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2015 Fiscal Year Annual Research Report

時間分解分子間相互作用検出システムの開発とタンパク質反応機構の解明

Research Project

Project/Area Number 25288005
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

寺嶋 正秀  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00188674)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2017-03-31
Keywordsタンパク質反応 / 分子間相互作用 / 光反応 / 拡散 / 熱力学
Outline of Annual Research Achievements

タンパク質間相互作用は、生体分子の機能メカニズムを明らかにするために、非常に重要であるがそのダイナミクスの検出は非常に困難であった。ここでは、これまで申請者が開発してきた、独創的な過渡回折格子(TG )測定法を、もっと一般的な手法へと拡張することを目指した。そのために、ストップドフローシステムとTG 測定を組み合わせる試みを行った。TG 法をストップドフローシステムと組み合わせて反応中間体の拡散係数を測定する際に最も問題となる液体の乱流を回避するため、溶液混合の混合口の形状の工夫を行った。これによって、乱流の効果を軽減することができた。次に、タンパク質に応用するうえで、使用する溶液量を格段に減らすため、サンプルセルを小型化した。これによって10μLでの測定が可能となった。また、高速混合のために、バルブシステムの改良を行った。
一方で、分子間相互作用を検出するために、通常のセルで光励起を使ってフォトトロピンなどの光センサーの分子間相互作用を調べた。圧力によってその反応が劇的に変化することを見出し、その原因を探った。時間分解で熱力学量を検出することによって、反応途中での揺らぎが反応性をコントロールしていることを結論付けた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ストップドフローシステムとTG法を組み合わせ、時間分解能と必要な液量の改良を行った。また、幾つかの光センサータンパク質において、タンパク質間相互作用を時間分解で観測することに成功した。この成果と機能との関係も明らかにしつつある。

Strategy for Future Research Activity

さらなる時間分解能向上と感度向上を達成できれば、より詳細で有用な知見が得られるため、再現実験も含めて、追加で研究を行う。また、本システムを用いて、重要なタンパク質反応への応用を更に進める。

Causes of Carryover

システムで重要なバルブの改良によって、当初計画のストップドフローシステム作成はかなり達成できたが、さらなる時間分解能向上とサンプル量の少量化、そして感度向上を達成できれば、より詳細で有用な知見が得られるため、再現実験も含めて、追加で研究を行うため。また、得られた結果を関連する研究者と議論することでより詳細な知見を得る。

Expenditure Plan for Carryover Budget

システム改良のための装置類や消耗品の購入と、得られた成果を発表するための学会参加費用、論文投稿費用などに用いる。

  • Research Products

    (25 results)

All 2016 2015

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 8 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 7 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] Time-Resolved Fluctuation during the Photochemical Reaction of a Photoreceptor Protein: Phototropin1LOV2-Linker2016

    • Author(s)
      K. Kuroi, F. Sato, Y. Nakasone, K. Zikihara, S. Tokutomi, M. Terazima
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 18 Pages: 6228-6238

    • DOI

      10.1039/c5cp07472j.

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Characterization of thylakoid membrane in filamentous cyanobacteria and green alga with dual-detector fluorescence lifetime imaging microscopy with a systematic change of incident laser power2016

    • Author(s)
      S. Nozue, A. Mukuno, Y. Tsuda, T. Shiina, M. Terazima, S. Kumazaki
    • Journal Title

      Biochim. Biophys. Acta.

      Volume: 1857 Pages: 46-59

    • DOI

      10.1016/j.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Pressure-sensitive reaction yield of the TePixD blue-light sensor protein2015

    • Author(s)
      K. Kuroi, K. Okajima, M. Ikeuchi, S. Tokutomi, T. Kamiyama, M. Terazima
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 119 Pages: 2897-2907

    • DOI

      10.1021/jp511946u

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Reaction dynamics of the UV-B photosensor UVR82015

    • Author(s)
      T. Miyamori, Y. Nakasone, K. Hitomi, J. M. Christie, E. D. Getzoff, M. Terazima
    • Journal Title

      Photochem. Photobiol. Sci.

      Volume: 14 Pages: 995-1004

    • DOI

      10.1039/c5pp00012b

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Photo-induced inter-protein interaction changes in the time domain; a blue light sensor protein PixD2015

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Journal Title

      Rapid Comm. Photosci.

      Volume: 4 Pages: 1-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 時間分解熱力学量で見るタンパク質揺らぎと反応2015

    • Author(s)
      寺嶋正秀
    • Journal Title

      パリティ

      Volume: 30 Pages: 52-55

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] タンパク質反応と揺らぎ2015

    • Author(s)
      黒井邦巧, 寺嶋正秀
    • Journal Title

      生物物理学会誌

      Volume: 55 Pages: 235-241

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] タンパク質の揺らぎが生体反応を決める2015

    • Author(s)
      寺嶋正秀
    • Journal Title

      現代化学

      Volume: 534 Pages: 42-46

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Conformation changes and water-protein interaction change for function of proteins2015

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      PACIFICHEM 2015
    • Place of Presentation
      Honolulu, Hawaii, U. S. A.
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A new detection method for characterizing intermediate states of protein reactions2015

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      International Conference on Small Science
    • Place of Presentation
      Phuket, Thailand
    • Year and Date
      2015-11-04 – 2015-11-07
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] タンパク質の反応を誘起する揺らぎ:フォトトロピン2015

    • Author(s)
      黒井邦巧, 中曽根祐介, 徳富哲, 寺嶋正秀
    • Organizer
      第38回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      高知市カルポート
    • Year and Date
      2015-10-21 – 2015-10-23
  • [Presentation] タンパク質反応における揺らぎと動的分子間相互作用2015

    • Author(s)
      寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2015-09-16 – 2015-09-19
    • Invited
  • [Presentation] 光応答性DNA結合タンパク質EL222の反応ダイナミクス研究2015

    • Author(s)
      高門輝, 中曽根祐介, 寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2015-09-16 – 2015-09-19
  • [Presentation] 光制御転写因子Aureochrome1の二量体化反応およびDNAとの相互作用ダイナミクス2015

    • Author(s)
      秋山祐樹, 中曽根祐介, 久冨修, 中谷陽一, 寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2015-09-16 – 2015-09-19
  • [Presentation] 光応答性DNAの二重鎖形成および解離反応の時間分解検出2015

    • Author(s)
      中曽根祐介, 大威英晃, 神谷由紀子, 浅沼浩之, 寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京工業大学
    • Year and Date
      2015-09-16 – 2015-09-19
  • [Presentation] Photo-induced reaction dynamics of blue light sensory protein BlrP12015

    • Author(s)
      K. Shibata, Y. Nakasone, M. Terazima
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] Transient conformational fluctuation of TePixD during a reaction2015

    • Author(s)
      K. Kuroi, K. Okajima, M. Ikeuchi, S. Tokutomi, M. Terazima
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      金沢
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] Time-resolved detection of light induced heat during protein reactions2015

    • Author(s)
      M.Terazima
    • Organizer
      18th International Conference on Photoacoustic and Photothermal Phenomena
    • Place of Presentation
      Novi Sad, Serbia
    • Year and Date
      2015-09-06 – 2015-09-10
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 生体分子の見えない動きを時間分解で観る2015

    • Author(s)
      寺嶋正秀
    • Organizer
      生物物理若手の会夏の学校
    • Place of Presentation
      大津
    • Year and Date
      2015-08-21 – 2015-08-24
    • Invited
  • [Presentation] Compressibility and reactivity of a protein reaction2015

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      19th Symposium on Thermophysical Properties
    • Place of Presentation
      Boulder, Colorado, U. S. A.
    • Year and Date
      2015-06-21 – 2015-06-26
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Time-resolved study on driving force of protein reactions2015

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      2015 Collaborative Conference on 3D and Materials Research
    • Place of Presentation
      Busan, Korea
    • Year and Date
      2015-06-15 – 2015-06-19
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Protein diffusion of reaction intermediates under crowded condition2015

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      International Conference on Fluid Flow, Heat and Mass Transfer
    • Place of Presentation
      Ottawa, Canada
    • Year and Date
      2015-04-30 – 2015-05-01
    • Int'l Joint Research
  • [Book] 光と生命の事典2016

    • Author(s)
      寺嶋正秀
    • Total Pages
      436 (356-357)
    • Publisher
      朝倉書店
  • [Book] Molecular Science of Fluctuations Toward Biological Functions, Eds., M. Terazima, M. Kataoka, R. Ueoka2016

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Total Pages
      270 (1-28)
    • Publisher
      Springer
  • [Book] 現代物理化学2015

    • Author(s)
      寺嶋正秀, 馬場正昭, 松本吉泰
    • Total Pages
      522
    • Publisher
      化学同人

URL: 

Published: 2017-01-06  

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