2014 Fiscal Year Annual Research Report
データ識別子を活用した全生命科学データベースの統合化技術開発
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25280108
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
今西 規 東海大学, 医学部, 教授 (80270461)
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2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 生命情報学 / 生体分子 / 統合データベース / 論理的データ検索 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
申請者が開発しているリンク自動管理システムを基盤として、以下の研究開発を行った。
テーマ（１）リンク自動管理システムの拡張による「論理的統合データベース」の開発、に関しては、世界の主要な公開データベースの追加を行った。特に、ヒトゲノムのsingle nucleotide polymorphisms（SNPs）に関するデータベースのID統合化を新たに実施した。対応データベースとしてdbSNP、VaDE、iJGVD、HGVD、JSNPの5件を追加した結果、さまざまな人類集団でのSNP頻度のデータや疾患との関連などの情報に容易にアクセスできるようになった。また、今年度はディスクの故障が発生してサーバ運用に支障が生じたことから、新たにテープ装置を導入し、バックアップの作成を効率良く行うことができるようにした。さらに、公開サーバを産業技術総合研究所から東海大学へ移設した。
テーマ（２）論理ネットワーク上の芋づる式検索の開発に関しては、前年度に引き続き、データ間の論理的な関係を利用したデータの芋づる式検索ソフトウエアの設計を行った。データ量が増加しているため、高速な検索を実現するための設計改良が必要となった。また、テーマ３．データ取得用ウェブサービスの開発、テーマ４．網羅的関連発見ツール（enrichment analysisツール）の開発についても、設計に着手した。
このほか、本研究の内容について、第37回日本分子生物学会年会にて「リンク自動管理システムによるデータベース統合化とデータマイニング基盤の構築」というタイトルで研究発表を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ディスク故障やサーバの移転による遅れが発生したが、研究開発はおおむね順調に進めている。新たな検索システムの設計については、データ量の増加に対応するため試行錯誤を行っている。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後はテーマ１、テーマ２を継続的に実施するとともに、テーマ３．データ取得用ウェブサービスの開発、およびテーマ４．網羅的関連発見ツール（enrichment analysisツール）の開発、に重点的に取り組む。また、テーマ５．類似データ自動検索ツール（prioritization analysisツール）の開発、に取り組む。研究成果は順次、リンク自動管理システム（http://biodb.jp/）に反映させ、公開していく。
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| Causes of Carryover |
人件費が当初予定よりも使用額が少なくなったため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
次年度には主に人件費として使用する。
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