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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Development of systems for time-resolved intermolecular interaction detection during protein reactions and application to reaction mechanism

Research Project

Project/Area Number 25288005
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

寺嶋 正秀  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00188674)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2017-03-31
Keywords分子間相互作用 / 拡散係数 / タンパク質 / 反応 / 時間分解
Outline of Annual Research Achievements

タンパク質間相互作用は、生体分子の機能メカニズムを明らかにするために、非常に重要である。ここでは、これまで申請者が開発してきた独創的な過渡回折格子(TG )測定法を、もっと一般的な手法へと拡張することを目指した。TG 法をストップドフローシステムと組み合わせる場合に、通常のストップドフローシステムでは、大量のタンパク質溶液が必要となり、応用が困難であることがわかった。そのため、使用する溶液量を格段に減らすためのサンプルセルの工夫を行った。マイクロ流路を用いた結果、数マイクロリットルの溶液で高速混合し、TG信号を取れることに成功した。また、高速でサンプルを流すためのフローシステムの構築も行い、数100ミリ秒で乱流を押さえることに成功した。
この装置を用いて光センサータンパク質フォトトロピンの酸変性過程の時間分解検出を行った。酸性溶液と混合して光励起で拡散係数変化を追跡することができた。最初の100ミリ秒以内に大きな変性過程があり、それから数秒の時間で徐々に変性していく2段階の過程を検出することに成功した。この過程で反応分子と生成分子の拡散係数に変化はなかったので、2状態的に変性すること、酸変性によって反応効率が落ちていることなどがわかった。また、分子間相互作用を検出するために、ATPとの混合によって誘起される時計タンパク質KaiCの会合反応を調べた。その結果、7秒程度の会合を検出することに成功した。光トリガーでない会合反応をTG法でとらえたのはこれが初めてである。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (22 results)

All 2016 Other

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 8 results,  Acknowledgement Compliant: 6 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 3 results) Book (3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Time-Resolved Fluctuation during the Photochemical Reaction of a Photoreceptor Protein: Phototropin1LOV2-Linker2016

    • Author(s)
      K. Kuroi, F. Sato, Y. Nakasone, K. Zikihara, S. Tokutomi, M. Terazima
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 18 Pages: 6228-6238

    • DOI

      10.1039/c5cp07472j.

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Macromolecular crowding effect for photoreactions of LOV2 domains of Arabidopsis thaliana phototropin 12016

    • Author(s)
      T. Yoshitake, T. Toyooka, Y. Nakasone, K. Zikihara, S. Tokutomi, M. Terazima
    • Journal Title

      J. Mol. Liq.

      Volume: 217 Pages: 43-50

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1016/j.molliq.2015.08.030

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Photochemical reactions of the LOV and the LOV-linker domains of the blue light sensor protein YtvA2016

    • Author(s)
      S. Choi,, Y. Nakasone, K. J Hellingwerf, M. Terazima
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 55 Pages: 3107-3115

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.6b00263

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Anomalous pressure effects on the photoreaction of a light-sensor protein from Synechocystis, PixD (Slr1694), and the compressibility change of its intermediates2016

    • Author(s)
      T. Nakajima, K. Kuroi, Y. Nakasone, K. Okajima, M. Ikeuchi, S. Tokutomi, M. Terazima
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 18 Pages: 25915-25925

    • DOI

      10.1039/C6CP05091C

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Dynamics of Inter-DNA Chain Interaction of Photoresponsive DNA2016

    • Author(s)
      Y. Nakasone, H. Ooi, Y. Kamiya, H. Asanuma, M. Terazima
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc. (Communication)

      Volume: 138 Pages: 9001-9004

    • DOI

      10.1021/jacs.6b02525

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Time-resolved Detection of Light-induced Dimerization of Monomeric Aureochrome-1 and Change in Affinity for DNA2016

    • Author(s)
      Y. Akiyama, Y. Nakasone, Y. Nakatani, O. Hisatomi, M. Terazima
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: 120 Pages: 7360-7370

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.6b05760

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Characterization of thylakoid membrane in filamentous cyanobacteria and green alga with dual-detector fluorescence lifetime imaging microscopy with a systematic change of incident laser power2016

    • Author(s)
      S. Nozue, A. Mukuno, Y. Tsuda, T. Shiina, M. Terazima, S. Kumazaki
    • Journal Title

      Biochim. Biophys

      Volume: 1857 Pages: 46-59

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2015.10.003

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 圧力印加過渡回折格子法による反応中のタンパク質圧縮率の時間分解計測2016

    • Author(s)
      黒井邦巧, 寺嶋正秀
    • Journal Title

      熱測定

      Volume: 43 Pages: 66-71

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Time-resolved detection of the transient grating signal using stopped flow system2016

    • Author(s)
      S. Takaramoto, Y. Nakasone, M. Terazima
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [Presentation] Transient fluctuations during protein reactions detected by time-resolved thermodynamics2016

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      9th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Science
    • Place of Presentation
      Gyeongju, Korea
    • Year and Date
      2016-11-14 – 2016-11-16
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 圧力でタンパク質の揺らぎと反応を制御する:SyPixD2016

    • Author(s)
      中島翼, 黒井邦巧, 中曽根祐介, 岡島公司, 徳富哲, 寺嶋正秀
    • Organizer
      溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      産総研
    • Year and Date
      2016-11-09 – 2016-11-11
  • [Presentation] 光依存的なDNA結合タンパク質EL222の光刺激構造変化のダイナミクス2016

    • Author(s)
      高門輝, 中曽根祐介, 寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2016-09-13 – 2016-09-15
  • [Presentation] 赤色光センサータンパク質Cph1のpH依存的光反応2016

    • Author(s)
      武田公利, 寺嶋正秀
    • Organizer
      分子科学討論会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2016-09-13 – 2016-09-15
  • [Presentation] Advanced light sensing natural proteins that can detect light intensity2016

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      Asia Pacific Society for Materials Research
    • Place of Presentation
      Sun Moon Lake, Taiwan
    • Year and Date
      2016-08-11 – 2016-08-14
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A biosensor to detect inter-protein interaction and domain-domain interaction2016

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      International Conference on Small Science
    • Place of Presentation
      Prague, Czech Republic
    • Year and Date
      2016-06-25 – 2016-06-29
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Time-resolved thermodynamics for short lived intermediate species during a photosensor protein2016

    • Author(s)
      M. Terazima
    • Organizer
      11th International Workshop on Subsecond Thermophysics
    • Place of Presentation
      Krakow, Poland
    • Year and Date
      2016-06-21 – 2016-06-24
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Translational diffusion of transient intermediate species during protein reactions: Phototropin2016

    • Author(s)
      M. Terazima, K. Takeda, Y. Nakasone, K. Zikihara, S. Tokutomi
    • Organizer
      3rd International Conference on Fluid Flow, Heat and Mass Transfer
    • Place of Presentation
      Ottawa, Canada
    • Year and Date
      2016-05-02 – 2016-05-03
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Protein photoreaction for sensing light intensity2016

    • Author(s)
      K. Kuroi, Y. Nakasone, K. Okajima, M. Ikeuchi, S. Tokutomi, M. Terazima
    • Organizer
      26th IUPAC Symposium on Photochemistry 2016
    • Place of Presentation
      Osaka, Japan
    • Year and Date
      2016-04-03 – 2016-04-08
    • Int'l Joint Research
  • [Book] 光と生命の事典2016

    • Author(s)
      寺嶋正秀 (分担執筆)
    • Total Pages
      436 (356-357)
    • Publisher
      朝倉書店
  • [Book] Molecular Science of Fluctuations Toward Biological Functions2016

    • Author(s)
      M. Terazima, M. Kataoka, R. Ueoka
    • Total Pages
      270 (1-28)
    • Publisher
      Springer
  • [Book] 物性科学センター誌2016

    • Author(s)
      中曽根祐介,寺嶋正秀
    • Total Pages
      18 (3-11)
    • Publisher
      京都大学環境安全保健機構 物性科学センター
  • [Remarks] 京都大学大学院理学研究科化学専攻 光物理化学研究室

    • URL

      http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/hikari/

URL: 

Published: 2018-01-16  

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