2015 Fiscal Year Annual Research Report
難治胃癌のトランスクリプトーム解析による治療標的分子の探索研究
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25290074
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| Research Institution | National Cancer Center Japan |
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Principal Investigator |
細田 文恵 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (30219191)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 胃癌 / トランスクリプトーム / 融合遺伝子 / 発現異常 / 分子標的治療 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は難治進行胃癌の大規模トランスクリプトーム解析から、胃癌の治療標的分子を探索することを目的とし、昨年度までに218症例のRNAシークエンスを実施した。214症例において1つ以上の融合遺伝子候補が検出され、RETキナーゼ融合遺伝子など治療標的分子候補となり得る3つのin-frame融合遺伝子を見出した。最終年度となる本年度は、高頻度出現を優先する条件で再抽出した「確からしい」融合遺伝子候補約400種類についてRT-PCR/直接シークエンス法による検証実験を行ない、融合遺伝子の発現と遺伝子構造を確認した。その結果、230種類の融合遺伝子の存在を確認した。本研究で採用した情報解析手法はfalse-negativeを減らすために少ないリード数の候補も拾い上げる条件に設定しており、融合遺伝子正答率が57%であった。本研究において確認された高頻度in-frame融合遺伝子として、既報のCLDN18-ARHGAP26 (7症例)、DUS4L-BCAP29 (7症例)の他、同等以上の頻度で出現する新規融合遺伝子を12個見出した。これらはリード数2の中から数多く見つかってきた。「in-frame以外」の融合遺伝子候補からはプロモーター交換と推測される5’-非翻訳領域遺伝子（または非翻訳ncRNA遺伝子）との融合遺伝子形成が相当数見つかっており、後部遺伝子の発現量を比較することによりその意義を検討中である。
検証実験の結果は、類似遺伝子配列に起因するマッピングエラーの修正やエクソン選択の多様性に起因する読み枠予測の間違いの検証など、今後の情報解析手法の改良に向けても重要な情報を提供するはずである。高頻度に検出された新規融合遺伝子や発現量の変化を来すプロモーター交換などの構造異常についてさらに詳しく機能解析を行い、胃癌の治療標的分子となる有望な融合遺伝子の同定を進める計画である。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Genomic spectra of biliary tract cancer.2015
Author(s)
Nakamura H, Arai Y, Totoki Y, Shirota T, Elzawahry A, Kato M, Hama N, Hosoda F, Urushidate T, Ohashi S, Hiraoka N, Ojima H, Shimada K, Okusaka T, Kosuge T, Miyagawa S, Shibata T.
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Journal Title
Nature Genetics
Volume: 47
Pages: 1003-1010
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] High-throughput sequencing analysis uncovers actionable molecular alterations in cholangiocarcinoma.2015
Author(s)
Arai Y, Nakamura H, Totoki Y, Shirota T, Hama N, Ojima H, Hosoda F, Shimada K, Morizane C, Okusaka T, Shibata T.
Organizer
第74回日本癌学会学術総会
Place of Presentation
名古屋市 名古屋国際会議場
Year and Date
2015-10-09
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