Molecular epidemiology and population dynamics of rotaviruses in Asia based on novel comprehensive whole genomic analysis method

2016 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 25305022
• Research Institution: Sapporo Medical University
• Principal Investigator: 小林 宣道 札幌医科大学, 医学部, 教授 (80186759)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 鷲見 紋子 札幌医科大学, 医学部, 准教授 (10363699) ; 漆原 範子 札幌医科大学, 医学部, 講師 (80396308)
• Project Period (FY): 2013-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: ロタウイルス / 遺伝子型 / 分子疫学 / 中国 / バングラデシュ

Outline of Annual Research Achievements

B群ロタウイルス（RVB）は成人および小児における下痢症の稀な原因として知られ、中国、インド、バングラデシュ等、アジア5ヵ国で検出されている。ヒトRVBは遺伝子学的に単一で、中国とインドの2系統があることがわかっているが、遺伝学的多様性は殆どないとされている。我々はバングラデシュにおけるA群ロタウイルス（RVA）の疫学研究の中でRVBの小流行に遭遇し、異なる2種のRNAパターン（E1、E2）を示す14株を検出したのでそれらの遺伝子系統解析を行った。RVB株の全遺伝子分節はインドの系統に属していたが、8つの分節は2つの亜系統に分けられた。E2のRVBはインドに広く分布するRVBと同じ系統であった。E1のRVBは、8遺伝子が2000年以来バングラデシュで主流であったBang117株と同じ系統であったが、3遺伝子のみE2と同じ系統に属していた。このことから、E1の株は元々バングラデシュで主流であったRVBとインドで優勢なRVBとの間で形成されたリアソータントであると考えられた。以上より、ヒトRVBにおいてもRVAと同様に遺伝子交雑が自然界で起きていることが示唆された。
G9P[8]RVAは近年中国で増加しており、武漢市では2011－2016年、小児に検出されたRVAの72%を占めていた。本研究では65株のG9P[8]株を選び、全遺伝子配列の決定と系統解析を行った。それら全株がWa様遺伝子群に属していたが、9遺伝子分節で2つの系統が区別された。そのうちG9を規定するVP7遺伝子は、G9の世界的流行株とは異なり、中国のブタロタウイルスに近いことが判明した。VP7以外の遺伝子分節は以前優勢であったG3P[8]RVAに近いことから、現在のG9P[8] RVAは、従来優勢であったG3株と中国のブタG9 RVAとの間で起きた遺伝子交雑により形成され、ヒト集団で拡がったことが示唆された。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Causes of Carryover

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Expenditure Plan for Carryover Budget

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Int'l Joint Research] 武漢市疾病対策制御センター(中国)
  • Country Name: CHINA
  • Counterpart Institution: 武漢市疾病対策制御センター
• [Int'l Joint Research] マイメンシン医科大学(バングラデシュ)
  • Country Name: BANGLADESH
  • Counterpart Institution: マイメンシン医科大学
• [Journal Article] Distribution of two distinct Rotavirus B (RVB) strains in the north-central Bangladesh and evidence for reassortment event among human RVB revealed by whole genomic analysis (2017)
  • Author(s): Aung MS, Nahar S, Aida S, Paul SK , Hossain MA, Ahmed S, Haque N, Ghosh S, Malik YS , Urushibara N, Kawaguchiya M, Sumi A, Kobayashi N
  • Journal Title: Infection Genetics and Evolution Volume: 47 Pages: 77-86
  • DOI: 10.1016/j.meegid.2016.11.001
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Multispecies reassortant bovine rotavirus strain carries a novel simian G3-like VP7 genotype (2016)
  • Author(s): Malik YS , Kumar N, Sharma K, Saurabh S, Dhama K, Prasad M, Ghosh S, Bányai K, Kobayashi N, Singh RK.
  • Journal Title: Infection Genetics and Evolution Volume: 41 Pages: 63-72
  • DOI: 10.1016/j.meegid.2016.03.023
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Whole genomic analysis of G2P[4] human Rotaviruses in Mymensingh, north-central Bangladesh (2016)
  • Author(s): Aida S, Nahar S, Paul SK, Hossain MA, Kabir MR, Sarkar SR, Ahmed S, Ghosh S, Urushibara N, Kawaguchiya M, Aung MS, Sumi A, Kobayashi N
  • Journal Title: Heliyon Volume: 2 Pages: e00168
  • DOI: 10.1016/j.heliyon.2016.e00168
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
• [Presentation] Whole genomic analysis of a porcine G5P[13] Rotavirus strain (2016)
  • Author(s): Navarro R, Aung MS, Kobayashi N, Ghosh S
  • Organizer: First Joint AITVM-STVM conference (the Association of Institutions for Tropical Veterinary Medicine (AITVM) and the Society for Tropical Veterinary Medicine (STVM))
  • Place of Presentation: ベルリン(ドイツ）
  • Year and Date: 2016-09-06 – 2016-09-06
  • Int'l Joint Research