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2014 Fiscal Year Annual Research Report

3次元フォースマップ法による生体分子表面の水和構造・電荷分布の可視化と相関の解明

Research Project

Project/Area Number 25286057
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

小林 圭  京都大学, 白眉センター, 特定准教授 (40335211)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
KeywordsFM-AFM / フォースマッピング / 固液界面
Outline of Annual Research Achievements

本研究課題では、申請者がこれまでに開発してきた、液中で生体試料を分子分解能で観察できる周波数変調検出方式の原子間力顕微鏡(FM-AFM)を用いた3次元フォースマップ法により、生体試料表面における電気二重層力および水和力を分離して測定し、生体試料表面の電荷密度と水和構造のそれぞれの3次元分布を比較することで、これらの相関を明らかにしていくことを目的としている。また、脂質二重膜、自己組織化単分子膜、タンパク質やDNAなどの生体試料表面の固液界面物性計測を実際に行い、官能基分布や塩基配列の識別を試みる。
本年度は、モデル生体膜として、リン脂質分子であるDMPC(ジミリストイルホスファチジルコリン)の二重膜をマイカ基板上に形成し、温度を変えて膜構造および水和構造の評価を行った。また、表面電荷の異なるケイ酸塩鉱物の表面において3次元フォースマップ法により電気二重層力および水和力を分離して計測することに成功した。さらに、界面活性剤の円筒状自己組織構造上で3次元フォースマッピングを行い、モデル計算との比較により円筒状自己組織構造表面の電荷密度分布を算出した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度は、実験および解析の両面で、研究目標の達成に向けて順調に成果が得られ、本研究はおおむね順調に進展していると言える。例えば、実験において、3次元フォースマップ法により、表面電荷の異なるケイ酸塩鉱物の表面において電気二重層力および水和力を分離して計測することに成功した。また、界面活性剤の円筒状自己組織構造上で3次元フォースマッピングを行った結果をモデル計算と比較することで、円筒状自己組織構造表面の電荷密度分布を算出し、妥当な値を得ることができた。

Strategy for Future Research Activity

表面の高低差が数百nmにおよぶ生体試料において、電気二重層力や水和力を精密に計測するため、現在の探針制御系のFPGAプログラムのさらなる最適化を行っていく。また、ケイ酸塩鉱物表面における3次元水和構造計測については、MDシミュレーションによって計算した水分子密度の3次元分布と比較し、水和力と水分子密度の相関について議論する。さらに、DNA等の生体分子の形状を考慮に入れたモデルを用いて予想される電気二重層力を計算し、実験結果と比較することで、生体分子における電荷密度計測法を確立する。

Causes of Carryover

当初、研究期間の1年目に広帯域ロックインアンプを導入し、これをベースとしてデジタルPLLを構築する予定にしていた。しかしながら、従来のアナログPLLを使っても十分に信頼性の高いデータが得られることが分かったため、広帯域ロックインアンプは導入しなかった。

Expenditure Plan for Carryover Budget

最終年度は、これまでに開発してきた装置を用いた装置を用いて精力的に実験を行うため、これまで以上に消耗品となるカンチレバーが必要となる。また、研究成果を複数の国際会議で発表する予定にしている。したがって、次年度使用額は主に物品(カンチレバー等の消耗品)および旅費に充当する予定である。

  • Research Products

    (23 results)

All 2015 2014

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (19 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Atom-Resolved Analysis of an Ionic KBr(001) Crystal Surface Covered with a Thin Water Layer by Frequency Modulation Atomic Force Microscopy2015

    • Author(s)
      T. Arai, M. Koshioka, K. Abe, M. Tomitori , R. Kokawa, M. Ohta, H. Yamada, K. Kobayashi, and N. Oyabu
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 31 Pages: 3876-3883

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.5b00087

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Practical aspects of Kelvin-probe force microscopy at solid/liquid interfaces in various liquid media2014

    • Author(s)
      K. Umeda, K. Kobayashi, N. Oyabu, Y. Hirata, K. Matsushige, and H. Yamada
    • Journal Title

      Journal of Applied Physics

      Volume: 116 Pages: 134307

    • DOI

      10.1063/1.4896881

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Accurate formula for dissipative interaction in frequency modulation atomic force microscopy2014

    • Author(s)
      K. Suzuki, K. Kobayashi, A. Labuda, K. Matsushige, and H. Yamada
    • Journal Title

      Applied Physics Letters

      Volume: 105 Pages: 233105

    • DOI

      10.1063/1.4903484

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Direct Observation of the Influence of Additives on Calcite Hydration by Frequency Modulation Atomic Force Microscopy2014

    • Author(s)
      Y. Araki, K. Tsukamoto, R. Takagi, T. Miyashita, N. Oyabu, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Journal Title

      Crystal Growth & Design

      Volume: 14 Pages: 6254-6260

    • DOI

      10.1021/cg500891j

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] マイカ基板上に形成されるStreptavidin 2次元結晶の液中FM-AFM高分解能構造観察2015

    • Author(s)
      崔 子鵬, 宮本 眞之, 木南 裕陽, 小林 圭, 平田 芳樹, 山田 啓文
    • Organizer
      第62回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      東海大学, 神奈川
    • Year and Date
      2015-03-14
  • [Presentation] FM-AFMによる界面活性剤分子集合体構造の形成過程評価 (3)2015

    • Author(s)
      鈴木 一博, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第62回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      東海大学, 神奈川
    • Year and Date
      2015-03-14
  • [Presentation] 液中動作FM-AFMを用いたイオン液体の局所溶媒和構造と表面構造/電荷との相関に関する研究2015

    • Author(s)
      梅田 健一, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第62回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      東海大学, 神奈川
    • Year and Date
      2015-03-14
  • [Presentation] 液中FM-AFMによる免疫グロブリンM(IgM)の抗原結合評価2015

    • Author(s)
      黄 雲飛, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第62回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      東海大学, 神奈川
    • Year and Date
      2015-03-13
  • [Presentation] 液中FM-AFMによる左巻きDNAの高分解能観察2015

    • Author(s)
      木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第62回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      東海大学, 神奈川
    • Year and Date
      2015-03-11
  • [Presentation] FM-AFMによるStreptavidin 2次元結晶の液中高分解能観察2015

    • Author(s)
      宮本 眞之, 木南 裕陽, 崔 子鵬, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第62回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      東海大学, 神奈川
    • Year and Date
      2015-03-11
  • [Presentation] Molecular-scale visualization of DNA strands with non-B DNA conformations using FM-AFM in liquids2014

    • Author(s)
      H. Kominami, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      22nd International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM22)
    • Place of Presentation
      Atagawa, Japan
    • Year and Date
      2014-12-11 – 2014-12-13
  • [Presentation] Relationship between surface structures/charges and local hydration structures studied by FM-AFM in liquids2014

    • Author(s)
      K. Umeda, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      The 7th International Symposium on Surface Science (ISSS-7)
    • Place of Presentation
      Matsue, Japan
    • Year and Date
      2014-11-03 – 2014-11-07
  • [Presentation] Molecular-scale Visualization of Self-Assembled Structures of Biomolecules Using FM-AFM in Liquids2014

    • Author(s)
      H. Kominami, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      The 7th International Symposium on Surface Science (ISSS-7)
    • Place of Presentation
      Matsue, Japan
    • Year and Date
      2014-11-03 – 2014-11-07
  • [Presentation] High-resolution Imaging of IgM Antibody Molecules by FM-AFM in Aqueous Solutions2014

    • Author(s)
      Y. Huang, H. Kominami, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      The 7th International Symposium on Surface Science (ISSS-7)
    • Place of Presentation
      Matsue, Japan
    • Year and Date
      2014-11-03 – 2014-11-07
  • [Presentation] 液中動作FM-AFMによる真核生物DNA複製の初期過程イメージング2014

    • Author(s)
      木南 裕陽, 日詰 光治, 荒木 弘之, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第75回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      北海道大学, 札幌
    • Year and Date
      2014-09-20
  • [Presentation] 液中動作FM-AFMによるIgG抗体分子6量体形成の抗体種依存性2014

    • Author(s)
      木南 裕陽, 井戸 慎一郎, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第75回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      北海道大学, 札幌
    • Year and Date
      2014-09-19
  • [Presentation] 液中FM-AFMによる免疫グロブリンM(IgM)構造評価2014

    • Author(s)
      黄 雲飛, 木南 裕陽, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第75回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      北海道大学, 札幌
    • Year and Date
      2014-09-19
  • [Presentation] Avidin-biotin相互作用のFM-AFMフォースマップ評価2014

    • Author(s)
      李 文尭, 鈴木 一博, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第75回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      北海道大学, 札幌
    • Year and Date
      2014-09-19
  • [Presentation] 液中動作FM-AFMを用いた局所水和構造と表面構造/電荷の相関に関する研究(2)2014

    • Author(s)
      梅田 健一, 小林 圭, 山田 啓文
    • Organizer
      第75回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      北海道大学, 札幌
    • Year and Date
      2014-09-19
  • [Presentation] バイオセンシングに向けた機能性タンパク質のFM-AFM構造観察2014

    • Author(s)
      崔 子鵬, 木南 裕陽, 小林 圭, 平田 芳樹, 山田 啓文
    • Organizer
      第75回応用物理学関係連合講演会
    • Place of Presentation
      北海道大学, 札幌
    • Year and Date
      2014-09-18
  • [Presentation] Relationship between local hydration structures and surface structures/charges studied by liquid-FM-AFM2014

    • Author(s)
      K. Umeda, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      The 17th International Conference on Non-Contact Atomic Force Microscopy
    • Place of Presentation
      Tsukuba, Japan
    • Year and Date
      2014-08-04 – 2014-08-08
  • [Presentation] Molecular-scale Investigation of Antigen Binding to IgG Antibody Self-Assembly Using Frequency-Modulation AFM in Liquids2014

    • Author(s)
      H. Kominami, S. Ido, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      International Conference on Nanoscience and Technology
    • Place of Presentation
      Colorado, USA
    • Year and Date
      2014-07-20 – 2014-07-25
  • [Presentation] Exploring Solid-Liquid Interfaces by Frequency Modulation Atomic Force Microscopy2014

    • Author(s)
      K. Kobayashi and H. Yamada
    • Organizer
      Atomic structure of nanosystems from first-principles simulations and microscopy experiments, Physics Boat Workshops
    • Place of Presentation
      Helsinki, Finland - Stockholm, Sweden
    • Year and Date
      2014-06-03 – 2014-06-05
    • Invited

URL: 

Published: 2016-06-01  

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