2014 Fiscal Year Research-status Report

タンパク質ディスオーダー領域における機能部位予測法の研究開発

Research Project

Project/Area Number	25330352
Research Institution	Meiji Pharmaceutical University
Principal Investigator	野口保明治薬科大学, 薬学部, 教授 (00357740)
Project Period (FY)	2013-04-01 – 2017-03-31
Keywords	ディスオーダー領域 / 機能部位 / PSSM
Outline of Annual Research Achievements	平成25年度は、Mohanらによって分類されたディスオーダー領域内の機能部位データを用い、タンパク質ディスオーダー領域における機能部位予測法の研究開発を行う予定、平成26年度は、二次構造予測法(PSIPRED)、膜貫通部位予測法(TMHMM)、構造認識法（HHsearch）と機能部位DB（Pfam）などを用い、それらの情報を用いることのよって、高精度化が可能か評価し、予測精度向上に効果があったものを機能部位予測法に統合した「ディスオーダー領域内の機能部位予測システム」を開発し、実用テストを行い評価する予定であった。現在までに、Mohanらによって分類されたディスオーダー領域内の機能部位データを用いて、個別に各予測法を実行し結果を得ているが、別項（【現在までの達成度】）の理由により、それらの情報を用いて機能予測する部分のプログラム開発で遅れが生じている。一方、並行して行っている昨年度の研究成果であるPSSM（Position-Spesific Scoring Matrix)を用いた機能部位予測法は、連携大学院実習生であった早稲田大学大学院の学生が学位取得後も研究を発展させ、研究成果として、Algorithms Mol Biol.誌とJ Bioinform Comput Biol.誌に掲載された。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 4: Progress in research has been delayed. Reason 昨年度、研究室に学生2名が配属になったが、2名とも本研究に興味を示さず他の研究テーマを志望したため、学内で本研究に携われる人員が26年度も研究代表者1名となってしまった。そのため、昨年度導入した計算サーバーで既存の予測法を実行する計算部分の結果は得られているが、それらの情報を機能予測法に取り込む部分のプログラム開発が遅れている。
Strategy for Future Research Activity	平成27度は、本研究を希望する学生が1名配属されたので、本研究に携われる人員が確保できた。また、時間がかかる計算部分がサーバーの増強で解析時間が大幅に短縮されることが確認でき、遅れているプログラム開発が完了すれば、遅れを取り戻せる予定である。
Causes of Carryover	連携研究者との研究打ち合わせを移動の時間などを考慮して、メール等で情報交換することで節約した。
Expenditure Plan for Carryover Budget	当初、消費税が10％に引き上げられる予定であり、MOE（ソフトウェア）のライセンス費用が2～3か月分増税により追加請求される可能性があったため、それに充てる予定であったが、増税が2017年4月に延期されたため、Webシステム開発に加算する予定。