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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Studies for homologous recombination in chromatin

Research Project

Project/Area Number 25250023
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

胡桃坂 仁志  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (80300870)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 清水 光弘  明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2017-03-31
Keywordsゲノム多様性 / ゲノム進化・再編 / 遺伝情報複製・再編 / ゲノム機能 / 活性発現の分子機構 / 染色体構築・機能・分配 / 生体高分子構造・機能 / 構造活性相関
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、クロマチン構造上における相同組換えの分子機構の解明を目的とする。真核生物のゲノムDNAは、高次に折りたたまれたクロマチン構造を形成しているが、その高次クロマチンにおける相同組換え機構は未だ明らかでない。これまでに我々は、リンカーヒストンH1を含む高次クロマチンでの相同組換え反応機構を明らかにし、H1サブタイプにより形成される多様なクロマチン構造が相同組換え反応を制御することを発見した。
本年度は、クロマチン構造上におけるRAD51およびDMC1の機能差異を明らかにすることを目的とし、解析を行った。そのために、試験管内再構成系により調製した再構成クロマチンを用いて、ヌクレオソームの形成がRAD51とDMC1の相同的対合反応に与える影響を生化学的に解析した。その結果、DMC1は、RAD51とは異なり、ヌクレオソームが形成されていない領域で優先的に相同的対合反応を触媒することを明らかにした。ヌクレオソームが形成されていない染色体領域は、減数分裂期の組換えホットスポットに存在する。そのため、DMC1は組換えホットスポットでの組換えに特化した機能をもつことが示唆された。
次に、クロマチンでの相同組換えに重要なFanconi貧血原因遺伝子であるFANCI-FANCD2複合体と、相同組換えタンパク質RAD51との相互作用を生化学的に解析した。その結果、FANCI-FANCD2複合体はRAD51と直接相互作用し、その結果RAD51とDNAとのフィラメント形成を安定化することを明らかにした。さらに、FANCI-FANCD2複合体によって安定化されたRAD51フィラメントは、DNAを分解酵素からの消化から保護していることがわかった。以上の結果は、クロマチンにおける相同組換えの分子機構を理解する上で重要な知見を与えた。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 6 results,  Acknowledgement Compliant: 10 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results)

  • [Int'l Joint Research] Carnegie Mellon University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Carnegie Mellon University
  • [Journal Article] Xeroderma pigmentosum group C protein interacts with histones: regulation by acetylated states of histone H3.2017

    • Author(s)
      Kakumu E, Nakanishi S, Shiratori HM, Kato A, Kobayashi W, Machida S, Yasuda T, Adachi N, Saito N, Ikura T, Kurumizaka H, Kimura H, Yokoi M, Sakai W, Sugasawa K.
    • Journal Title

      Genes Cells.

      Volume: 3 Pages: 310-327

    • DOI

      10.1111/gtc.12479.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Polymorphism of apyrimidinic DNA structures in the nucleosome.2017

    • Author(s)
      Osakabe A, Arimura Y, Matsumoto S, Horikoshi N, Sugasawa K, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 7 Pages: 41783

    • DOI

      10.1038/srep41783.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Identification of the amino acid residues responsible for stable nucleosome formation by histone H3.Y.2017

    • Author(s)
      Kujirai T, Horikoshi N, Xie N, Taguchi H, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Nucleus.

      Volume: - Pages: 1-10

    • DOI

      10.1080/19491034.2016.1277303.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] In vitro reconstitution and biochemical analyses of the Schizosaccharomyces pombe nucleosome.2017

    • Author(s)
      Koyama M, Nagakura W, Tanaka H, Kujirai T, Chikashige Y, Haraguchi T, Hiraoka Y, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun.

      Volume: 482 Pages: 896-901

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.11.130.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] FANCI-FANCD2 stabilizes the RAD51-DNA complex by binding RAD51 and protects the 5′-DNA end.2016

    • Author(s)
      Sato K, Shimomuki M, Katsuki Y, Takahashi D, Kobayashi W, Ishiai M, Miyoshi H, Takata M, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 44 Pages: 10758-10711

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Structure of the human DNA-repair protein RAD52 containing surface mutations.2016

    • Author(s)
      Saotome M, Saito K, Onodera K, Kurumizaka H, Kagawa W.
    • Journal Title

      Acta Crystallogr F Struct Biol Commun.

      Volume: 72 Pages: 598-603

    • DOI

      10.1107/S2053230X1601027X.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Sequence-directed nucleosome-depletion is sufficient to activate transcription from a yeast core promoter in vivo.2016

    • Author(s)
      Ichikawa Y, Morohashi N, Tomita N, Mitchell AP, Kurumizaka H, Shimizu M.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun.

      Volume: 476 Pages: 57-62

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.05.063.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Structural and biochemical analyses of monoubiquitinated human histones H2B and H4.2016

    • Author(s)
      Machida S, Sekine S, Nishiyama Y, Horikoshi N, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Open Biol.

      Volume: 6 Pages: 160090

    • DOI

      10.1098/rsob.160090.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Crystal structures of heterotypic nucleosomes containing histones H2A.Z and H2A.2016

    • Author(s)
      Horikoshi N, Arimura Y, Taguchi H, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Open Biol.

      Volume: 6 Pages: 160127

    • DOI

      10.1098/rsob.160127.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Chromatin architecture may dictate the target site for DMC1, but not for RAD51, during homologous pairing.2016

    • Author(s)
      Kobayashi W, Takaku M, Machida S, Tachiwana H, Maehara K, Ohkawa Y, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 6 Pages: 24228

    • DOI

      10.1038/srep24228

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Structural studies for epigenetic regulation of genomic DNA2016

    • Author(s)
      Hitoshi Kurumizaka
    • Organizer
      10th International 3R (Replication, Recombination and Repair) Symposium
    • Place of Presentation
      松江
    • Year and Date
      2016-11-13 – 2016-11-17
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] がん細胞で見られるヒストン変異のクロマチン構造・動態変動への影響2016

    • Author(s)
      胡桃坂 仁志
    • Organizer
      第89回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2016-09-25 – 2016-09-27
    • Invited
  • [Presentation] ALTERED STRUCTURES AND PHYSICAL CHARACTERISTICS OF NUCLEOSOMES CONTAINING CANCER-ASSOCIATED HISTONE MUTATIONS2016

    • Author(s)
      Hitoshi Kurumizaka
    • Organizer
      DNA metabolism, genome stability and diseases
    • Place of Presentation
      中国
    • Year and Date
      2016-06-13 – 2016-06-17
    • Int'l Joint Research / Invited

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Published: 2018-01-16   Modified: 2022-01-28  

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