2015 Fiscal Year Annual Research Report
| Project/Area Number |
25292118
|
|---|
| Research Institution | Tokyo University of Marine Science and Technology |
|---|
Principal Investigator |
坂本 崇 東京海洋大学, その他部局等, 教授 (40313390)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
|
| Keywords | ウイルス / 耐病性 / 遺伝子 / ゲノム / 育種 / ヒラメ / マーカー選抜育種 / MAS |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
1. リンホシスチス耐病性遺伝子座ゲノム領域（約134kb）のゲノムDNA塩基配列比較解析
これまでの研究成果により、リンホシスチス耐病性遺伝子座ゲノム領域は約134kbまで限局化された。この領域に存在する原因遺伝子候補の絞り込みを行い、単離された原因遺伝子候補において、リンホシスチス耐病性系統と感受性系統間で翻訳領域内の差異を解析した。これにより、遺伝子翻訳領域内の変異を検出することに成功した。今年度は、翻訳調節領域など変異を検出するため、リンホシスチス耐病性遺伝子座ゲノム領域での2系統間の差異を検討した。耐病性系統および感受性系統の各1尾について、次世代シーケンサー（イルミナ社）を用いて解析し、取得されたリードデータをリンホシスチス耐病性遺伝子座ゲノム領域（約134kb）にマッピングした。その後、リンホシスチス耐病性系統と感受性系統間での差異を検討した。その結果、およそ760個のSNP（差異）を検出した。
2. 天然魚を用いたリンホシスチス耐病性遺伝子候補の変異率の推定
今後、リンホシスチス耐病性遺伝子候補をさらに絞り込むためには、天然魚を用いてリンホシスチス病への罹患の有無とリンホシスチス耐病性遺伝子候補の塩基配列との関連性を解析する必要がある。そのためには、まず目的とするSNPの天然集団における保有率（変異率）を明らかにする必要がある。そこで、これまでに絞り込みを行った原因遺伝子候補の遺伝子翻訳領域内変異（SNP）について、天然集団（2地点でサンプル収集）における変異率を解析した。これまでの研究成果を総合的に判断し、解析に用いる原因遺伝子候補のSNPは、遺伝子Cの機能ドメイン内のSNPとした。解析の結果、1地点目が360尾中7尾（1.94%）、2地点目が78尾中2尾（2.56%）となり、天然集団における変異率は約2%程度であることが明らかになった。
|
| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Causes of Carryover |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Expenditure Plan for Carryover Budget |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
|
-
-
[Journal Article] Genome-Wide SNP Identification for the Construction of a High-Resolution Genetic Map of Japanese Flounder (Paralichthys olivaceous): applications to QTL Mapping of Vibrio anguillarum Disease Resistance and Comparative Genomic Analysis.2015
Author(s)
C. Shao, Y. Niu, P. Rastas, Y. Liu, Z. Xie, H. Li, L. Wang, Y. Jiang, S. Tai, Y. Tian, T. Sakamoto and S. Chen.
-
Journal Title
DNA Research
Volume: 22 (2)
Pages: 161-170
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
-
-
-
[Presentation] CONVENIENT PHYSICAL GENOME MAP OF FLOUNDER. A PRACTICAL WHOLE- GENOME RADIATION HYBRID MAP OF JAPANESE FLOUNDER.2015
Author(s)
Okamoto H., Aoki J., Nozaki T., Ozaki A., Uji S., Fuji K., Sakamoto T., Okamoto N., Kawai J., Araki K., Ekker M.
Organizer
THE INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON GENETICS IN AQUACULTURE XII
Place of Presentation
SANTIAGO DE COMPOSTELA, SPAIN
Year and Date
2015-06-22 – 2015-06-25
Int'l Joint Research
