2016 Fiscal Year Annual Research Report
Phylogenetic analysis and rapid identification of spider mites based on RNA-sequencing data
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25292033
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| Research Institution | Ibaraki University |
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Principal Investigator |
後藤 哲雄 茨城大学, 農学部, 教授 (60178449)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 美穂 基礎生物学研究所, 形態形成研究部門, 特別研究員 (80548470)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ダニ・線虫管理 / 系統関係 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ハダニ類722種73系統について、次世代シークエンサーによる大容量塩基配列解析(トランスクリプトーム解析; RNA-Seq)を行った。種ごとにde novoアセンブリを行い、100 bpのショートリードを繋ぎ合わせた長い配列（コンティグ）を作成した。ハダニ1種につき1万～3万本のコンティグが得られた。de novoアセンブリで作成したコンティグを用いて相同性検索（BLAST検索）を行い、73系統に共通する遺伝子を抽出した。さらに、共通遺伝子それぞれについてマルチプルアライメントを作成し、分子系統樹を推定した。得られた分子系統樹とアライメントを精査した結果から、明らかなパラログ配列を含む遺伝子が含まれていないことを確認し、系統解析に用いることのできるオーソログ遺伝子652個を決定した。73系統のハダニに共通するオーソログ遺伝子652個（塩基配列: 790,047 bp, アミノ酸配列: 264,133 aa）を用いて、分子系統解析を行なった。これらを用いて分子系統解析を行ったところ、従来の遺伝子領域（ミトコンドリアDNAおよび核rRNA遺伝子）に基づく系統樹と矛盾せず、かつほぼすべての分岐（67/70 nodes）が高いブートストラップ値で支持される系統樹が得られた。この系統樹では、供試した14属中4属が多系統になったことから、形態の類似性によって分類されている属が、分子系統樹上では必ずしも単系統にならないことが分かった。
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| Research Progress Status |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
28年度が最終年度であるため、記入しない。
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