2015 Fiscal Year Annual Research Report
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25290070
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
田中 博 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 非常勤講師 (60155158)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
田中 真二 東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (30253420)
森岡 勝樹 国立研究開発法人理化学研究所, その他部局等, 研究員 (30351589)
茂櫛 薫 順天堂大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (60569292)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 上皮間葉転換 / がん転移 / 遺伝子発現プロファイル / Waddington地形 / ARACNe |
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| Outline of Annual Research Achievements |
癌の転移・浸潤に関わる上皮間葉転換(EMT)の検討を行うため、昨年度のように他の実験的研究者のデータを使用するのではなく、A549細胞株に対する時系列の遺伝子発現データを本研究室の実験担当グループによってより詳細な時間間隔で、EMT過程での遺伝子発現プロファイルを測定し、解析を行った。その際、近年注目されている非負値行列特異値分解(NMF)を用いて評価を行い、従来の主成分分析(PCA)との差異を検討した。PCAでは負の値をとりうるため、例えば時系列的に増加・減少しているものは逆の符号で示されることになる。実際に、今回のデータではNMFの第1成分・第2成分はPCAの第1主成分を符号ごとに分離した場合と遺伝子の組成が90%以上一致しており、もともと正の値しかとり得ない遺伝子発現量をより自然な形で分離することが可能となった。また、NMFの成分の時系列的変動を確認したところ、単調増加・減少以外に、(A) EMT誘導から1-2時間後に現れる早期応答と、(B) 4-8時間後にピークとなる中間状態、の2つの変動パターンを抽出することができた。さらに、NMFの各成分に対してしてGOタームの評価を行ったところ、早期応答では細胞周期関連遺伝子の減少、中間状態では免疫応答・遊走・コレステロール代謝などの発現変動が見られた。現在、これらの中間状態に関わる転写因子の解析を行っており、各時期のマスターレギュレーターを特定することで癌の転移阻害剤の開発に繋がることが期待される。このように本研究では、EMT過程ではE細胞状態（E)、中間状態（I)、間葉細胞状態（M）の3状態を推移し中間段階が幹細胞状態の未分化状態にもどることが示唆された。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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