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2013 Fiscal Year Annual Research Report

RNAとアミノ酸:生命世界の非対称性の謎の解明

Research Project

Project/Area Number 25291082
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Research InstitutionTokyo University of Science

Principal Investigator

田村 浩二  東京理科大学, 基礎工学部, 教授 (30271547)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
KeywordsRNA / アミノ酸 / ホモキラリティー
Research Abstract

本研究課題は、生物がなぜL-アミノ酸を使うのかという生命の本質に迫る問いに対し、その起源と進化を明らかにし、分子識別のメカニズムに迫ることを目的としている。申請者が発見した「RNAのキラル選択的アミノアシル化」におけるキラル選択性の分子メカニズムに迫るべく、分子動力学計算を行った。その中で、反応角を固定する拘束条件をのもとで、L-アミノ酸が選ばれる理由を探った。また、鋳型依存的なモノヌクレオチド重合が、渦の存在下でどのような影響を受けるのかについても検討を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

キラル選択性の基盤を構築すべく、実験、および、計算化学の両面からのアプローチに着手しており、また最終解答は得られないにせよ、様々な条件検討ができているので、次年度以降の研究遂行に向けて、おおむね順調だと言える。

Strategy for Future Research Activity

計算化学的なアプローチに関しては、拘束条件を絞っていくことによって対処していく。また、金属イオンの役割についても検討を深める。実験的なアプローチに関しては、渦の役割について、より詳細な条件を課すことで、課題解決に向けて努力していく。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

物品の購入(高速液体クロマトグラフ質量分析装置、窒素ガス発生装置)に関して、当初予定額より、安価に済ませることができ、また、試薬等の有効利用により、次年度使用額が生じた。
購入した高速液体クロマトグラフ質量分析装置、窒素ガス発生装置を有効に活用し、これを利用した解析を進めるとともに、この実験に使用する消耗品の購入に、次年度使用額を宛てる。

  • Research Products

    (15 results)

All 2014 2013

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (14 results)

  • [Journal Article] Glycols modulate terminator stem stability and ligand-dependency of a glycine riboswitch2013

    • Author(s)
      Kokoro Hamachi, Hikari Hayashi, Miyuki Shimamura, Yuiha Yamaji, Ai Kaneko, Aruma Fujisawa, Takuya Umehara, Koji Tamura
    • Journal Title

      BioSystems

      Volume: 113 Pages: 59-65

    • DOI

      10.1016/j.biosystems.2013.05.004

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] tRNAとリボスイッチから見たRNAの進化2014

    • Author(s)
      浜地 心、楳原琢哉、 田村浩二
    • Organizer
      生命の起原および進化学会第39回学術講演会
    • Place of Presentation
      広島修道大学
    • Year and Date
      20140313-20140315
  • [Presentation] 新規アミノアシル化法を用いたin vitro 非天然タンパク質創製法の最適化2013

    • Author(s)
      那須元太郎、楳原琢哉、田村浩二、上田 淳
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20131205-20131205
  • [Presentation] 原始環境下におけるリボソームモデルの探索2013

    • Author(s)
      川端 舞、楳原琢哉、田村浩二
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20131204-20131204
  • [Presentation] R3C ligase ribozymeの反応機構と最小活性単位の解明2013

    • Author(s)
      栗原絵梨、楳原琢哉、田村浩二
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20131204-20131204
  • [Presentation] Nanoarchaeum equitans 由来MetRSのtRNA結合機構の解明2013

    • Author(s)
      金子明弘、山本太郎、楳原琢哉、田村浩二
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20131204-20131204
  • [Presentation] Nanoarchaeum equitans由来フェレドキシンの構造と進化2013

    • Author(s)
      野呂雄樹、篠塚晃一郎、岩崎俊雄、楳原琢哉、田村浩二
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20131203-20131203
  • [Presentation] Domain structures and evolution of tRNA, aminoacyl tRNA synthetases, and riboswitches2013

    • Author(s)
      Kokoro Hamachi, Takuya Umehara, and Koji Tamura
    • Organizer
      AARS2013 2013 9th International Symposium on Aminoacyl-tRNA Synthetases
    • Place of Presentation
      The Prince Hakone
    • Year and Date
      20131006-20131010
  • [Presentation] グリシン非依存的グリシンリボスイッチから見たリボスイッチの進化2013

    • Author(s)
      浜地 心、楳原琢哉、田村浩二
    • Organizer
      第86回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20130912-20130912
  • [Presentation] 奇跡の年1953年と生命の起源研究の未来2013

    • Author(s)
      田村浩二
    • Organizer
      生命の起原および進化&アストロバイオロジー夏の学校2013
    • Place of Presentation
      テレコムセンタービル
    • Year and Date
      20130825-20130825
  • [Presentation] Mg-ATP錯体の透過赤外光スペクトル測定2013

    • Author(s)
      渡邊雅之、宇部卓司、田村浩二、青木 伸、春本高志、石黒 孝
    • Organizer
      東京理科大学総合研究機構・RNA科学総合研究センター公開シンポジウム「RNA world への階梯」
    • Place of Presentation
      東京理科大学・葛飾キャンパス
    • Year and Date
      20130717-20130717
  • [Presentation] ナノ古細菌チロシルtRNA合成酵素によるtRNATyrのチロシル化2013

    • Author(s)
      藤沢有麿、堀越達也、楳原琢哉、田村浩二
    • Organizer
      東京理科大学総合研究機構・RNA科学総合研究センター公開シンポジウム「RNA world への階梯」
    • Place of Presentation
      東京理科大学・葛飾キャンパス
    • Year and Date
      20130717-20130717
  • [Presentation] 鋳型非依存的RNAの重合における触媒物質の探索2013

    • Author(s)
      松村慎太郎、根本遼平、楳原琢哉、田村浩二
    • Organizer
      東京理科大学総合研究機構・RNA科学総合研究センター公開シンポジウム「RNA world への階梯」
    • Place of Presentation
      東京理科大学・葛飾キャンパス
    • Year and Date
      20130717-20130717
  • [Presentation] グリコールがグリシンリボスイッチのグリシン依存性を変調する2013

    • Author(s)
      浜地 心、楳原琢哉、田村浩二
    • Organizer
      東京理科大学総合研究機構・RNA科学総合研究センター公開シンポジウム「RNA world への階梯」
    • Place of Presentation
      東京理科大学・葛飾キャンパス
    • Year and Date
      20130717-20130717
  • [Presentation] アセチルリジル-tRNA 合成酵素の機能解析2013

    • Author(s)
      楳原琢哉、田村浩二
    • Organizer
      東京理科大学総合研究機構・RNA科学総合研究センター公開シンポジウム「RNA world への階梯」
    • Place of Presentation
      東京理科大学・葛飾キャンパス
    • Year and Date
      20130717-20130717

URL: 

Published: 2015-05-28  

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