2013 Fiscal Year Research-status Report
大規模ゲノムデータから遺伝子間相互作用を検出する統計的方法の開発
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25330054
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | Japanese Foundation for Cancer Research |
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Principal Investigator |
牛嶋 大 公益財団法人がん研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60328565)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 遺伝子間相互作用 / ゲノムワイド関連解析 / 多重検定 |
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| Research Abstract |
本研究では膨大な数の遺伝子間相互作用に対して表現形との関連を調べるための多重検定法の開発を行う。25年度は、これまでに開発したSNPデータに基づく遺伝子間相互作用の高速な探索法に関して検定の多重性を統計的に評価する方法を開発した。また、これをマイクロアレイデータに基づく遺伝子間相互作用の高速な探索法の開発へと応用した。
網羅的ゲノムワイドSNP情報に基づくエピスタシス効果の探索アルゴリズムの改良を行った。特に高速化を図るため、主効果が無い場合のデータ構造を明らかにし、主効果が存在する場合は解析対象から除外するアルゴリズムを組みこんだ。2遺伝子間の交互作用は複雑な相関構造をもつため、計算機シミュレーションによってFDRを評価する方法の開発を行った。開発した方法の評価を行うために人工的にデータを生成し、結果の評価を行うシステムを作り、計算方法に問題がないかの確認を行った。また得られた結果に対して生物学的に有意義であるかについて研究協力者と議論を行った。
マイクロアレイによる遺伝子発現データ解析では、SNP解析のために開発した遺伝子間相互作用の探索アルゴリズムを応用する。これまでの研究では検定の多重性を考慮した評価は行われておらず、またすべての遺伝子の組み合わせを探索したわけではない。25年度は、検定の多重性を考慮した上で2遺伝子間相互作用をすべての遺伝子の組み合わせから高速に検出する方法の開発を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
25年度に計画していた解析プログラムの作成に関しては、計画通り作成することができた。FDRを評価するプログラムに関しては、計算時間がかかりすぎるという問題があり、改良の余地があると考えられるため、26年度も継続して評価法の改良を進める必要がある。
マイクロアレイによる遺伝子発現データ解析において、2遺伝子間相互作用をすべての遺伝子の組み合わせから検出する方法の開発を行った。計算速度の面でやや問題があるため継続して開発を行うが、結果を得られるところまではできているため、概ね順調と考えている。
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| Strategy for Future Research Activity |
網羅的ゲノムワイドSNP情報に基づくエピスタシス効果の探索アルゴリズムの改良に関しては計画通り3遺伝子の遺伝子間相互作用の解析への拡張を行う。計算時間が予想以上にかかる場合にはスーパーコンピュータを活用する。FDRを評価するプログラムに関しては、26年度も継続して評価法の改良を進める。
マイクロアレイによる遺伝子発現データ解析においても計算速度の面でやや問題があるため継続して開発を行い、高速化の目処がたったところでGUIを含むソフトウェアの作成を進める。
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