• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2014 Fiscal Year Annual Research Report

クロマチンにおける相同組換えの分子機構に関する研究

Research Project

Project/Area Number 25250023
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

胡桃坂 仁志  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 清水 光弘  明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2017-03-31
Keywordsゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 / 活性発現の分子機構 / 染色体構築・機能・分配 / 生体高分子構造・機能 / 構造活性相関
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、細胞核内に収納されたゲノムDNAでの相同組換えの分子機構を解明することである。真核生物の細胞核内に存在するゲノムDNAは高次に折り畳まれたクロマチン構造を形成している。しかし、その高次クロマチンでの相同組換え機構は未だ不明瞭であり、相同組換えを介したDNA損傷修復機構を理解するためには、高次クロマチンでの相同組換え反応機構を明らかにする必要がある。本研究では、再構成クロマチンを用いたin vitro組換え反応系によって、クロマチン基質上での相同組換え反応の分子機構を解析した。さらに、出芽酵母のミニクロモソームを利用したin vivoクロマチン解析を並行して行い、クロマチンにおける相同組換え反応機構を包括的に理解することを目指した。
本年度は、再構成クロマチンを基質とした相同的対合反応のin vitro解析系により、リンカーヒストンH1を含む高次クロマチンでの相同組換え反応を解析した。その結果、高次クロマチン構造はRAD51およびRAD54により触媒される相同的対合反応に対して阻害的に働くことが明らかになった。さらに、その阻害効果はヒストンH1のシャペロンとして知られるNap1によって解消され、高次クロマチンでの相同組換え反応が促進することが明らかになった。並行して、イネのRAD51タンパク質の生化学的解析を行い、相同組換えの部分反応に関する知見を得た。さらに、出芽酵母のミニクロモソームを利用したin vivo解析を行うために、ヒト相同組換え因子であるRAD51、DMC1、RAD54の強制発現系を検討した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

高次に折り畳まれたクロマチンでの相同組換え反応の分子機構を解明するために、本年度はリンカーヒストンH1を含む高次クロマチンでの相同組換え反応の分子機構を解明した。本研究成果は、クロマチン構造による相同組換えの制御機構に関する重要な発見の一つであり、本申請の重要課題である。さらに、イネ由来のRAD51タンパク質を用いた解析は、相同組換えの中心反応である相同的対合反応の分子機構の理解に重要な知見を与えた。以上のことから、これらの成果は当初の計画を大きく上回っており、本年度は計画以上に研究が進展したと言える。

Strategy for Future Research Activity

本年度に確立した高次クロマチン再構成系による相同的対合反応の解析は、今後の研究を遂行する上で重要な基盤技術となる。ヒストンには多種のバリアントが存在し、それらヒストンバリアントが多様なクロマチン構造を形成することが知られている。しかし、それらのヒストンバリアントと相同組換え反応との関係は未だ不明である。さらに、リンカーヒストンH1にも多くのサブタイプが存在することが知られており、これらのH1サブタイプの、相同組換え反応への寄与は全く明らかになっていない。今後は、ヒストンバリアントやリンカーヒストンサブタイプにより形成される多様な高次クロマチン構造が相同組換えに及ぼす影響を、本年度に確立した再構成クロマチンによる相同的対合反応解析系を用いて明らかにする。

  • Research Products

    (30 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 5 results,  Acknowledgement Compliant: 5 results) Presentation (20 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Nucleosome organization and chromatin dynamics in telomeres.2015

    • Author(s)
      Ichikawa Y, Nishimura Y, Kurumizaka H, Shimizu M.
    • Journal Title

      Biomol Concepts

      Volume: 6 Pages: 67-75

    • DOI

      10.1515/bmc-2014-0035

  • [Journal Article] Human tNASP promotes in vitro nucleosome assembly with histone H3.3.2015

    • Author(s)
      Kato, D., Osakabe, A., Tachiwana, H., Tanaka, H., and Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 54 Pages: 1171-1179

    • DOI

      10.1021/bi501307g

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Green fluorescent protein fused to the C-terminal end of RAD51 specifically interferes with secondary DNA binding by the RAD51-ssDNA complex.2014

    • Author(s)
      Kobayashi, W., Sekine, S., Machida, S., and Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      Genes Genet. Syst.

      Volume: 89 Pages: 169-179

    • DOI

      10.1266/ggs.89.169.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Defective FANCI binding by a Fanconi anemia-related FANCD2 mutant.2014

    • Author(s)
      Sato, K., Ishiai, M., Takata, M., and Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 9 Pages: e114752

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0114752

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A method for evaluating nucleosome stability with a protein-binding fluorescent dye.2014

    • Author(s)
      Taguchi, H., Horikoshi, N., Arimura, Y., and Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      Methods

      Volume: 70 Pages: 119-126

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2014.08.019

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Expression and purification of human FANCI and FANCD2 using Escherichia coli cells.2014

    • Author(s)
      Takahashi, D., Sato, K., Shimomuki, M., Takata, M., and *Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      Prot. Exp. Purif.

      Volume: 103 Pages: 8-15

    • DOI

      10.1016/j.pep.2014.08.012

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Nap1 stimulates homologous recombination by RAD51 and RAD54 in higher-ordered chromatin containing histone H1.2014

    • Author(s)
      Machida, S., Takaku, M., Ikura, M., Sun, J., Suzuki, H., Kobayashi, W., Kinomura, A., Osakabe, A., Tachiwana, H., Horikoshi, Y., Fukuto, A., Matsuda, R., Ura, K., Tashiro, S., Ikura, T., and Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      Scientific Rep.

      Volume: 4 Pages: 4863

    • DOI

      10.1038/srep04863

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] FANCD2 associated with chromatin anchors CtIP and regulates DNA end resection during DNA interstrand crosslink repair.2014

    • Author(s)
      Unno, J., Itaya, A., Taoka, M., Sato, K., Tomida, J., Sakai, W., Sugasawa, K., Ishiai, M., Ikura, T., Isobe, T., Kurumizaka, H., and Takata, M.
    • Journal Title

      Cell Rep.

      Volume: 7 Pages: 1039-1047

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2014.04.005

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Nap1 is required for the homologous recombination reaction in higher-order chromatin containing histone H1"2014

    • Author(s)
      Shinichi Machida, Motoki Takaku, Masae Ikura, Jiying Sun, Hidekazu Suzuki, Wataru Kobayashi, Aiko Kinomura, Akihisa Osakabe, Hiroaki Tachiwana, Yasunori Horikoshi, Atsuhiko Fukuto、 Ryo Matsuda, Kiyoe Ura, Satoshi Tashiro, Tsuyoshi Ikura, Hitoshi Kurumizaka
    • Organizer
      The 4D Nucleome 2014
    • Place of Presentation
      広島県廿日市市
    • Year and Date
      2014-12-17 – 2014-12-20
  • [Presentation] Nap1は高次クロマチンでの相同組換えを促進する2014

    • Author(s)
      町田晋一、高久誉大、井倉正枝、孫継英、鈴木秀和、小林航、木野村愛子、越阪部晃永、立和名博昭、堀越保則、福戸敦彦、松田涼、浦聖恵、田代聡、井倉毅、胡桃坂仁志
    • Organizer
      32回染色体ワークショップ、13回核ダイナミックス
    • Place of Presentation
      広島県廿日市市
    • Year and Date
      2014-12-15 – 2014-12-17
  • [Presentation] ファンコニ貧血経路とそのキータンパク質FANCD2の機能解析2014

    • Author(s)
      高田 穣、勝木 陽子、佐藤 浩一、石合 正道、胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] 日本人ファンコニ貧血患者における新規原因遺伝子UBE2Tの同定2014

    • Author(s)
      平 明日香、吉田 健一、佐藤 浩一、嶋本 顕、田原 栄俊、胡桃坂 仁志、小川 誠司、高田 穣、矢部 普正、矢部 みはる
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] DNA鎖間架橋修復で働くFAN1ヌクレアーゼの生化学的機能解析2014

    • Author(s)
      平山 恵美子、高橋 大介、佐藤 浩一、高田 穣、胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] Fanconi貧血患者にみられるFANCD2変異体の機能解析2014

    • Author(s)
      佐藤 浩一、石合 正道、高田 穣、胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] ファンコニ経路に働くFANCD2の相同組換えにおける生化学的機能解析2014

    • Author(s)
      下向 真代、佐藤 浩一、胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] In vivoでポジショニングしたヌクレオソームの化学切断法による解析2014

    • Author(s)
      布施 智博、市川 雄一、勝俣 光司、向 由起夫、胡桃坂 仁志、清水 光弘
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] マイクロサテライト配列におけるヌクレオソーム形成のin vivoでの評価2014

    • Author(s)
      勝俣 光司、井手上 翔、蝦名 瑠衣、渡邊 耀吉、布施 智博、市川 雄一、胡桃坂 仁志、清水 光弘
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] テロメアでのヌクレオソーム形成におけるTRF1およびTRF2の役割2014

    • Author(s)
      市川 雄一、宇田 有希、文屋 廣隆、西村 善文、胡桃坂 仁志、清水 光弘
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] RNAi因子を導入した出芽酵母におけるクロマチン構造の解析2014

    • Author(s)
      諸星 皓哉、藤井 郁弥、市川 雄一、胡桃坂 仁志、清水 光弘
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
  • [Presentation] Biochemical studies for homologous recombination reaction in chromatin2014

    • Author(s)
      Kurumizaka, H.
    • Organizer
      The 9th 3R Symposium
    • Place of Presentation
      御殿場高原ホテル時之梄
    • Year and Date
      2014-11-17 – 2014-11-21
  • [Presentation] Biochemical analysis of DMC1-medited homologous pairing in chromatin2014

    • Author(s)
      Wataru Kobayashi, Motoki Takaku, Shinichi Machida, Hiroaki Tachiwana, Yasuyuki Ohkawa, Hitoshi Kurumizaka
    • Organizer
      The 9th 3R Symposium
    • Place of Presentation
      Goten Kogen Hotel Tokinosumika, Japan
    • Year and Date
      2014-11-17 – 2014-11-21
  • [Presentation] The function of linker histone variant H1T in homologous recombination2014

    • Author(s)
      Shinichi Machida, Ryota Hayashida, Atsuhiko Fukuto, Yasunori Horikoshi, Satoshi Tashiro and Hitoshi Kurumizaka
    • Organizer
      The 9th 3R Symposium
    • Place of Presentation
      Goten Kogen Hotel Tokinosumika, Japan
    • Year and Date
      2014-11-17 – 2014-11-21
  • [Presentation] リンカーヒストンバリアントH1Tの相同組換えにおける機能2014

    • Author(s)
      町田晋一、林田亮太、加藤大貴、越阪部晃永、小林航、胡桃坂仁志
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-18
  • [Presentation] クロマチンにおける減数分裂期特異的相同組換え酵素DMC1の機能解析2014

    • Author(s)
      小林 航, 高久 誉大, 町田 晋一, 立和名 博昭, 大川 恭行, 胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-18
  • [Presentation] DNA鎖間架橋除去におけるFAN1ヌクレアーゼの役割2014

    • Author(s)
      高橋 大介, 佐藤 浩一, 平山 恵美子, 高田 穣, 胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2014-10-15 – 2014-10-18
  • [Presentation] FUNCTIONAL ANALYSES OF RAD51 AND DMC1 RECOMBINASES IN RICE2014

    • Author(s)
      Wataru Kobayashi, Shinichi Machida, and Hitoshi Kurumizaka
    • Organizer
      Plant Genome Stability and Change 2014
    • Place of Presentation
      Pacific Grove, California, USA
    • Year and Date
      2014-07-17 – 2014-07-21
  • [Presentation] BIOCHEMICAL ANALYSES OF RICE DNA RECOMBINASES RAD51 AND DMC12014

    • Author(s)
      Kurumizaka, H.
    • Organizer
      Plant Genome Stability and Change 2014
    • Place of Presentation
      アシロマカンファレンスセンター アメリカ
    • Year and Date
      2014-07-17 – 2014-07-19
  • [Presentation] ファンコニ貧血タンパク質に相互作用するFAN1ヌクレアーゼの機能解析2014

    • Author(s)
      佐藤 浩一
    • Organizer
      第2回若手の会 「クロマチン動構造 若手交流ワークショップ」
    • Place of Presentation
      北海道 十勝
    • Year and Date
      2014-07-02 – 2014-07-03
  • [Remarks] 胡桃坂研究室ホームページ

    • URL

      http://www.eb.waseda.ac.jp/kurumizaka/

  • [Remarks] 清水研究室ホームページ

    • URL

      http://www.hino.meisei-u.ac.jp/chem/LBT/Shimizu01.html

URL: 

Published: 2016-06-01  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi