Analysis of polymorphisms in regulatory regions of gene expression for pig custom breeding design

2016 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 25292190
• Research Institution: National Agriculture and Food Research Organization
• Principal Investigator: 上西 博英 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 生物機能利用研究部門 動物機能利用研究領域, ユニット長 (80391556)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 中島 郁世 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 畜産研究部門 畜産物研究領域, 上級研究員 (60355063) ; 小川 智子 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 評価室, 主任研究員 (90466011)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: ゲノム / プロモータ / 多型 / ブタ / 次世代シーケンサー / 転写因子

Outline of Annual Research Achievements

本年度は、脂質関連遺伝子の上流のプロモータ領域と想定される塩基配列中に存在する多型の内、転写因子結合に影響を与えると想定されるものについて、特に西洋品種・東洋品種の間で見られる多型について詳細に解析を行った。一塩基多型（SNP）だけでなく、挿入・欠失についても考慮し、豚脂肪前駆細胞の分化に伴う遺伝子発現変化と関連していることが想定される転写因子や、これまでに発表された文献から脂肪合成と関連性を有することが示唆されている転写因子の結合に明らかに影響を与えることが想定される多型11個（ゲノム上の9カ所の領域に対応）を抽出した。それらの内、東洋品種の遺伝型のみで転写因子の結合が見られると想定された多型が9個（7領域）、西洋品種でのみ結合が見られる遺伝型の多型が2個であった。
これらの多型の内、最新のブタゲノム参照配列上で想定される遺伝子構造及び転写開始点の情報から、実際に遺伝子の発現に影響を与えている可能性が高いと想定される多型を第2・7・9・14染色体上に同定した。現在までに、これらの多型が、実際に遺伝子の発現に影響を与えているかどうかについては確証は得られていないが、東洋品種における皮下脂肪の増大等の形質に影響を与えていることが強く示唆される。その他にも、西洋品種内で脂肪関連遺伝子の発現に影響を与える可能性の高い多型が数多く検出されており、今後は西洋品種と中心とした商用品種の改良のための指標として用いることが期待される。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。