2016 Fiscal Year Annual Research Report
Molecular Analysis for heterostyly by using genomics and transcriptmics approches
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25292023
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| Research Institution | Okayama University |
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Principal Investigator |
牛島 幸一郎 岡山大学, その他の研究科, 准教授 (20379720)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 孝征 中部大学, 公私立大学の部局等, 講師 (50535797)
赤木 剛士 京都大学, (連合)農学研究科(研究院), 助教 (50611919)
池田 和生 山形大学, 農学部, 准教授 (80555269)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | de novo assembly / S遺伝子座 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
自家不和合性は自己の花粉では受精・種子形成に至らない現象である．異形花型自家不和合性の植物ではこれらthurmとpinと呼ばれる２つ形態の花が存在し，花形間でしか受精が成立しない．本研究ではアマ科植物のベニバナアマ（Linum grandiflorum）を材料として，異形花型自家不和合性を制御する遺伝子座（Ｓ遺伝子座）の特定と，その遺伝子本体の単離を目的としている．昨年までの解析から候補遺伝子を幾つか単離しているが，その機能解析は十分に成されていない．また，新たな候補遺伝子を単離するために，S遺伝子座領域の塩基配列を明らかにすることは必須である．平成28年度では，染色体配列を明らかにするためPacBioを利用したゲノム配列のde novo assembly解析を行った．また，候補遺伝子についてはモデル生物での形質転換実験を行った．
ゲノム配列に関しては，PacBioRSIIを利用して解読を行いアセンブリーを行ったがN50の値が不良で解析に耐えうるコンティグ配列は得られなかった．フローサイトメトリーでゲノムサイズを改めて解析すると，予想の4倍以上のゲノムサイズである事が明らかとなった．つまり，アセンブリーのためのリード数が不十分であると考えられた．そこで，PacBioのSequelを利用して，更にデータ量を増強して解読を行ったところ，比較的ゲノムサイズに類似した規模のゲノム配列が得られ，S遺伝子座領域も広範囲にわたってカバーしていると考えられ，今後の解析に重要な知見がもたらされると期待される．
形質転換実験については，アラビドプシスとタバコで候補遺伝子の過剰発現体を作成した．多少の花柱長の変化はあったが，異形花型自家不和合性で観察されるほどの明確な形質変換は認められなかった．これにかんしてはヘテロの系での実験では無く，ベニバナアマを使った解析が必要と考えられる．
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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