2013 Fiscal Year Annual Research Report
データ識別子を活用した全生命科学データベースの統合化技術開発
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25280108
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Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
今西 規 東海大学, 医学部, 教授 (80270461)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 生命情報学 / 生体分子 / 統合データベース / 論理的データ検索 |
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| Research Abstract |
申請者が開発しているリンク自動管理システムを基盤として、以下の研究開発を行った。
テーマ（１）リンク自動管理システムの拡張による「論理的統合データベース」の開発、に関しては、世界の主要な公開データベースの追加を行った。特に、ヒトのプロテオーム分野のデータベースについては、Human Protein ATLAS、Peptide ATLAS、Ensembl Protein、neXtProtの4件をリンク自動管理システムに追加することにより、ヒトのタンパク質に関する新しい実験データに容易にアクセスできるようになった。また、リンク自動管理システムで大量データの高速な処理を実現するため、新たにデータ作成用のサーバ環境を構築し、さらにプログラムの大幅な改良・並列処理化を行った。これにより、以前のおよそ半分の時間でのデータ作成を実現し、今後予定している対象データベースの増加に十分対応できるようになった。
テーマ（２）論理ネットワーク上の芋づる式検索の開発、に関しては、各データベースの分子情報をGene、Transcript、Protein、Structure、Diseaseなどのカテゴリーに細分類するとともに、ID間の論理的な関係の整理を行い、因果関係、対応関係、相関関係、結合関係（例えば薬剤と標的タンパク質の関係）、属性関係（例えばSNPは遺伝子の属性である）の5種類に分類した。これを基礎として、データ間の論理的な関係を利用したデータの芋づる式検索ソフトウエアの設計を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
新規データベースのリンク自動管理システムへの追加が当初の計画よりもやや遅れているが、全体としては研究は順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後はテーマ１およびテーマ２を継続的に実施するとともに、平成26年度は新たにテーマ３．データ取得用ウェブサービスの開発、およびテーマ４．網羅的関連発見ツール（enrichment analysisツール）の開発、に取り組む。また、平成27年度はテーマ５．類似データ自動検索ツール（prioritization analysisツール）の開発、に取り組む。研究成果は順次、リンク自動管理システム（http://biodb.jp/）に反映させ、公開していく。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
研究員の人件費が当初の予定よりも小額になったため。
主に研究員の人件費に使用する。
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