2015 Fiscal Year Annual Research Report
バイオインフォマテック解析を用いた歯周疾患新規バイオマーカーの検索
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25293424
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
和泉 雄一 東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (60159803)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
小林 宏明 東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 非常勤講師 (50396967)
竹内 康雄 東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 助教 (60396968)
田中 敏博 東京医科歯科大学, 疾患バイオリソースセンター, 教授 (50292850)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 侵襲性歯周炎 / エクソーム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
侵襲性歯周炎患者における大規模並列シークエンサーを用いて全エクソームを解析した。
被験者は東京医科歯科大学歯学部附属病院の歯周病外来に来院し、書面での同意の得られた侵襲性歯周炎2家系を対象とした。侵襲性歯周炎罹患者5名および非罹患者1名について、末梢血より抽出したゲノムDNAを用いてIon Protonによる全エクソーム解析を行った。得られた遺伝子変異に対して、下記のfilteringを実施した。（１）低depth変異の除去、（２）Insertion/deletionの除去、（３）罹患者に共通した変異以外の除去、（４）同義置換の除去、（５）公共データベース（Human Genetic Variation Browser、1000-genome database、NHLBI Exome Sequence Project）に登録され頻度1%以上のコモンバリアントの除去。絞り込まれた変異の確認をサンガーシークエンス法にて行った。
エクソームシークエンスにより、約50,000個の遺伝子変異を各サンプルにおいて同定し、filteringを通じて家系毎にそれぞれ41変異、379変異に絞り込んだ。2家系に共通して変異を認める変異候補遺伝子が存在しており、これらの変異をサンガーシークエンスにおいて確認した。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Causes of Carryover |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] A genome-wide association study of periodontitis in a Japanese population.2015
Author(s)
Shimizu S, Momozawa Y, Takahashi A, Nagasawa T, Ashikawa K, Terada Y, Izumi Y,Kobayashi H, Tsuji M, Kubo M, Furuichi Y.
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Journal Title
J Dent Res. 2015
Volume: 94(4)
Pages: 555-61
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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