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2015 Fiscal Year Annual Research Report

ヒト肉眼解剖形質のデジタル解析とゲノム基盤解明

Research Project

Project/Area Number 25251042
Research InstitutionUniversity of the Ryukyus

Principal Investigator

石田 肇  琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (70145225)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 木村 亮介  琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (00453712)
深瀬 均  北海道大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (00582115)
斎藤 成也  国立遺伝学研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 教授 (30192587)
鈴木 宏正  東京大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (40187761)
山口 徹太郎  昭和大学, 歯学部, 准教授 (40384193)
村山 貞之  琉球大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (60239548)
弦本 敏行  長崎大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (60304937)
道川 隆士  大阪大学, 学内共同利用施設等, 助教 (60435683)
荻原 直道  慶應義塾大学, 理工学部, 准教授 (70324605)
Project Period (FY) 2013-10-21 – 2016-03-31
Keywords解剖学 / ゲノム / 医用画像 / 形状解析 / 関連解析
Outline of Annual Research Achievements

これまでに約700例の顔表面形状データおよび約1000例のCT画像データを収集した。昭和大学と連携し、WNT10Aの多型が歯牙形態に与える影響を見いだすなどの成果をあげている (Kimura et al. 2015)。得られた医療画像データを基にした現時点での成果としては、鼻腔形態の地理的変異を調査した研究(Fukase et al. 2015)、頭部規格側方X線写真を基にした琉球人の形態解析(Yamauchi et al.2016) がある。
放射線診断治療学講座では、末梢性気管支胸膜痕の画像所見と臨床的意義、間質性肺炎患者の予後予測因子としてのフェーズコントラストMRIによる肺血行動態評価や胸部CTによる溺水の重症度評価を進めている。
長崎大学医学部では平成27年度に献体21体のCT画像を取得した。さらに、死亡時年齢に関する記録が残されている男女の現代人骨86体の大腿骨に関する精密なCT画像データを取得し、それらに関する形態学的解析を実施した。具体的には、標本の大腿骨のCTデータから厚みを一括して計算する手法を開発するとともに,可視化させるプログラムを開発した。提案手法は,2値化したCTデータを,骨,大腿骨内部の空洞,背景の3値に分類する.この時,CT値の勾配情報を利用することで,厚みが薄い箇所でも安定的に骨とそれ以外を区別できるようにしたものである。
日本列島人の遺伝的多様性を把握するため、鹿児島県住民および出雲地方人のゲノムワイドSNPを、ジャポニカアレイを用いてタイピングし、他の集団と比較した。PCAの結果では、大部分の個体は本土のクラスターのなかのやや沖縄寄りに位置したが、10名ほどは独自の様相をもっており、Admixture解析でも同じであった。これは日本の南部に沖縄本島とは異なる遺伝的背景を持つ集団が残存している可能性を示唆する。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (50 results)

All 2016 2015 Other

All Journal Article (15 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 15 results) Presentation (32 results) (of which Int'l Joint Research: 9 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] No distinction of orthology/paralogy between human and chimpanzee Rh blood group genes.2016

    • Author(s)
      Kitano T., Kim C.-G., Blancher A., Saitou N.
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 8 Pages: 519-527

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Clinical evaluation of bioabsorbable mesh for secondary bone grafts in the alveolar cleft.2016

    • Author(s)
      Shirota T, Ogura H, Suzuki M, Akizuki A, Kamatani T, Kondo S, Yamaguchi Y.
    • Journal Title

      Dentistry

      Volume: 6 Pages: 353

    • DOI

      10.4172/2161-1122.1000353

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Can Peripheral Bronchopleural Fistula Demonstrated on Computed Tomography be Treated Conservatively? A Retrospective Analysis.2016

    • Author(s)
      Tsubakimoto M, Murayama S, Iraha R, Kamiya H, Tsuchiya N, Yamashiro T.
    • Journal Title

      J Comput Assist Tomogr

      Volume: 40(1) Pages: 86-90

    • DOI

      10.1097/RCT.0000000000000328

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Size and placement of developing anterior teeth in immature Neanderthal mandibles from Dederiyeh Cave, Syria: Implications for emergence of the modern human chin.2015

    • Author(s)
      Fukase H, Kondo O, Ishida H.
    • Journal Title

      American Journal of Physical Anthropology

      Volume: 156 Pages: 482-488

    • DOI

      10.1002/ajpa.22665

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Common polymorphisms in WNT10A have modest effects on tooth morphology.2015

    • Author(s)
      Kimura R, Watanabe C, Kawaguchi A, Kim YI, Ishida H, Park SB, Maki K, Yamaguchi T.
    • Journal Title

      Human Molecular Genetics

      Volume: 24 Pages: 2673-2680

    • DOI

      10.1093/hmg/ddv014

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Model-based verification of hypotheses on the origin of modern Japanese revisited by Bayesian inference based on genome-wide SNP data.2015

    • Author(s)
      Nakagome S, Sato T, Ishida H, Hanihara T, Kimura R, Mano S, Oota H, The Asian DNA Repository Consortium.
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 32 Pages: 1533-1543

    • DOI

      10.1093/molbev/msv045

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Weaning age in an expansion population: stable carbon and nitrogen isotope analysis of infant feeding practices in the Okhotsk culture (5th - 13th centuries AD) in northern Japan.2015

    • Author(s)
      Tsutaya T, Ishida H, Yoneda M.
    • Journal Title

      American Journal of Physical Anthropology

      Volume: 157 Pages: 544-555

    • DOI

      10.1002/ajpa.22740

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unique characteristics of the Ainu population in northern Japan.2015

    • Author(s)
      Jinam T. A., Kanzawa-Kiriyama H., Inoue I., Tokunaga K., Omoto K., Saitou N.
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 60 Pages: 565-571

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Human genetic diversity in the Japanese Archipelago: dual structure and beyond.2015

    • Author(s)
      Jinam T. A., Kanzawa-Kiriyama H., Saitou N.
    • Journal Title

      Genes and Genetic Systems

      Volume: 90 Pages: 147-152

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitative assessment of cervical vertebra maturation using cone-beam computed tomography in Korean girls.2015

    • Author(s)
      Byun BR, Kim YI, Yamaguchi T, Maki K, Son WS.
    • Journal Title

      Comput Math Methods Med

      Volume: 2015 Pages: 405912

    • DOI

      10.1155/2015/405912.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Application of statistical shape analysis for the estimation of bone and forensic age using the shapes of the 2nd, 3rd and 4th cervical vertebrae in a young Japanese population.2015

    • Author(s)
      Rhee CH, Shin SM, Choi YS, Yamaguchi T, Maki K, Kim YI, Kim SS, Park SB, Son WS.
    • Journal Title

      Forensic Sci Int

      Volume: 257 Pages: 513.e1-9

    • DOI

      10.1016/j.forsciint.2015.08.018.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 電動スライダーによるボタンプル計測と顎顔面形態との関係.2015

    • Author(s)
      古谷亮子。木村仁、山口徹太郎、伊能教夫、槇宏太郎
    • Journal Title

      東京矯歯会誌

      Volume: 25 Pages: 34-38

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] コーンビームCTで計測した鼻腔・副鼻腔の3次元音響解析2015

    • Author(s)
      竹本 浩典、北村 達也、蒔苗 久則、山口 徹太郎、槇 宏太郎.
    • Journal Title

      信学技報

      Volume: SP2015-93 Pages: 45-50

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Controlling cavity structure for printing natural objects2015

    • Author(s)
      T Michikawa, H Suzuki
    • Journal Title

      Elsevier

      Volume: 48 Pages: 2323-26

    • DOI

      10.1016/j.ifacol.2015.06.434

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Three-dimensional Endocranial Shape Variation in the Modern Japanese Population2015

    • Author(s)
      Morita, Y., Amano, H., Ogihara, N.
    • Journal Title

      Anthropological Science

      Volume: 123(3) Pages: 185-191

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 日本人女性の大腿骨における皮質形態の経年変化について.2016

    • Author(s)
      今村 剛,佐伯和信,岡本圭史,分部哲秋,大神敬子,西 啓太,弦本敏行.
    • Organizer
      第121回日本解剖学会総会・全国学術集会
    • Place of Presentation
      ビッグパレットふくしま ( 福島県 郡山市 )
    • Year and Date
      2016-03-28 – 2016-03-30
  • [Presentation] 皮神経間の交通-上肢・下肢-2016

    • Author(s)
      岡本圭史,佐伯和信,分部哲秋,大神敬子,西 啓太,弦本敏行.
    • Organizer
      第121回日本解剖学会総会・全国学術集会
    • Place of Presentation
      ビッグパレットふくしま ( 福島県 郡山市 )
    • Year and Date
      2016-03-28 – 2016-03-30
  • [Presentation] 鼡径靱帯近傍における外腸骨・大腿動脈の分枝に関する臨床解剖学的検討-安全な超音波ガイド下大腿神経ブロック手技施行のために.2016

    • Author(s)
      大神敬子,村田寛明,佐伯和信,真鍋義孝,岡本圭史,分部哲秋,西 啓太,今村剛,弦本敏行.
    • Organizer
      第121回日本解剖学会総会・全国学術集会
    • Place of Presentation
      ビッグパレットふくしま ( 福島県 郡山市 )
    • Year and Date
      2016-03-28 – 2016-03-30
  • [Presentation] 胸腹部内臓の系統解剖学実習を高学年で再び実施する効果 -学生アンケート調査を踏まえて-.2016

    • Author(s)
      佐伯和信、岡本圭史、分部哲秋、大神敬子、西啓太、弦本敏行.
    • Organizer
      第121回日本解剖学会総会・全国学術集会
    • Place of Presentation
      ビッグパレットふくしま ( 福島県 郡山市 )
    • Year and Date
      2016-03-28 – 2016-03-30
  • [Presentation] 上顎正中過剰埋伏歯原因因子同定のためのヒトゲノム解析2016

    • Author(s)
      高橋正皓、山口徹太郎、細道一善、矢野圭介、芳賀秀郷、田嶋敦、槇宏太郎.
    • Organizer
      昭和大学歯学部 文部科学省私立大学戦略的研究基盤形成支援事業 平成27年度シンポジウム 「次世代型顎口腔組織再生医療の研究開発拠点形成」研究成果発表会
    • Place of Presentation
      昭和大学 ( 東京都 品川区 )
    • Year and Date
      2016-03-12
  • [Presentation] コーンビームCTで計測した鼻腔・副鼻腔の3次元音響解析.2016

    • Author(s)
      竹本浩典、北村達也、蒔苗久則、山口徹太郎、槇宏太郎
    • Organizer
      2016年1月度音声研究会
    • Place of Presentation
      サンピアンかわさき ( 神奈川県 川崎市 )
    • Year and Date
      2016-01-14
  • [Presentation] Human nonmetric cranial variations.2016

    • Author(s)
      Ishida H.
    • Organizer
      The 3rd Workshop of Biological Anthropologists
    • Place of Presentation
      University of Oxford ( Oxford UK )
    • Year and Date
      2016-01-11
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The association between pulmonary hemodynamics measured by phase-contrast MRI and acute exacerbations of interstitial lung diseases.2015

    • Author(s)
      Tsuchiya N, Murayama S, Iwasawa T, Ogura T, Yamashiro T.
    • Organizer
      The 101st Scientific Assembly and Annual Meeting of the RSNA
    • Place of Presentation
      McCormick Place ( Chicago, IL,USA)
    • Year and Date
      2015-11-29 – 2015-12-04
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 顎顔面外科手術を伴う歯科矯正治療における手術前後の咀嚼効率変化.2015

    • Author(s)
      常岡美里、山口徹太郎、近藤誠二、代田達夫、槇宏太郎.
    • Organizer
      第62回昭和大学学士会総会
    • Place of Presentation
      昭和大学 ( 東京都 品川区 )
    • Year and Date
      2015-11-28
  • [Presentation] 疾患特異的iPS細胞を用いた疾患発症機序の解明.2015

    • Author(s)
      泉田恵理、宮本洋一、山口徹太郎、山田篤、大津真、上條竜太郎、槇宏太郎.
    • Organizer
      第62回昭和大学学士会総会
    • Place of Presentation
      昭和大学 ( 東京都 品川区 )
    • Year and Date
      2015-11-28
  • [Presentation] コーンビームCT画像により評価した垂直的骨格型における下顎骨体積.2015

    • Author(s)
      中脇貴俊、山口徹太郎、方山光朱、冨田大介、槇宏太郎.
    • Organizer
      第74回日本矯正歯科学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 ( 福岡県 福岡市 )
    • Year and Date
      2015-11-18 – 2015-11-20
  • [Presentation] 上顎正中過剰埋伏歯のヒトゲノム解析.2015

    • Author(s)
      高橋正皓、山口徹太郎、細道一善、矢野圭介、芳賀秀郷、井ノ上逸朗、田嶋敦、槇宏太郎.
    • Organizer
      第74回日本矯正歯科学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 ( 福岡県 福岡市 )
    • Year and Date
      2015-11-18 – 2015-11-20
  • [Presentation] 手術を伴う矯正歯科治療における顎顔面外科手術前後の咀嚼効率変化.2015

    • Author(s)
      常岡美里、中村道、山口徹太郎、近藤誠二、代田達夫、槇宏太郎.
    • Organizer
      第74回日本矯正歯科学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 ( 福岡県 福岡市 )
    • Year and Date
      2015-11-18 – 2015-11-20
  • [Presentation] 成長期上顎前突症例における下顎の治療効果について.2015

    • Author(s)
      山口徹太郎.
    • Organizer
      第74回日本矯正歯科学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場 ( 福岡県 福岡市 )
    • Year and Date
      2015-11-18 – 2015-11-20
  • [Presentation] 日本人における顔面形態解析と関連遺伝子多型の探索.2015

    • Author(s)
      木村亮介、渡辺千晶、宮里絵理、山口今日子、佐藤丈寛、伊藤毅、川口亮、石田肇、山口徹太郎、山本健、河内まき子、持丸正明.
    • Organizer
      第69回日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      産業技術総合研究所 ( 東京都 江東区 )
    • Year and Date
      2015-10-10 – 2015-10-12
  • [Presentation] 寛骨耳状面の三次元形態分析に関する方法的検討.2015

    • Author(s)
      佐伯和信,弦本敏行,西啓太,岡本圭史,分部哲秋.
    • Organizer
      第68回日本人類学会大会
    • Place of Presentation
      産業技術総合研究所 ( 東京都 江東区 )
    • Year and Date
      2015-10-10 – 2015-10-12
  • [Presentation] A novel causative gene for permanent tooth agenesis.2015

    • Author(s)
      T Yamaguchim, K Hosomichim YI Kim, K Yano, S Haga, K Katayama, SB Park, I Inoue, K Maki.
    • Organizer
      8th International Orthodontic Congress
    • Place of Presentation
      ExCel London ( London UK )
    • Year and Date
      2015-09-27 – 2015-09-30
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A genome-wide association study for third molar agenesis in East Asian populations.2015

    • Author(s)
      Haga S,Yamaguchi T,Nakaoka H,Kim YI,Samoto H,Katayama K, Ishida H, Park SB,Kimura R,Inoue I,Maki K.
    • Organizer
      8th International Orthodontic Congress
    • Place of Presentation
      ExCel London ( London UK )
    • Year and Date
      2015-09-27 – 2015-09-30
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Novel susceptibility loci for degenerative bony changes of the temporomandibular joint identified by a genome-wide association study.2015

    • Author(s)
      Yamaguchi T, Nakaoka H, Fujikawa T, Kim YI, Shibusawa T, Haga S, Katayama K, Park SB, Inoue I, Maki K.
    • Organizer
      8th International Orthodontic Congress
    • Place of Presentation
      ExCel London ( London UK )
    • Year and Date
      2015-09-27 – 2015-09-30
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Japonica Arrayを用いた日本列島人2集団96名の解析.2015

    • Author(s)
      斎藤成也
    • Organizer
      日本遺伝学会第87回仙台大会
    • Place of Presentation
      東北大学 ( 宮城県 仙台市)
    • Year and Date
      2015-09-24 – 2015-09-26
  • [Presentation] 顔面サイズの個体差とその要因2015

    • Author(s)
      木村亮介、渡辺千晶、宮里絵理、山口今日子、佐藤丈寛、川口亮、山本健、山口徹太郎、石田肇.
    • Organizer
      日本遺伝学会第87回大会
    • Place of Presentation
      東北大学 ( 宮城県 仙台市)
    • Year and Date
      2015-09-24 – 2015-09-26
  • [Presentation] A novel causative gene for permanent tooth agenesis.2015

    • Author(s)
      Yamaguchi T, Hosomichi K, Kim YI, Yano K, Haga S, Katayama K, Park SB, Maki K, Inoue I.
    • Organizer
      The 16th Congress of International Society of Craniofacial Surgery.
    • Place of Presentation
      ヒルトン東京ベイホテル ( 千葉県 浦安市 )
    • Year and Date
      2015-09-14 – 2015-09-18
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Genetic background for third molar agenesis.2015

    • Author(s)
      Takahashi M, Yamaguchi T, Haga S, Furuya R, Tsuneoka M, Maruyama N, Nakawaki T, Maki K.
    • Organizer
      The 16th Congress of International Society of Craniofacial Surgery.
    • Place of Presentation
      ヒルトン東京ベイホテル ( 千葉県 浦安市 )
    • Year and Date
      2015-09-14 – 2015-09-18
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Surgical Orthodontic treatment of maxillary setback movement.2015

    • Author(s)
      Haga S, Yamaguchi T, Furuya R, Tsuneoka M, Futaki K, Ichikawa Y, Kurihara Y, Kondo S, Shirota T, Maki K.
    • Organizer
      The 16th Congress of International Society of Craniofacial Surgery.
    • Place of Presentation
      ヒルトン東京ベイホテル ( 千葉県 浦安市 )
    • Year and Date
      2015-09-14 – 2015-09-18
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Changes in chewing efficiency before and after orthognathic surgery.2015

    • Author(s)
      Tsuneoka M, Nakamura T, Shirota T, Yamaguchi T, Maki K.
    • Organizer
      The 16th Congress of International Society of Craniofacial Surgery.
    • Place of Presentation
      ヒルトン東京ベイホテル ( 千葉県 浦安市 )
    • Year and Date
      2015-09-14 – 2015-09-18
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 「歯科矯正用アンカースクリューを役立てるために -矯正歯科医との連携-」.2015

    • Author(s)
      山口徹太郎.
    • Organizer
      2015年度 日本歯科審美学会 第1回歯科審美セミナー
    • Place of Presentation
      大阪大学中之島センター ( 大阪府大阪市 )
    • Year and Date
      2015-06-14
  • [Presentation] 下顎前歯先天欠如の原因遺伝子の同定2015

    • Author(s)
      山口徹太郎、芳賀秀郷、方山光朱、中脇貴俊、富田大介、槇宏太郎.
    • Organizer
      第25回特定非営利活動法人日本顎変形症学会総会
    • Place of Presentation
      ベルサール神田 ( 東京都 千代田区 )
    • Year and Date
      2015-06-04 – 2015-06-05
  • [Presentation] 第三大臼歯先天欠如の遺伝的背景.2015

    • Author(s)
      山口徹太郎、芳賀秀郷、古谷亮子、常岡美里、高橋正皓、丸山範子、槇宏太郎.
    • Organizer
      第25回特定非営利活動法人日本顎変形症学会総会
    • Place of Presentation
      ベルサール神田 ( 東京都 千代田区 )
    • Year and Date
      2015-06-04 – 2015-06-05
  • [Presentation] 顎顔面外科手術前後の咀嚼効率変化ー第2報ー2015

    • Author(s)
      常岡美里、山口徹太郎、中村道、代田達夫、槇宏太郎.
    • Organizer
      第25回特定非営利活動法人日本顎変形症学会総会
    • Place of Presentation
      ベルサール神田 ( 東京都 千代田区 )
    • Year and Date
      2015-06-04 – 2015-06-05
  • [Presentation] 上顎骨を後方に移動した4例2015

    • Author(s)
      芳賀秀郷、山口徹太郎、古谷亮子、常岡美里、二木克嘉、市川雄大、栗原祐史、近藤誠二、代田達夫、槇宏太郎.
    • Organizer
      第25回特定非営利活動法人日本顎変形症学会総会
    • Place of Presentation
      ベルサール神田 ( 東京都 千代田区 )
    • Year and Date
      2015-06-04 – 2015-06-05
  • [Presentation] 日本の先史狩猟採集民と形質人類学~骨格形態の気候適応という観点から~2015

    • Author(s)
      深瀬均
    • Organizer
      第72回日本生理人類学会
    • Place of Presentation
      北海道大学 (北海道 札幌市)
    • Year and Date
      2015-05-30 – 2015-05-31
  • [Presentation] 胸部CTによる溺水の重症度評価2015

    • Author(s)
      土屋奈々絵,村山貞之,大野良治,中野恭幸,山城恒雄,伊良波倫,宜保慎二
    • Organizer
      第74回日本医学放射線学会総会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜 (神奈川県 横浜市)
    • Year and Date
      2015-04-16 – 2015-04-19
  • [Book] 歴誌主義宣言2016

    • Author(s)
      斎藤成也
    • Total Pages
      207
    • Publisher
      ウェッジ
  • [Book] 日本列島人の歴史2015

    • Author(s)
      斎藤成也
    • Total Pages
      224
    • Publisher
      岩波書店(岩波ジュニア新書)
  • [Remarks] 琉球大学大学院医学研究科人体解剖学講座ホームページ

    • URL

      http://w3.u-ryukyu.ac.jp/anatomy1/

URL: 

Published: 2017-01-06  

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