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2014 Fiscal Year Annual Research Report

レオウイルスの感染・増殖機構の理解を目指した原子構造と分子間ネットワークの解明

Research Project

Project/Area Number 25251009
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

中川 敦史  大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (20188890)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 宮崎 直幸  生理学研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 研究員 (00634677)
一木 珠樹  独立行政法人農業生物資源研究所, その他部局等, 研究員 (70355501)
岩崎 憲治  大阪大学, たんぱく質研究所, 准教授 (20342751)
Project Period (FY) 2013-05-31 – 2016-03-31
Keywordsウイルスの細胞内動態 / 分子認識および相互作用 / X線結晶構造解析 / 放射光 / クライオ電子顕微鏡 / 電子顕微鏡トモグラフィー
Outline of Annual Research Achievements

1.ウイルス粒子の構造解析 高圧凍結したRDV粒子の結晶から,2.5A分解能を超える高分解能の回折点を観測する事に成功した.高圧凍結の適用により1つの結晶から3.4A分解能のフルデータ収集に成功した.このデータを用いた構造精密化を進めている.また,X線自由電子レーザー施設LCLSにおいてコヒーレント回折イメージング実験を行い,RDV単粒子からのスペックルの観測に成功した.
2.ウイルス蛋白質の大量調製及び構造解析 RDVのバイロプラズマ主構成蛋白質Pns12の結晶構造を2.1A分解能で決定する事に成功した.これまで知られている他のレオウイルス属由来のバイロプラズマとは異なる新規なオリゴマー構造であることが明らかとなった.RDVのRNAキャッピング酵素P5の大量調製・結晶化に成功し,分解能2.1Aの回折強度データを得る事に成功した.新規構造であるため,位相決定を目指した重原子置換体の作製と回折実験を試みている.RDVの内殻中で核酸を保持する機能を有すると推定されている核酸結合蛋白質P7の大量調製と高純度化に成功した.結晶化スクリーニングの結果,X線回折を得るには不十分であるが結晶様の沈殿が得られており,引き続き結晶化条件の最適化を行っている.
3.ウイルスの細胞内動態の解析 クライオ電子線トモグラフィーによりウイルスを感染させた昆虫培養細胞の観察を行い,ウイルス感染後期において,ウイルスが細胞からエキソサイトーシスにより放出される様子を詳しく観察することに成功した.その成果を現在論文としてまとめている.また,宿主内でどのようにウイルスが増殖・伝搬しているのか調べるために,Serial block-face SEM用の試料を作製した.今後,それらの試料を使ってデータ取得ならびに解析を進めていく.クライオ電子顕微鏡トモグラフィーによりウイルスを感染させた細胞の観察を行い,昆虫細胞および植物細胞内での局在および感染過程の観察に成功し,論文に報告した.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

クライオ電子顕微鏡トモグラフィーによる感染細胞観察が順調に進展し,論文としてまとめることができる結果を得ることができた.現在論文作成中である.RDV由来の蛋白質について,Pns12の2.1A分解能の構造解析に成功し,現在論文にまとめるための生化学データの収集を進めている.また,P5の2.1A分解能の回折データを収集することができ,現在位相決定を進めている. P7については,高純度の試料を大量に得るプロトコルを確立し,結晶化スクリーニングを進めている.P2を欠損したウイルス粒子については,1つの結晶から3.4A以上の分解能のフルデータセットの収集に成功した.さらに高圧凍結により.2.5Aを超える回折像は得られており,平成27年度中にフルデータセットの取得と構造解析を目指す.
以上の理由により,「おおむね順調に進展している」とした.

Strategy for Future Research Activity

Pns12,P5のX線結晶構造解析を論文としてまとめるとともに,P7など他のウイルス蛋白質の構造解析を進める.電子顕微鏡に関しては,時間軸を加えた解析を積極的に進める.P2を保持したウイルス粒子についてはクライオ電子顕微鏡を用いた解析とともに,P2単体のX線構造解析を進め,その結果と合わせることで.全体像の解明を目ざす.P2を欠損したウイルス粒子については,2.5A以上の高分解能構造解析を進める.
最終年度にあたって,これまで成果をまとめ,原子構造に基づくウイルスのライフサイクルの解明を目指す.

  • Research Products

    (14 results)

All 2015 2014

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 4 results) Book (5 results)

  • [Journal Article] Characterization of Self-assembled Virus-like Particles of Merkel Cell Polyomavirus2015

    • Author(s)
      Tian-Cheng Li, Kenji Iwasaki, Harutaka Katano, Michiyo Kataoka, Noriyo Nagata, Kazumi Kobayashi, Tetsuya Mizutani, Naokazu Takeda, Takaji Wakita, Tetsuro Suzuki
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 10 Pages: e0115646

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0115646

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] All-atom molecular dynamics calculation study of entire poliovirus empty capsids in solution2014

    • Author(s)
      Y. Andoh, N. Yoshii, A. Yamada, K. Fujimoto, H. Kojima, K. Mizutani, A. Nakagawa, A. Nomoto, and S. Okazaki
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 141 Pages: 165101

    • DOI

      10.1063/1.4897557

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Structure Determination of Biological Macromolecules2015

    • Author(s)
      Atsushi Nakagawa
    • Organizer
      Workshop on Innovation and Pioneering Technology (WINTech2015)
    • Place of Presentation
      神戸大学統合研究拠点コンベンションホール(兵庫県・神戸市)
    • Year and Date
      2015-03-12
    • Invited
  • [Presentation] 熱ショックタンパク質(Hsp70)はファイトレオウイルスの媒介昆虫細胞内での増殖に関与する2014

    • Author(s)
      一木(植原)珠樹,大橋美保,上野敬規,宮崎直幸,中川敦史
    • Organizer
      第62回日本ウイルス学会学術集会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-10 – 2014-11-12
  • [Presentation] イネ萎縮ウイルス由来 viroplasmタンパク質Pns12のX線結晶構造解析2014

    • Author(s)
      梶浦 直起,東浦 彰史,北尾 雅博,秋田 総理,清水 巧,一木 珠樹,笹谷 孝英,大村 敏博,月原 冨武,中川 敦史
    • Organizer
      平成26年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      東京大学農学部(東京都・文京区)
    • Year and Date
      2014-11-01 – 2014-11-03
  • [Presentation] 放射光を利用した タンパク質結晶構造解析2014

    • Author(s)
      中川敦史
    • Organizer
      日本学術振興会東北地区会議学術講演会
    • Place of Presentation
      岩手大学工学部テクノホール(岩手県・盛岡市)
    • Year and Date
      2014-10-25
    • Invited
  • [Presentation] Detailed cell entry mechanism of Rice dwarf virus2014

    • Author(s)
      宮崎直幸,東浦彰史,東浦智子,秋田総理,日比野啓行,大村敏博,中川敦史,岩崎憲治
    • Organizer
      第52回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [Presentation] 連続ブロック表面走査型電子顕微鏡(SBF-SEM)による細胞小器官の形態観察2014

    • Author(s)
      宮崎直幸,村田和義
    • Organizer
      日本植物学会第78回大会
    • Place of Presentation
      明治大学生田キャンパス(神奈川県・川崎市)
    • Year and Date
      2014-09-12 – 2014-09-14
    • Invited
  • [Presentation] Serial Block-Face SEMによる三次元形態観察の特徴と応用2014

    • Author(s)
      宮崎直幸,村田和義
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第70回学術講演会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉県・千葉市)
    • Year and Date
      2014-05-11 – 2014-05-13
    • Invited
  • [Book] 進化を続ける構造生物学 新たなタンパク質機能の解明と創出(松島正明,伊中浩治編) 放射光を利用したウイルス粒子の構造解析2014

    • Author(s)
      中川敦史
    • Total Pages
      216 (79-91)
    • Publisher
      化学同人
  • [Book] 現代化学2014年6月号 ウイルスの構造解析による生命現象の理解2014

    • Author(s)
      中川敦史
    • Total Pages
      80 (44-45)
    • Publisher
      東京化学同人
  • [Book] 超分子材料の設計と応用展開(原田明監修) 放射光を利用したX線結晶構造解析2014

    • Author(s)
      中川敦史
    • Total Pages
      257 (53-63)
    • Publisher
      シーエムシー出版
  • [Book] 放射光が拓く化学の現在と未来 -物質科学にイノベーションをもたらす光-(日本化学会編) タンパク質の構造解析2014

    • Author(s)
      中川敦史
    • Total Pages
      184 (62-68)
    • Publisher
      化学同人
  • [Book] アトキンス 生命科学のための物理化学 第二版2014

    • Author(s)
      稲葉章,中川敦史 訳
    • Total Pages
      600
    • Publisher
      東京化学同人

URL: 

Published: 2016-06-01  

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