• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2014 Fiscal Year Annual Research Report

生体膜構成脂質の機能を探る小分子の再発見と作用機構の解明

Research Project

Project/Area Number 25242073
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

村田 道雄  大阪大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (40183652)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 梅川 雄一  大阪大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (20587779)
土川 博史  大阪大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (30460992)
松森 信明  九州大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (50314357)
花島 慎弥  大阪大学, 理学(系)研究科(研究院), 講師 (50373353)
松岡 茂  大阪大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (60456184)
Project Period (FY) 2013-05-31 – 2017-03-31
Keywordsコレステロール / 脂質二重膜 / 脂質ラフト / 小分子プローブ / 表面プラズモン共鳴 / 重水素固体NMR
Outline of Annual Research Achievements

ステロイド認識化合物として、セオネラミド(theonellamide-A)について重水素固体NMRによるラフト脂質との直接相互作用の観測を行った。膜中の重水素化コレステロール・エルゴステロールと相互作用することを重水素NMRで検出することによって、セオネラミドと結合するステロール誘導体を探索した結果、25-OH コレステロールおよび17-OH プレグレノンなどが複合体構造解析に適していることを見出すことができ、それぞれについて、NMR滴定を用いてセオネラミドに対する親和性定量に成功した。これらのステロール誘導体を用いて、複合体の構造解析に必要なNMR情報を得ることに成功した。
膜に結合したステロール分子を認識する 小分子プローブの機構解明として、ステロールとポリエン抗生物質に着目し、分子間に観測される磁気双極子相互作用を固体NMRのREDOR法において検出することに成功した。また、REDOR法のデータと抗生物質・ステロール複合体の座標データの相関を定量する手法を開発して、複合体構造を推定することができた。
膜脂質を特異的に認識する新たな小分子プローブの天然物からの再発見するために、前年度に確立したSPRによる効率的手法とリポソームから蛍光色素の漏出実験を用いて、生薬成分を中心にスクリーニングを開始した。植物成分には、特にサポニンに代表されるステロイド配糖体が含まれており、膜ステロールとの間で特異的な分子認識が期待される。さらに、膜脂質と高い親和性を示す候補化合物の絞り込みを行っているが、ジギトニンを候補化合物としてさらに検討する予定である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

膜に結合したステロール分子を認識する 小分子プローブの複合体について構造解析法を精査し、方法論を確立することができた。具体的には、フッ素および13Cで評したステロール誘導体を用いて、膜中のポリエン抗生物質やリン脂質との間に観測される磁気双極子相互作用を固体NMRを用いて観測することに成功し、分子動力学計算と組み合わせることによって抗生物質・ステロール複合体のおおよその構造を推定することができた。
また、ステロイド認識化合物として、セオネラミドについて重水素固体NMRによるラフト脂質との直接相互作用の観測を行った。膜中の重水素化コレステロール・エルゴステロールと相互作用することを利用して、セオネラミドと結合するステロール誘導体を探索した結果、結合リガンドとして25-OH コレステロールと17-OHプレグネロンを見つけることができ、今後の複合体構造の精密構造解析に資することが期待される。以上のことから研究は順調に進捗しているといえる。

Strategy for Future Research Activity

膜脂質に直接作用する小分子プローブを用いて、膜タンパク質を含むモデル系を作成する。すなわち、膜脂質が担っている膜タンパク質機能を調節する機構を解析できるモデル系を構築して、小分子プローブ・膜脂質・膜タンパク質3者の相互作用を精査する。具体的には、NMRおよび分子動力学計算によって膜脂質・膜タンパク質複合体のモデリングを行うことによって、小分子プローブ-膜タンパク質間、および膜脂質-膜タンパク質間の相互作用の分子機構を解明する。この知見に基づいて、細胞上の膜脂質-受容体間相互作用を膜モデル系において再現する。今年度は、サポニンなど、新たに検討を始めたステロール認識分子について、その相互作用様式を精査することを通じて、モデル系の構築を図る。

Remarks

村田研究室HP http://www.chem.sci.osaka-u.ac.jp/lab/murata/index.html

  • Research Products

    (26 results)

All 2015 2014

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results,  Acknowledgement Compliant: 4 results) Presentation (15 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Effect of sterol side chain on ion channel formation by Amphotericin B in lipid bilayers.2014

    • Author(s)
      Nakagawa Y, Umegawa Y, Takano T, Tsuchikawa H, Matsumori N, Murata M
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 53 Pages: 3088-3094

    • DOI

      10.1021/bi500122c

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Direct and Stereospecific Interaction of Amphidinol 3 with Sterol in Lipid Bilayers.2014

    • Author(s)
      Espiritu R A, Matsumori N, Tsuda M, Murata M
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 53 Pages: 3287-3293

    • DOI

      10.1021/bi5002932

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Design and synthesis of 24-fluorinated Bafilomycin analogue as an NMR probe with potent inhibitory activity to vacuolar-type ATPase.2014

    • Author(s)
      Shibata H, Tsuchikawa H, Matsumori N, Murata M, Usui T
    • Journal Title

      Chem. Lett.

      Volume: 43 Pages: 474-476

    • DOI

      10.1246/cl.131099

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Detailed comparison of deuterium quadrupole profiles between sphingomyelin and phosphatidylcholine bilayers.2014

    • Author(s)
      Yasuda T, Kinoshita M, Murata M, Matsumori N
    • Journal Title

      Biophys. J.

      Volume: 106 Pages: 631-638

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2013.12.034

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Synthesis and biological evaluation of QRSTUVWXYZA′ domains of Maitotoxin.2014

    • Author(s)
      Nicolaou K C, Heretsch P, Nakamura T, Rudo A, Murata M, Konoki K
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 136 Pages: 16444-16451

    • DOI

      10.1021/ja509829e

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction analysis of a ladder-shaped polycyclic ether and model transmembrane peptides in lipid bilayers by using Forster resonance energy transfer and polarized attenuated total reflection infrared spectroscopy.2014

    • Author(s)
      Yamada K, Kuriyama H, Hara T, Murata M, Irie R, Harntaweesup Y, Satake M, Fukuzawa S, Tachibana K
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem.

      Volume: 22 Pages: 3773-3780

    • DOI

      1016/j.bmc.2014.04.044

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coexistence of two liquid crystalline phases in dihydrosphingomyelin and dioleoylphosphatidylcholine binary mixtures.2014

    • Author(s)
      Kinoshita M, Matsumori N, Murata M
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta

      Volume: 1838 Pages: 1372-1381

    • DOI

      10.1016/j.bbamem.2014.01.017

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Highly efficient preparation of selectively isotope cluster-labeled long chain fatty acids via two consecutive Csp3-Csp3 cross-coupling reactions.2014

    • Author(s)
      Lethu S, Matsuoka S, Murata M
    • Journal Title

      Org. Lett.

      Volume: 16 Pages: 844-847

    • DOI

      10.1021/ol4036159

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis and Biological Activity of the C'D'E'F' Ring System of Maitotoxin.2014

    • Author(s)
      Kunitake M, Oshima T, Konoki K, Ebine M, Torikai K, Murata M, Oishi T
    • Journal Title

      J. Org. Chem.

      Volume: 79 Pages: 4948-4962

    • DOI

      10.1021/jo5005235

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Sterol-dependent membrane activity of marine sponge-derived bicyclic peptide theonellamide A2015

    • Author(s)
      Kimberly Cornelio, Nobuaki Matsumori, Michio Murata, Shinichi Nishimura, Hideaki Kakeya, Shigeki Matsunaga, Minoru Yoshida
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      千葉
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] 重水素標識スフィンゴ糖脂質の合成と固体NMR を用いたコレステロールとの分子間相互作用の解析2015

    • Author(s)
      南角拓実, 池田竜二, 土川博史, 花島慎弥, 村田道雄
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      千葉
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] 配座制御による立体選択的アセタール化反応を鍵としたスピロリドC のスピロアセタール環部分の合成研究2015

    • Author(s)
      安川佳史, 土川博史, 脇坂智広, 村田道雄
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      千葉
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] 蛍光寿命測定による脂質ラフトモデル膜におけるスフィンゴミエリン特異的な運動性解析2015

    • Author(s)
      安田智一, 松森信明, 村田道雄, Slotte J. Peter
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      千葉
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] ポリオール部分の相互作用解明を目指した新規アンフォテリシンB 誘導体の調製とイオンチャネル活性2015

    • Author(s)
      山本智也, 梅川雄一, 土川博史, 花島慎弥, 村田道雄, 松森信明, Patrick Caffrey
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      千葉
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] 重元素化脂質含有バイセルを用いた膜タンパク質結晶化法の検討2015

    • Author(s)
      斎木悠, 花島慎弥, 村田道雄, 松森信明, 溝畑栄一, 井上豪, 川竹悟史, 垣之内啓介, 杉山成
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      千葉
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] 常磁性金属錯体を用いた固体13C NMR測定におけるサンプル温度の測定2014

    • Author(s)
      田中佑弥, 梅川雄一, 松森信明, 村田道雄
    • Organizer
      第53回NMR討論会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2014-11-04 – 2014-11-06
  • [Presentation] New synthetic route for labelled Amphotericin B derivative via beta glycosidation2014

    • Author(s)
      Tomoya Yamamoto, Yuichi Umegawa, Hiroshi Tsuchikawa, Shinya Hanashima, Nobuaki Matsumori, Michio Murata
    • Organizer
      The 3rd International Symposium on Chemical Biology of Natural Products, Target ID and Regulation of Bioactivity
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2014-10-28 – 2014-10-29
  • [Presentation] Preparation of transmembrane peptides using a mobile phase containing 2,2,2-trifluoroethanol, analysis and prevention of potential side reactions due to formic acid2014

    • Author(s)
      Yue Huang, Toshiaki Hara, Akihiro Ito, Toru Kawakami, Hironobu Hojo, Michio Murata
    • Organizer
      第51回ペプチド討論会
    • Place of Presentation
      徳島
    • Year and Date
      2014-10-22 – 2014-10-24
  • [Presentation] 再構成バクテリオロドプシンの機能性評価と固体NMR解析2014

    • Author(s)
      川竹悟史, 梅川雄一, 松岡茂, 村田道雄, 園山正史
    • Organizer
      第56回天然有機化合物討論会
    • Place of Presentation
      高知
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-17
  • [Presentation] 液胞型ATPアーゼと阻害剤バフィロマイシンの複合体構造のNMR構造解析を目指した新規フッ素標識体の合成2014

    • Author(s)
      柴田一, 林達, 土川博史, 松森信明, 村田道雄, 臼井健郎
    • Organizer
      第56回天然有機化合物討論会
    • Place of Presentation
      高知
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-17
  • [Presentation] 液胞型ATPアーゼに対する阻害機構の解明を目指したフッ素標識化バフィロマイシンの合成と生物活性2014

    • Author(s)
      林 達, 土川博史, 柴田一, 松森信明, 村田道雄, 臼井健郎
    • Organizer
      第4回CSJ化学フェスタ
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2014-10-14 – 2014-10-16
  • [Presentation] スフィンゴミエリンアシル鎖の深度依存的融解現象の観測2014

    • Author(s)
      門司真美, 土川博史, 花島慎弥, 松森信明, 村田道雄
    • Organizer
      第4回CSJ化学フェスタ
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2014-10-14 – 2014-10-16
  • [Presentation] 海洋生物毒スピロリドCの全合成を目指した6,5,5-ビススピロアセタール環の合成研究2014

    • Author(s)
      安川佳史, 脇坂智広, 土川博史, 村田道雄
    • Organizer
      第34回有機合成若手セミナー「明日の有機合成を担う人のために」
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2014-08-05 – 2014-08-05
  • [Presentation] 重水素固体NMRを用いた脂質ラフトにおける脂質のダイナミクスと相互作用解析2014

    • Author(s)
      安田智一, 松森信明, 村田道雄
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー学会
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2014-06-11 – 2014-06-13
  • [Book] Advances in Biological Solid-State NMR2014

    • Author(s)
      Matsuoka S, Murata M
    • Total Pages
      29
    • Publisher
      Royal Society of Chemistry
  • [Book] 化学の要点シリーズ 10 有機機器分析 ―構造解析の達人を目指して―2014

    • Author(s)
      村田道雄
    • Total Pages
      102
    • Publisher
      共立出版

URL: 

Published: 2016-06-01  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi