2016 Fiscal Year Annual Research Report
Development of a gene-trap strategy for the transcriptionally silent genes of non-coding RNAs in the target cells
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25290034
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| Research Institution | Nara Institute of Science and Technology |
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Principal Investigator |
石田 靖雅 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 准教授 (10221756)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 遺伝子トラップ / ES細胞 / 長鎖非コードRNA / NMD |
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| Outline of Annual Research Achievements |
私たちの先行研究で用いたNMD抑制エレメントを改良し（RNAのレベルで形成される高次構造をより強いものにした）、トラップ・ベクター内のNEOの下流に組み込み、マウスES細胞を用いて遺伝子トラップを実施した。その結果、NEO部分とトラップされた遺伝子の融合型mRNAではNMDが回避されていることを確認することができた。さらに、トラップされた遺伝子の中に、従来よりも高頻度にlncRNA遺伝子（候補）が含まれることを確認することができた。平成28年度には、この完成した改良型ベクターを用いて重点的に遺伝子トラップを行い、トラップされたlncRNA遺伝子（候補）の発現パターンを解析した。既知遺伝子とは異なり、本研究で着目するlncRNA遺伝子には、関連するESTが存在しないことも多いため、米国NCBIのUniGeneデータベースなどを利用して、マウス体内における発現パターンを類推することは、予想通り難しかった。そのため、候補遺伝子ごとにPCR用プライマーを設計してRT-PCRを行い、発現部位を解析する必要があった。トラップされたlncRNA遺伝子（候補）の中には、RNAレベルの発現が確認できないものも存在した。トラップされたlncRNA遺伝子（候補）のうち、免疫系組織（胸腺、脾臓、リンパ節など）や神経系組織（脳や脊髄など）で特異的に発現するものを選別し、定法に従いノックアウトマウスを作製する、という当初の予定であったが、これまでのところ、免疫系組織や神経系組織に高度に限局した発現パターンを示すlncRNA遺伝子（候補）がトラップされたES細胞クローンは樹立されていない。今後はさらに遺伝子トラップ実験を追加して、そのようなES細胞クローンの樹立を目指す必要がある。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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