2016 Fiscal Year Annual Research Report
The development of systems for evaluation of biodiversity and functioning of soil animals based on next-gereration sequencing analysis
| Project/Area Number |
25281029
|
|---|
| Research Institution | Yokohama National University |
|---|
Principal Investigator |
中森 泰三 横浜国立大学, 大学院環境情報研究院, 准教授 (50443081)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
齋藤 星耕 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 研究員 (10623754)
青山 洋昭 琉球大学, その他部局等, 助教 (20468078)
金子 信博 横浜国立大学, 大学院環境情報研究院, 教授 (30183271)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
|
| Keywords | DNAバーコード |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
標本採集：上賀茂試験地で得られた標本と比較検討するための標本を全国より収集した。
DNAバーコーディング：上賀茂および全国各地で得られたトビムシ類標本から非破壊でDNAを抽出し、ミトコンドリアCOI遺伝子およびミトコンドリアの16SリボソームRNA遺伝子の塩基配列を決定した。昨年度に続き、今年度も新たに未記載種や日本新産種の発見があった。その一部を新種記載するための準備を進めた。また、ミトコンドリアの16SリボソームRNA遺伝子もDNAバーコードとして利用することを提案した。
解析ツールの開発：トビムシ類群集から抽出したDNAから、群集組成を半定量的に評価するメタバーコーディング手法を検討した。メタバーコーディングにおいては、出力されたNGSデータ中での種ごとの配列の存在頻度が群集中の個体数やバイオマスをあまり反映しておらず、データの定量性に乏しいという課題があった。本論文では、この課題に対して改善をもたらすプロトコルを提案し、同一種の個体数とリード数の間に高い相関が得られたことを示した。同一の種組成であればこれまでメタバーコーディングでは困難だった個体数密度の変動の追跡などにも利用できる可能性を示した。
機能形質の評価：トビムシ類の口器形態の違いにより、菌類の胞子散布者としての役割が異なることを明らかにした。また、飼育個体群を用いて、歩行速度など行動形質の測定を行い、トビムシ種間での違いを定量した。また、核ゲノムあたりのミトコンドリアゲノム数やリボソームRNA遺伝子数を形質として測定するためのDNA抽出方法とリアルタイムPCRによる測定方法を検討した。
野外実験：上賀茂で立ち上げたグルコース添加実験で採集したトビムシ類のデータのとりまとめを行った。
|
| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
|
-
-
[Journal Article] A quantitative protocol for DNA metabarcoding of springtails (Collembola)2016
Author(s)
Saitoh, S., Aoyama, H., Fujii, S., Sunagawa, H., Nagahama, H., Akutsu, M., Shinzato, N., Kaneko, N., Nakamori, T.
-
Journal Title
Genome
Volume: 59
Pages: 705-723
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
-
-
[Presentation] Is a Lobella species (Collembola: Neanuridae) endemic to Lake Biwa?2016
Author(s)
Nakamori, T., Sawada, K., Tanaka, S., Saitoh, S., Aoyama, H., Fujii, S.
Organizer
XIV International Colloquium on Apterygota
Place of Presentation
Nara Kasugano International Forum, Nara, Japan
Year and Date
2016-08-24 – 2016-08-24
Int'l Joint Research
-
[Presentation] Multiple mitochondrial sequence types from single collembolan specimens: pseudogenes in Collembola?2016
Author(s)
Saitoh, S., Aoyama, H., Fujii, S., Sanghwa, P., Yamada, A., Shinzato, N., Kaneko, N., Nakamori, T.
Organizer
XIV International Colloquium on Apterygota
Place of Presentation
Nara Kasugano International Forum, Nara, Japan
Year and Date
2016-08-24 – 2016-08-24
Int'l Joint Research
-
-
-
[Presentation] Preference of Morulina alata (Collembola: Neanuridae) for fungal sporocarps and effects of gut passage on spores2016
Author(s)
Nakano, M., Tanaka, A., Kamata, K., Nakamori, T.
Organizer
XIV International Colloquium on Apterygota, Nara
Place of Presentation
Nara Kasugano International Forum, Nara, Japan
Year and Date
2016-08-24 – 2016-08-24
Int'l Joint Research
-
