2013 Fiscal Year Annual Research Report
次世代シーケンス解析に基づく土壌動物の生物多様性および機能性評価システムの開発
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25281029
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Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Research Institution | Yokohama National University |
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Principal Investigator |
中森 泰三 横浜国立大学, 環境情報研究院, 講師 (50443081)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
金子 信博 横浜国立大学, 環境情報研究院, 教授 (30183271)
齋藤 星耕 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 研究員 (10623754)
青山 洋昭 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 研究員 (20468078)
藤井 佐織 横浜国立大学, 環境情報研究院, 産学連携研究員 (50648045)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | DNAバーコード / 次世代シーケンス / 土壌動物 / 環境評価 |
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| Research Abstract |
中型土壌動物群集は、環境を読み解くための指標として注目されているが、分類学的な難しさ、生態学的情報の欠如などから環境評価に広く利用されるには至っていない。そこで本研究では、次世代シーケンサーによる中型土壌動物の群集解析手法を開発するとともに、同データから種多様性、系統遺伝学的多様性、機能的多様性など中型土壌動物群集の特徴に関する一連の情報を引き出すための解析システムを開発することを目的とした。そのためには、次世代シーケンサーを用いた解析方法を開発するだけではなく、遺伝子のDNA塩基配列情報と、種名、生態学的特性、分子系統を関連づけるためのデータ整備と情報処理技術が必要である。さらに開発された手法が、生態系の変化を読み取るための手法として適用できるかを実際の試験で検証する必要がある。平成25年度は、モデル試験地を設定し、第一に、遺伝子のDNA塩基配列情報から種を同定するために必要なデータを蓄積するために、中型土壌動物を採集し、形態観察およびDNA解析が可能な標本を作成した。一部の標本については、数種の遺伝子のDNA塩基配列を決定した。第二に、次世代シーケンサーによる群集手法を開発するために、解析可能なDNA塩基配列解読領域を決定しプロトコールを作成した。第三に、中型土壌動物各種の生態形質を明らかにするために、形態に関する文献調査を行い、また、形質測定実験に必要な飼育個体群を確立した。第四に、開発予定のシステムを適用性を検討するための試験の予備試験を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
各研究者の個別のエフォートと定期的な進捗状況の議論により、順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
定期的に研究の進捗について議論し臨機応変に研究を進める。
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