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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Stochastic neurocomputing with incorporating the survival strategies of micro-algae cells

Research Project

Project/Area Number 25280092
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

尾笹 一成  国立研究開発法人理化学研究所, 前田バイオ工学研究室, 専任研究員 (10231234)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2017-03-31
Keywordsソフトコンピューティング / 生物物理 / 微生物 / 生存戦略 / 確率的情報処理
Outline of Annual Research Achievements

生物の持つ多様性や生存戦略を情報処理に利用することで、より柔軟な処理や機知に富んだ判断を計算機上で実現することが期待される。本研究では、遊泳性微生物ミドリムシの生存戦略行動と多様性を実験で明らかにし、それらをソフトコンピューティング機能として実装することを目指した。平成28年度は、確率的ニューロコンピューティングと環境対応実験を行った。
「確率的ニューロコンピューティング」では、より計算が効率的に進められるノイズ振動子タイプのシミュレーションを軸とし、ミドリムシ独自の性質として光に対して回避行動の効率があがる効果(Gradual evacuation、GE効果)と光に対して耐性が増える効果(Photo adaptation、PA効果)のそれぞれを法則として確率適用法として導入した。GE効果を確率0.05で導入するとsolution numberが約1.3倍に増加するが、performance scoreは増加しなかった。また、PA効果を確率0.05で導入するとsolution numberもperformance scoreも2分の1以下に減少した。これらの効果を同時に確率0.05で適用すると、solution numberが1.3倍となりperformance scoreは2.6倍に増加した。この結果により、2つの効果を同時に導入する確率的ニューロコンピューティングが有効であることが実証できた。
「環境対応実験」では、より多数の現象論的記述ルールを適用すべくミドリムシの光応答の安定性と環境ストレスの関係を実験で調べた。環境ストレスを大きく受けた場合には、耐性が失われる場合が確率的に発生することがわかった。これらを確率的ニューロコンピューティングに適応するために、効果ルールの適用確率を計算の進行にともなって徐々に変化させる確率変遷のアルゴリズムを開発した。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Causes of Carryover

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Expenditure Plan for Carryover Budget

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2017 2016 Other

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Temporal change of photophobic step-up responses of Euglena gracilis investigated through motion analysis2017

    • Author(s)
      K.Ozasa, J.Won, S.Song, S.Tamaki, T.Ishikawa, M.Maeda
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 12 Pages: e0172813

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0172813

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Autonomous oscillation/separation of cell density artificially induced by optical interlink feedback as designed interaction between two isolated microalgae chips2016

    • Author(s)
      K.Ozasa, J.Won, S.Song, M.Maeda
    • Journal Title

      Sci. Rep.

      Volume: 6 Pages: 24602

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1038/srep24602

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Toxic Effect Monitoring by Analyzing Swimming Motions of Microbial Cells Confined in Microfluidic Chip with Micro-Trench Flow Injection2016

    • Author(s)
      K.Ozasa, J.Won, S.Song, M.Maeda
    • Journal Title

      Procedia Eng.

      Volume: 168 Pages: 1450-1453

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1016/j.proeng.2016.11.414

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] マイクロフルイディクスを利用した走化性の検証2017

    • Author(s)
      尾笹一成
    • Organizer
      第90回日本細菌学会総会、ワークショップ「ミクロな微生物社会を掴む新技術」
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2017-03-21 – 2017-03-21
    • Invited
  • [Presentation] ミドリムシの光応答に基づいたニューロコンピューティング2017

    • Author(s)
      尾笹一成
    • Organizer
      NI-SIGNAC-CCS合同研究会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2017-03-11 – 2017-03-11
  • [Presentation] ユーグレナの光忌避運動にみるセルの性質の多様化2016

    • Author(s)
      尾笹一成、前田瑞夫
    • Organizer
      ユーグレナ研究会第32回研究集会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2016-11-05 – 2016-11-05
  • [Presentation] Logic Pattern Operation Using Two Separated Groups of Euglena Cells in Microchips by Optical Crosslink Feedback2016

    • Author(s)
      K.Ozasa, J.Won, S.Song, M.Maeda
    • Organizer
      20th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (MicroTAS2016)
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      2016-10-10 – 2016-10-13
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Toxic Effect Monitoring by Analyzing Swimming Motions of Microbial Cells Confined in Microfluidic Chip with Micro-Trench Flow Injection2016

    • Author(s)
      K.Ozasa, J.Won, S.Song, M.Maeda
    • Organizer
      EuroSensors2016
    • Place of Presentation
      Budapest, Hungary
    • Year and Date
      2016-09-04 – 2016-09-07
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Euglena-Inspired Neurocomputing with 256 Photo-Responsive Noise Oscillators2016

    • Author(s)
      K.Ozasa, J.Won, S.Song, M.Maeda
    • Organizer
      Unconventional Computation and Natural Computation 2016 (UCNC2016)
    • Place of Presentation
      Manchester, UK
    • Year and Date
      2016-07-11 – 2016-07-15
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Artificial Interaction between Two Isolated Micro-Algae Populations for Autonomous Pattern and Rhythm Formation2016

    • Author(s)
      K.Ozasa, J.Won, S.Song, M.Maeda
    • Organizer
      15th International Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems (ALife2016)
    • Place of Presentation
      Cancum, Mexico
    • Year and Date
      2016-07-04 – 2016-07-08
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] K.Ozasa home

    • URL

      http://www.k-ozasa.net/

  • [Remarks] 理化学研究所 前田バイオ工学研究室

    • URL

      http://www.riken.jp/lab-www/bioengineering/

  • [Remarks] Multiscale flow lab. home

    • URL

      http://iroon14.cafe24.com/xe/home

URL: 

Published: 2018-01-16  

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