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2015 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノムDNAのメチル化模様維持機構に関する研究

Research Project

Project/Area Number 25291025
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

田嶋 正二  大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (50132931)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 末武 勲  大阪大学, たんぱく質研究所, 准教授 (80304054)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
KeywordsDNAメチル化 / DNAメチル化酵素 / DNAメチル化模様維持
Outline of Annual Research Achievements

脊椎動物ゲノムのCpG配列中のシトシン塩基は、しばしばメチル化修飾を受けている。シトシン塩基のメチル化は、遺伝情報発現に抑制的に働く“エピジェネティクス”要因の一つであり、DNAのメチル化による遺伝情報制御は発生・分化に欠くことができない重要な役割を果たしている。メチル化模様は複製の過程で次世代の細胞に正確に伝えられる。この世代を超えたメチル化模様の伝達にはDnmt1と呼ばれるDNAメチル化酵素の一つが責任酵素として働いている。本研究計画ではDnmt1について、へミメチル化(片鎖だけがメチル化された)DNAを認識する機構と、生体内でメチル化模様の維持に必須な因子であるUhrf1(別名Np95)との共役について、構造生物学的、生化学的に明らかにする。
本年度は、Dnmt1の複製領域標的化(RFTS)領域は、Uhrf1と相互作用して複製に共役したDNAメチル化模様の維持に寄与するだけではなく、Dnmt1の触媒ポケットを覆うことによって、複製期以外の時期にゲノムが異常なメチル化を受けないようにゲノムを守っていることを、胚性幹細胞を用いて証明し、報告した。このRFTS領域と触媒ポケットの相互作用面に変異のある家族性の神経疾患症例が報告されているので、これに相当する変異をマウスDnmt1に導入し、ES細胞に発現させ、これを神経細胞に分化させたところ、小脳プルキンエ細胞で有意にアポトーシスが観察された。RFTS領域が触媒ポケットに正常に収まっていることは神経分化にとり重要であると考えられる。また、ヘミメチルDNAからヌクレオソームを再構成して、これに対するDnmt1によるメチル化特性を調べ、Dnmt1がヌクレオソームに巻きついた部分をメチル化することができないことを示した。このことは、Dnmt1が複製期に維持メチル化するにはDNAがヌクレオソーム構造をとっていない状態である必要があることを示している。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Causes of Carryover

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Expenditure Plan for Carryover Budget

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (25 results)

All 2016 2015

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (20 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 3 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] 5-hydroxymethylcytosine marks sites of DNA damage and promotes genome stability.2016

    • Author(s)
      Georgia R. Kafer, Xuan Li, Takuro Horii, Isao Suetake, Shoji Tajima, Izuho Hatada, Peter M. Carlton.
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 14 Pages: 1283-1292

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2016.01.035

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dual functions of the RFTS domain of Dnmt1 in replication-coupled DNA methylation and in protection of the genome from aberrant methylation.2015

    • Author(s)
      Ronald Garingalao Garvilles, Takashi Hasegawa, Hironobu Kimura, Jafar Sharif, Masahiro Muto, Haruhiko Koseki, Saori Takahashi, Isao Suetake, Shoji Tajima.
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 10 Pages: e0137509

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0137509

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Nucleosome compaction facilitates HP1γ binding to methylated H3K9.2015

    • Author(s)
      Yuichi Mishima, Chanika Jayasinghe, Kai Lu, Junji Otani, Masahiro, Shirakawa, Toru Kawakami, Hironobu Kimura, Hironobu Hojo, Peter Carlton, Shoji Tajima, Isao Suetake.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Reseach

      Volume: 43 Pages: 10200-10212

    • DOI

      10.1093/nar/gkv841

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A novel method to analyze 5-hydroxymethylcytosine in the CpG sequence using maintenance DNA methyltransferase DNMT12015

    • Author(s)
      Saori Takahashi, Isao Suetake, Jan Engelhardt, Shoji Tajima
    • Journal Title

      FEBS Open Bio

      Volume: 5 Pages: 741-747

    • DOI

      10.1016/j.fob.2015.09.003

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] エピジェネティクスと生化学2016

    • Author(s)
      田嶋正二
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会第10回年会
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府豊中市)
    • Year and Date
      2016-05-19 – 2016-05-20
    • Invited
  • [Presentation] マウスES細胞の分化開始を制御するDnmt1の重要な役割2016

    • Author(s)
      首浦武作志、Aaron Bogutz、木村博信、田嶋正二、Louis Lefebvre, 多田政子
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会第10回年会
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府豊中市)
    • Year and Date
      2016-05-19 – 2016-05-20
  • [Presentation] ES細胞の多能性にはTetによるNr2f2プロモーター領域の脱メチル化が必要である2016

    • Author(s)
      堀居拓郎、森田純代、木村美香、寺脇直美、木村博信、末武勲、田嶋正二、安部由美子、畑田出穂
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会第10回年会
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府豊中市)
    • Year and Date
      2016-05-19 – 2016-05-20
  • [Presentation] Dnmt1のT1505はW1512を支えることによりDnmt1の触媒中心のメチルシトシン認識に寄与している2016

    • Author(s)
      金田健作、竹下浩平、末武勲、Garvilles Ronald、木村博信、田嶋正二、中川敦
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会第10回年会
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府豊中市)
    • Year and Date
      2016-05-19 – 2016-05-20
  • [Presentation] Synthesis of modified histone proteins by CPE ligation using a recombinant peptide.2015

    • Author(s)
      Toru Kawakami, Ryo Yoshikawa, Yuki Fujiyoshi, Yuichi Mishima, Hironobu Hojo, Shoji Tajima, Isao Suetake
    • Organizer
      The 7th International Peptide Symposium
    • Place of Presentation
      Auditorium, Matrix Biopolis, Singapore
    • Year and Date
      2015-12-09 – 2015-12-11
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] マウスES細胞の初期分化過程でのDnmt1による新規DNAメチル化獲得2015

    • Author(s)
      首浦武作志、Aaron Bogutz、木村博信、田嶋正二、Louis Lefebvre, 多田政子
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] DNAメチルトランスフェラーゼによるDNAメチル化模様の形成・維持2015

    • Author(s)
      田嶋 正二、末武 勲、木村 博信
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
    • Invited
  • [Presentation] 5-hydroxymethylcytosine marks sites of DNA damage and is required for genome stability.2015

    • Author(s)
      Georgia R, Kafer, Xuan Li, Takuro Horii, Isao Suetake, Shoji Tajima, Izuho Hatada, Peter Carlton
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] 維持型メチル化酵素Dnmt1による再構成ヌクレオソーム内のヘミメチルDNAのメチル化特性2015

    • Author(s)
      三島優一、岡翔太、田嶋正二、末武勲
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] Tet遺伝子シングル、ダブルおよびトリプルノックアウトES細胞株の特性2015

    • Author(s)
      堀居拓郎、森田純代、木村美香、寺脇直美、小林遼平、田村大樹、木村博信、末武勲、田嶋正二、安部由美子、畑田出穂
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [Presentation] Synthesis of modified histone proteins by CPE ligation using a recombinant peptide2015

    • Author(s)
      Toru Kawakami, Ryo Yoshikawa, Yuki Fujiyoshi, Yuichi Mishima, Hironobu Hojo, Shoji Tajima, Isao Suetake.
    • Organizer
      第52回ペプチド討論会
    • Place of Presentation
      平塚中央公民館(神奈川県平塚市)
    • Year and Date
      2015-11-16 – 2015-11-18
  • [Presentation] Nucleosome compaction allows HP1γ the H3K9 methylation binding2015

    • Author(s)
      Isao Suetake, Kai Lu, Junji Otani, Masahiro Shirakawa, Peter Carlton, Shoji Tajima
    • Organizer
      The 40th Naito Conference on “Epigenetics―From Histone Code to Therapeutic Strategy”
    • Place of Presentation
      Chatraise Gateaux Kingdom Sapporo, Hokkaido, Japan
    • Year and Date
      2015-09-15 – 2015-09-18
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Nucleosome compaction allows HP1g the H3K9 methylation binding2015

    • Author(s)
      Yuichi Mishima, Kai Lu, Junji Otani, Masahiro Shirakawa, Peter Carlton, Shoji Tajima, Isao Suetake
    • Organizer
      International Symposium on Chromatin Structure, Dynamics, and Function
    • Place of Presentation
      Awaji Yumebutai International Conference Center, Awaji, Hyogo, Japan
    • Year and Date
      2015-08-23 – 2015-08-26
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNAメチル化模様を保持した状態で増幅する新規蛋白質科学的技術につながる、Dnmt1の基質認識機構の解明2015

    • Author(s)
      金田健作、竹下浩平、末武勲、田嶋正二、中川敦史
    • Organizer
      第15回蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      あわぎんホール(徳島県徳島市)
    • Year and Date
      2015-06-24 – 2015-06-26
  • [Presentation] Relative positioning of 5-hydroxymethylcytosine to 5-methylcytosine at promoters correlates with gene expression level2015

    • Author(s)
      Suetake I, Engelhardt J, Takahashi S, Kimura H, Tajima S
    • Organizer
      The 3rd Awaji International Workshop on Electron Spin Science & Technology: Biological and Materials Science Oriented Applications: Biological and Materials Science Oriented Applications
    • Place of Presentation
      Awaji Yumebutai International Conference Center, Awaji, Hyogo, Japan
    • Year and Date
      2015-06-14 – 2015-06-17
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] HP1γはヒストンH3K9me3修飾とヌクレオソームの高次構造を同時に認識している2015

    • Author(s)
      三島優一、川上徹、大谷淳二、木村博信、白川昌宏、田嶋正二、末武勲
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会第9回年会
    • Place of Presentation
      学術総合センター一ツ橋講堂(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2015-05-25 – 2015-05-26
  • [Presentation] 組換えペプチドをC末端側合成ブロックとして用いたライゲーション法によるヒストンH3の合成2015

    • Author(s)
      川上徹、吉川諒、藤吉佑樹、三島優一、北條裕信、田嶋正二、末武 勲
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会第9回年会
    • Place of Presentation
      学術総合センター一ツ橋講堂(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2015-05-25 – 2015-05-26
  • [Presentation] ES細胞の初期分化にはTetによるNr2f2プロモーター領域の脱メチル化が必要である2015

    • Author(s)
      堀居拓郎、森田純代、木村美香、小林遼平、田村大樹、木村博信、末武勲、田嶋正二、安部由美子、畑田出穂
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会第9回年会
    • Place of Presentation
      学術総合センター一ツ橋講堂(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2015-05-25 – 2015-05-26
  • [Presentation] 細胞周期阻害剤による5hmC産生機構の解明2015

    • Author(s)
      木村博信、堀居拓郎、大谷淳二、末武 勲、畑田出穂、田嶋正二
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会第9回年会
    • Place of Presentation
      学術総合センター一ツ橋講堂(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2015-05-25 – 2015-05-26
  • [Presentation] ゲノムメチル化模様を維持するDnmt1の基質認識機構の解明2015

    • Author(s)
      金田健作、竹下浩平、末武勲、田嶋正二、中川敦史
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会第9回年会
    • Place of Presentation
      学術総合センター一ツ橋講堂(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2015-05-25 – 2015-05-26
  • [Book] Establishment and maintenance of DNA methylation. In DNA replication, recombination, and repair2016

    • Author(s)
      Shoji Tajima, Hironobu Kimura, and Isao Suetake
    • Total Pages
      489-516
    • Publisher
      Springer

URL: 

Published: 2017-01-06  

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