2013 Fiscal Year Annual Research Report
肝臓の慢性炎症が誘導する発がん候補遺伝子におけるドライバー変異の同定
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25293171
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Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Research Institution | University of Fukui |
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Principal Investigator |
中本 安成 福井大学, 医学部, 教授 (40293352)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山下 太郎 金沢大学, 大学病院, 助教 (90377432)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 癌 / 遺伝子 / 核酸 / 動物 / 内科 |
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| Research Abstract |
Ｂ型慢性肝炎（発がん）モデル（Nakamoto et al.: J. Exp. Med. 1998; Cancer Res. 2004）における網羅的発現解析（ＤＮＡチップ）で、これまでに炎症性発がんに特有の遺伝子群／細胞内シグナル径路（Cluster 2：１１９個の遺伝子）が得られている。そこで、遺伝子の発現変化に影響したゲノム・エピゲノムの変異・修飾を検出してドライバー変異の候補を選択する計画を実施した。
（１）発現遺伝子プロファイル解析： 経時的な発現解析において、Cluster 2の発現レベルが炎症反応には依存せず、前がん状態（＞１５ヵ月目）やがん組織において顕著に低下することが分かった。これより、Cluster 2は肝組織のがん化にともなって特異的に発現低下を示す遺伝子群であることが明らかになった。またCluster 2以外にも８つのクラスターが存在することが示された（Cluster 1-9 ; K-means Cluster Analysis ; ANOVA）。
（２）宿主ゲノム塩基配列解析（プロモータ領域を含むリシーケンシング）： （１）においてがん化過程で発現低下が検証された遺伝子について、次世代シーケンサーを用いたハイスループット核酸解析技術によりゲノム変異を探索した。a.ゲノムDNA抽出→b.ターゲット領域濃縮→c.高速シーケンス、の手順で進行しており、現在のところ各肝組織（前がん５個、がん５個、対照５個）から約26,000,000～64,000,000リードのデータが得られている。リードデータのトリミングについては、50塩基以下のリードやあいまいな塩基の除去、品質スコアによる選別を行った。さらに各リードを参照ゲノム配列へマッピングした。今後、これらの遺伝子情報をもとに変異解析が計画されている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究において、平成２５年度は（１）発現遺伝子プロファイル解析、（２）宿主ゲノム塩基配列解析、（３）宿主エピゲノム解析、が計画されていた。（１）はほぼ完了している。（２）において膨大な実験・情報量の処理に時間を要していることから、（３）への進展がやや遅延しているものの、おおむね順調に進行しているものと考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の計画通り、今後は（１）（２）に加えて以下の研究を予定している。
（３）宿主エピゲノム解析： 遺伝子の発現低下の機序として、塩基配列の変化に加えて、エピゲノム（メチル化）による修飾が加わっている可能性がある。（２）の塩基配列解析と同様に、メチル化されたDNAを濃縮して、メチル化の程度が変化したゲノム領域（DMRs：Differentially Methylated Regions）を検出する。発症前の肝組織のデータを対照として、経時的組織における変化をゲノムマップ上に配列する。
さらに、（４）変異ゲノムの機能的解析、（５）分化誘導培養での評価、（６）変異ゲノムを標的とした治療効果の検討、へと推進する方針である。
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Research Products
(6 results)
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[Journal Article] In vivo immunological antitumor effect of OK-432-stimulated dendritic cell transfer after radiofrequency ablation.2014
Author(s)
Nakagawa H, Mizukoshi E, Iida N, Terashima T, Kitahara M, Marukawa Y, Kitamura K, Nakamoto Y, Hiroishi K, Imawari M, Kaneko S.
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Journal Title
Cancer Immunol. Immunother.
Volume: 63(4)
Pages: 347-356
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Multicenter validation study of anti-programmed cell death-1 antibody as a serological marker for type 1 autoimmune hepatitis.2014
Author(s)
Miyake Y, Yamamoto K, Matsushita H, Abe M, Takahashi A, Umemura T, Tanaka A, Nakamuta M, Nakamoto Y, Ueno Y, Saibara T, Takikawa H, Yoshizawa K, Ohira H, Zeniya M, Onji M, Tsubouchi H; Intractable Hepato-Biliary Disease Study Group of Japan
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Journal Title
Hepatol. Res.
Volume: 44(13)
Pages: 1299-1307
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Gd-EOB-DTPA-enhanced magnetic resonance imaging and alpha-fetoprotein predict prognosis of early-stage hepatocellular carcinoma.2014
Author(s)
Yamashita T, Kitao A, Matsui O, Hayashi T, Nio K, Kondo M, Ohno N, Miyati T, Okada H, Yamashita T, Mizukoshi E, Honda M, Nakanuma Y, Takamura H, Ohta T, Nakamoto Y, Yamamoto M, Takayama T, Arii S, Wang XW, Kaneko S
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Journal Title
Hepatology
Volume: in press
Pages: in press
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Discrete nature of EpCAM+ and CD90+ cancer stem cells in human hepatocellular carcinoma.2013
Author(s)
Yamashita T, Honda M, Nakamoto Y, Baba M, Nio K, Hara Y, Zeng SS, Hayashi T, Kondo M, Takatori H, Yamashita T, Mizukoshi E, Ikeda H, Zen Y, Takamura H, Wang XW, Kaneko S
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Journal Title
Hepatology
Volume: 57(4)
Pages: 1484-1497
DOI
Peer Reviewed
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