presentation] CheY-P binding to the bacterial flagellar motor affects not only the direction but also the speed of rotation. (2014)
  • Author(s): Hiraoka, K., Morimoto, Y. V., Fujii, T., Miyata, T., Makino. F., Minamino, T., Namba, K.
  • Organizer: GRC on Sensory Transduction in Microorganisms
  • Place of Presentation: Ventura Beach Marriott (USA)
  • Year and Date: 20140113-14
• [Presentation] Evolution of a robust protein export system for bacterial flagellar assembly. (2014)
  • Author(s): Minamino, T., Morimoto, Y. V., Namba, K.
  • Organizer: GRC OD Sensory Transduction in Microorganisms
  • Place of Presentation: Ventura Beach Marriott (USA)
  • Year and Date: 20140113-14
• [Presentation] Functional analysis of the bacterial flagellar motor in fliFG fusion mutants. (2014)
  • Author(s): Mori, K., Hiraoka, K., Morimoto, Y. V., Miyata, T., Kami-ike, N., Minamino, T., Namba, K.
  • Organizer: GRC on Sensory Transduction in Microorganisms
  • Place of Presentation: Ventura Beach Marriott (USA)
  • Year and Date: 20140113-14
• [Presentation] Evidence of the stator-rotor interaction driving proton flow coupled with torque generation in the bacterial flagellar motor. (2014)
  • Author(s): Morimoto, Y. V., Minamino, T., Namba, K.
  • Organizer: GRC on Sensory Transduction in Microorganisms
  • Place of Presentation: Ventura Beach Marriott (USA)
  • Year and Date: 20140113-14
• [Presentation] In-frame deletions in the Periplasmic region of MotB cause unusual torque-speed relationship in the Salmonella flagellar motor. (2014)
  • Author(s): Nakamura, S., Morimoto, Y. V., Castillo, D. J., Che, Y. -S., Kamiike, N., Kudo, S., Minamino, T., Namba, K.
  • Organizer: GRC on Sensory Transduction in Microorganisms
  • Place of Presentation: Ventura Beach Marriott (USA)
  • Year and Date: 20140113-14
• [Presentation] 電子線トモグラフィーによる生体試料の立体構造解析 (2014)
  • Author(s): 加藤貴之, Ruan Juanfang, 川本晃大, 宮田知子, 難波啓一
  • Organizer: 日本農芸化学会2014年度大会
  • Place of Presentation: 明治大学生田キャンパス(神奈川県)
  • Year and Date: 2014-03-30
  • Invited
• [Presentation] 生体ナノマシンの動作原理の解明 (2014)
  • Author(s): 難波啓一
  • Organizer: 第119回日本解剖学会総会・全国学術集会解剖学会・顕微鏡学会合同シンポジウム「最近の顕微鏡法が拓く機能分子解剖学の新展開」
  • Place of Presentation: 自治医科大学(栃木県)
  • Year and Date: 2014-03-29
  • Invited
• [Presentation] MycoplasEa mobileから単離した滑走装置の構造解析 (2014)
  • Author(s): 西川実志, 中根大介, 川本晃大, 加藤貴之, 難波啓一, 宮田真人
  • Organizer: 第87回日本細菌学会総会
  • Place of Presentation: タワーホール船堀(東京都)
  • Year and Date: 2014-03-27
• [Presentation] サルモネラ菌ニードル複合体およびべん毛III型分泌装置の細胞内機能構造 (2014)
  • Author(s): 川本晃大, 森本雄祐, 宮田知子, 南野徹, Kelly T. Hughes, 加藤貴之, 難波啓一
  • Organizer: 第87回日本細菌学会総会
  • Place of Presentation: タワーホール船堀(東京都)
  • Year and Date: 2014-03-26
• [Presentation] 赤痢菌ニードル複合体のクライオ電子顕微鏡による構造解析. Structure of the needle complex of Shigella flexlnelli by electron cryomicroscopy. (2014)
  • Author(s): 梶村直子
  • Organizer: 2013年度・第19回べん毛研究交流会
  • Place of Presentation: 県立広島大学サテライトキャンパス(広島県)
  • Year and Date: 2014-03-03
• [Presentation] クライオ電顕トモグラフィーによるサルモネラ菌III型分泌装置の構造. Architecture of the Salmonella type III secretion system by electron cryotomography. (2014)
  • Author(s): 川本晃大
  • Organizer: 2013年度・第19回べん毛研究交流会
  • Place of Presentation: 県立広島大学サテライトキャンパス(広島県)
  • Year and Date: 2014-03-03
• [Presentation] 枯草菌べん毛モーターの2種類の固定子による外環境適応機構. Environmental adaptation of Bacillus flagellar motor by MotAB and MotPS stators. (2014)
  • Author(s): 寺原直矢
  • Organizer: 2013年度・第19回べん毛研究交流会
  • Place of Presentation: 県立広島大学サテライトキャンパス(広島県)
  • Year and Date: 2014-03-03
• [Presentation] サラモネラ菌べん毛の回転子蛋白質FliFG融合型モーターの機能解析. Functional analysis of the Salmonella flagellar FliFG fusion motor. (2014)
  • Author(s): 森広一郎
  • Organizer: 2013年度・第19回べん毛研究交流会
  • Place of Presentation: 県立広島大学サテライトキャンパス(広島県)
  • Year and Date: 2014-03-02
• [Presentation] 高速回転ナノモーターを駆使して泳ぐ細菌たち (2014)
  • Author(s): 難波啓一
  • Organizer: 日本微生物学連盟フォーラム『驚きの微生物たち』-中学生から社会人の方々のための-
  • Place of Presentation: 東京大学(東京都)
  • Year and Date: 2014-02-01
  • Invited
• [Presentation] Common and distinct structural features of Salmonella injectisome and flagellar basal body. (2014)
  • Author(s): Kawamoto, A., Morimoto, Y. V., Miyata, T., Minamino, T., Hughes, K. T., Kato, T., Namba, K.
  • Organizer: GRC on Sensory Transduction in Microorganisms
  • Place of Presentation: Ventura Beach Marriott (USA)
  • Year and Date: 2014-01-15
• [Presentation] A molecular simulation study to investigate actin filament elongation mechanism. (2013)
  • Author(s): Wakai, N., Nishihara, Y., Takemura, K., Fujii, T., Namba, K., Kitao, A.
  • Organizer: 3rd International Conference on Molecular Simulation
  • Place of Presentation: Kobe International Conference Center, Hyogo
  • Year and Date: 20131118-20
• [Presentation] liFG融合変異株のべん毛モーターの機能解析. 第10回21世紀大腸菌研究会 (2013)
  • Author(s): 森広一郎, 平岡孝一, 森本雄祐, 宮田知子, 上地伸徳, 南野徹, 難波啓一
  • Organizer: 第10回21世紀大腸菌研究会
  • Place of Presentation: ラフォーレ修善寺(静岡県)
  • Year and Date: 20130620-21
• [Presentation] fliFG融合変異株のべん毛モーターの機能解析 (2013)
  • Author(s): 森広一郎, 平岡孝一, 森本雄祐, 宮田知子, 上池伸徳, 南野徹, 難波啓一
  • Organizer: 日本生体エネルギー研究会第39回討論会
  • Place of Presentation: 静岡県コンベンションアーツセンター(静岡県)
  • Year and Date: 2013-12-19
• [Presentation] グラム陽性-陰性細菌間におけるべん毛モーター固定子の異種発現とトルク特性の解析 (2013)
  • Author(s): 寺原直矢, 上池伸徳, 難波啓一, 南野徹
  • Organizer: 日本生体エネルギー研究会第39回討論会
  • Place of Presentation: 静岡県コンベンションアーツセンター(静岡県)
  • Year and Date: 2013-12-19
• [Presentation] 生命を支える超分子ナノマシンの機能構造の解明に向けて (2013)
  • Author(s): 難波啓一
  • Organizer: 日本顕微鏡学会・関西支部「若手の会」設立記念講演会
  • Place of Presentation: KKRホテルびわこ(滋賀県)
  • Year and Date: 2013-12-07
  • Invited
• [Presentation] 細菌べん毛ディスタルロッドの構造と力学的特性 (2013)
  • Author(s): 西條由見子, 今田勝巳, 松波秀行, 藤井高志, 難波啓一
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: 神戸ポートアイランド(兵庫県)
  • Year and Date: 2013-12-05
• [Presentation] クライオ電子顕微鏡による生体超分子ナノマシンの機能構造の解明に向けて. High-resolution high-throughput cryoEM image analysis of macromolecular assemblies. (2013)
  • Author(s): 難波啓一
  • Organizer: 第36回日本分子生物学会年会フォーラム
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場(兵庫県)
  • Year and Date: 2013-12-03
  • Invited
• [Presentation] ワタリガニ骨格筋における細いフィラメントの精製および低温電子顕微鏡法による構造解析. Isolation of native thin filament from skeletal muscle for structural analysis by cryoEM. (2013)
  • Author(s): Yamada, Y., Fujii, T., Namba, K.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-30
• [Presentation] 細菌べん毛輸送装置構成蛋白質FlhAの変異に対するロバストネス. Mutational robustness of FlhA, a subunit of the bacterial flagellar export apparatus. (2013)
  • Author(s): Minamino, T., Kinoshita, M., Hara, N., Koya, S., Nishioka, N., Kojima, S., Ihara, K., Homma, M., Namba, K.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-30
• [Presentation] 細菌べん毛モーターへのCheY-Pの結合は回転方向だけでなく速度にも影響する. CheY-P binding to the bacterial flagellar motor affects not only the direction but also the speed of rotation. (2013)
  • Author(s): Hiraoka, K. D., Nakamura, S., Kami-ike, N., Morimoto, Y. V.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-30
• [Presentation] べん毛輸送装置構成蛋白質FliPペリプラズミックループの結晶化と遺伝学的解析. Crystallization and genetic analyses of a Periplasmic loop of Flip, a component of the flageliar protein exort apparatus. (2013)
  • Author(s): Fukumura, T., Saijo-Hamano, Y., Furukawa, Y., Kwaguchi, T., Imada, K., Namba, K., Minamino, T.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-29
• [Presentation] Structural study of the sheath in the magneto tactic bacterium MO-1 by electron cryomicroscopy. (2013)
  • Author(s): Ruan, J., Kato, T., Santini, C. -L., Wu, L. -F., Namba, K.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-29
• [Presentation] Torque-speed relationship of the flagellar motor consisting of two distinct stators. (2013)
  • Author(s): Terahara, N., Noguchi, Y., Nakamura, S., Kami-ike, N., Minamino, T., Ito, M., Namba, K.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-29
• [Presentation] 細菌べん毛ディスタルロッドの構造解析. High-resolution structure of the bacterial flagellar distal rod. (2013)
  • Author(s): 西條由見子, 今田勝巳, 松波秀行, 藤井高志, 難波啓一
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-28
• [Presentation] 自然免疫非感受性のサルモネラ菌FljBが形成するべん毛繊維の立体構造とFliCべん毛繊維との違い. CryoEM structure of the flagellar filament of Salmonella FljB and implication of its difference from the FliC filament. (2013)
  • Author(s): Toma, S., Kato, T., Namba, K.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-28
• [Presentation] 赤痢菌ニードル複合体の極低温電子顕微鏡による構造解析. Structural analysis of needle complex from shigella flexineri by cryo microscopy. (2013)
  • Author(s): Kajimura, N., Cheung, M. P., Kato, T., Blocker, A. J., Namba, K.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-28
• [Presentation] 高分解能構造解析に向けた電子顕微鏡用カメラの評価. Evaluation of cameras for high resolution structural analysis by cryoEM. (2013)
  • Author(s): Kato, T., Miyata, T., Namba, K.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-28
• [Presentation] アクチンフィラメントの伸張メカニズムを解明するための分子シミュレーション. A molecular simulation study to investigate actin firament elongation mechanism. (2013)
  • Author(s): Wakai, N., Takemura, K., Fujii, T., Namba, K., Kitao, A.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-28
• [Presentation] ダイニン-微小管インターフェイスの構造解析 : 徴小管からAAA+ATPaseドメインにどのように情報が伝えられるか? structural analysis of dynein-microtubule interface : How is a signal transmitted from microtubule to AAA+ATPase domain? (2013)
  • Author(s): Uchimura, S., Fujii, T., Takazaki, H., Ayukawa, R., Minoura, I., Nishikawa, Y., Hachikubo Y., Kon, T., Kurisu, G., Sutoh, K., Namba, K., Muto, E.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-28
• [Presentation] MotBペリプラスム領域のin-flame欠損がサルモネラ菌べん毛モーターの出力特性に及ぼす影響. Effect to in-frame deletion in the Periplasinic region of MotB on the torgue-speed relationship of Salmonella flagellar motor. (2013)
  • Author(s): Nakamura, S., Morimoto, Y. V., Castillo, D. J., Che, Y. -S., Kami-ike, N. Kudo, S., Minamino, T., Namba, K.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-28
• [Presentation] 細菌べん毛モーター蛋白質FliG-FliM相互作用の解析. Interaction between FliG and FliM ID the bacterial flagellar motor. (2013)
  • Author(s): Kinoshita, M., Furukawa, Y., Imada, K., Namba, K., Minamino, T.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-28
• [Presentation] クライオ電子顕微鏡によるべん毛蛋白質輸送装置の構造と分子機構. Molecular mechanism of the type III protein export by electron cryotomography of the flagellar basal body. (2013)
  • Author(s): Kawamo, A., Miyata, T., Morimoto, Y. V., Minamino, T., Kato, T., Namba, K.
  • Organizer: 第51回日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府)
  • Year and Date: 2013-10-28
• [Presentation] CryoEM image analysis of macromolecular motor assemblies. (2013)
  • Author(s): Namba, K.
  • Organizer: ComBio 2013
  • Place of Presentation: Perth Convention and Exhibition Centre, Perth, Australia
  • Year and Date: 2013-09-30
  • Invited
• [Presentation] クライオ電子顕微鏡による超分子・細胞の3Dイメージング (2013)
  • Author(s): 難波啓一
  • Organizer: 日本学術会議公開シンポジウム「医学・生命科学の革新的発展に資する統合バイオイメージングの展望」
  • Place of Presentation: 日本学術会議(東京都)
  • Year and Date: 2013-09-17
  • Invited
• [Presentation] CryoEM image analysis of macromolecular motor assemblies. (2013)
  • Author(s): Namba, K.
  • Organizer: BSCB Autumn Meeting
  • Place of Presentation: Low Wood Bay Hotel, Windermere, UK
  • Year and Date: 2013-09-03
  • Invited
• [Presentation] クライオ電子顕微鏡による生体超分子ナノマシンの機能構造の解明に向けて (2013)
  • Author(s): 難波啓一
  • Organizer: 第7回細菌学若手コロッセウム
  • Place of Presentation: 広島エアポートホテル(広島県)
  • Year and Date: 2013-08-08
  • Invited
• [Presentation] クライオ電子線トモグラフィー : 細胞まるごと立体化 (2013)
  • Author(s): 加藤貴之
  • Organizer: 新学術領域研究「運動超分子マシナリーが織りなす調和と多様性」第一回全体会議
  • Place of Presentation: 名古屋大学(愛知県)
  • Year and Date: 2013-06-29
• [Presentation] 低温電子顕微鏡による生体試料の構造解析～分子構造から細胞内構造～ (2013)
  • Author(s): 加藤貴之
  • Organizer: 新学術領域研究「運動超分子マシナリーが織りなす調和と多様性」第一回全体会議
  • Place of Presentation: 名古屋大学(愛知県)
  • Year and Date: 2013-06-29
• [Presentation] 異なる2種類の固定子を持つ枯草菌べん毛モーターの1分子回転計測 (2013)
  • Author(s): 寺原直矢
  • Organizer: 新学術領域研究「運動超分子マシナリーが織りなす調和と多様性」第一回全体会議
  • Place of Presentation: 名古屋大学(愛知県)
  • Year and Date: 2013-06-28
• [Presentation] CryoEM helical image analysis of various macromolecular assemblies. (2013)
  • Author(s): Namba, K.
  • Organizer: GRC on Three Dimensional Electron Microscopy
  • Place of Presentation: Colby-Sawyer College, New London, USA
  • Year and Date: 2013-06-26
  • Invited
• [Presentation] 細菌べん毛タンパク質輸送装置の構造解析 (2013)
  • Author(s): 川本晃大, 森本雄祐, 宮田知子, 南野徹, Kelly T. Hughes, 加藤貴之, 難波啓一
  • Organizer: 第10回21世紀大腸菌研究会
  • Place of Presentation: ラフォーレ修善寺(静岡県)
  • Year and Date: 2013-06-20
• [Presentation] 球状-繊維状繊維シミュレーションによるアクチンフィラメントの伸張メカニズム. Elongation mechanism of actin filament investigated by globular-filamentous transition simulation. (2013)
  • Author(s): Wakai, N., Takemura, K., Fujii, T., Namba, K., Kitao, A.
  • Organizer: 第13回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: とりぎん文化会館(鳥取県)
  • Year and Date: 2013-06-12
• [Presentation] ナノスペースでの生命のしくみ (2013)
  • Author(s): 難波啓一
  • Organizer: 医学振興銀杏会総会
  • Place of Presentation: 大阪大学銀杏会館(大阪府)
  • Year and Date: 2013-05-25
  • Invited
• [Presentation] 細菌べん毛モーターの回転方向変換制御機構の解明. Elucidation of the rotational switch mechanism of the bacterial flagellar motor. (2013)
  • Author(s): 宮田知子, 加藤貴之, 藤井高志, 森本雄祐, 中村修一, 南野徹, 松波秀行, 難波啓一
  • Organizer: 日本顕微鏡学会第69回学術講演会
  • Place of Presentation: ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
  • Year and Date: 2013-05-21
• [Presentation] 電子線トモグラフィーによって明らかとなった細菌べん毛蛋白質輸送装置の構造. Structure of export apparatus revealed by electron cryotomography of minicells. (2013)
  • Author(s): 川本晃大, 森本雄祐, 加藤貴之, Hughes T. Kelly, 南野徹, 難波啓一
  • Organizer: 日本顕微鏡学会第69回学術講演会
  • Place of Presentation: ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
  • Year and Date: 2013-05-21
• [Presentation] サルモネラ菌におけるFljBとFliCのべん毛繊維の構造比較. Differences between the Salmonella FljB and FliC flagellar filament structures. (2013)
  • Author(s): 當間頌子, 加藤貴之, 難波啓一
  • Organizer: 日本顕微鏡学会第69回学術講演会
  • Place of Presentation: ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
  • Year and Date: 2013-05-21
• [Presentation] クライオ電子顕微鏡による生体超分子ナノマシンの機能構造の解明. High-resolution high-throughput cryoEM helical image analysis of macromolecular assemblies. (2013)
  • Author(s): 難波啓一
  • Organizer: 第六回風戸賞受賞講演会
  • Place of Presentation: ホテル阪急エキスポパーク(大阪府)
  • Year and Date: 2013-05-20
  • Invited
• [Presentation] 生体超分子ナノマシンの構造と機能の解明に向けて (2013)
  • Author(s): 難波啓一
  • Organizer: 第60回日本生化学会近畿支部例会
  • Place of Presentation: 大阪大学銀杏会館(大阪府)
  • Year and Date: 2013-05-18
  • Invited
• [Presentation] Structures and functions of macromolecular assemblies by electron cryomicroscopy - the potential for biological sciences- (2013)
  • Author(s): Namba, K.
  • Organizer: Medicine & Life Science seminar
  • Place of Presentation: Kumamoto University(熊本県)
  • Year and Date: 2013-04-24
  • Invited
• [Book] 化学と工業 Vol66-5 (2013)
  • Author(s): 加藤貴之, 阮娟芳, 難波啓一
  • Total Pages: 68 (373-375)
  • Publisher: 日本化学会
• [Book] Encyclopedia of biophysics (Gordon C. K. Roberts, ed.) (2013)
  • Author(s): Minamino, T., Kato, T., Miyata, T., Namba, K.
  • Total Pages: 1690 (591-596)
  • Publisher: Springer
• [Remarks] プロトノニックナノマシン研究室〈難波教授〉
  • URL: http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ipn/general/lab/02/result/