• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2015 Fiscal Year Annual Research Report

結び目理論の分子生物学への応用

Research Project

Project/Area Number 25400080
Research InstitutionSaitama University

Principal Investigator

下川 航也  埼玉大学, 理工学研究科, 教授 (60312633)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywords結び目 / DNA / 格子結び目 / 組換え
Outline of Annual Research Achievements

本年度も、結び目理論の研究とその応用を行った。
Mariel Vazquez氏(UC Davis, USA)、石原海氏(山口大学)との共同研究、および、Dorothy Buck氏(Imperial College London)、Matt Rathbun氏(CSU Fullerton)、石原氏との共同研究で、結び目のバンド手術の研究を応用し、DNA組換え酵素のメカニズムの解明を行った。具体的にはparallel 6-catから絡み目を解消する最短経路の特徴付けと、そのメカニズムの解明を行った。この結果は国際会議の招待講演などで公表している。論文としては、今後発表予定である。
続いて、Chris Soteros氏(U. of Saskatchewan)、石原氏との共同研究で、格子結び目の結び目解消操作の研究を行い、格子結び目の統計物理学的エントロピーの研究へ応用した。この研究成果はカナダ、アメリカなどで招待講演として公表している。
また、石川昌治氏(東北大学)、Thomas Mattman氏(CSU Chico)との共同研究である結び目のA-多項式の研究の成果が論文として発表されていて、さらに、小沢誠氏(駒沢大学)との共同研究であるFoxの再埋め込み定理の精密化に関する結果を得て、論文掲載が決定している。
これらの成果を、カナダ、アメリカ、日本における国際会議での招待講演、および、研究集会などで講演を行った。

  • Research Products

    (11 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 6 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of California, Davis/California state university, Chico(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of California, Davis/California state university, Chico
  • [Int'l Joint Research] University of Saskatchewan(カナダ)

    • Country Name
      CANADA
    • Counterpart Institution
      University of Saskatchewan
  • [Journal Article] Dehn surgery and Seifert surface system2016

    • Author(s)
      Makoto Ozawa and Koya Shimokawa
    • Journal Title

      Ann. Sc. Norm. Super. Pisa Cl. Sci. (5)

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.2422/2036-2145.201410_008

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Tangle sums and factorization of A-polynomials2015

    • Author(s)
      Masaharu Ishikawa, Thomas W. Mattman, and Koya Shimokawa
    • Journal Title

      New York Journal of Mathematics

      Volume: 21 Pages: 823-835

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 結び目理論と3 次元トポロジーの化学への応用2016

    • Author(s)
      下川航也
    • Organizer
      日本化学会 第96 春季年会 「幾何学が誘起する新電子系物質科学」
    • Place of Presentation
      同志社大学京田辺キャンパス(京都府京田辺市)
    • Year and Date
      2016-03-27
    • Invited
  • [Presentation] Knots and links in the simple cubic lattice2016

    • Author(s)
      Koya Shimokawa
    • Organizer
      mini symposium: ”Mathematical Modeling and Analysis of Protein Cages”
    • Place of Presentation
      沖縄科学技術大学院大学(沖縄県国頭郡恩納村)
    • Year and Date
      2016-01-13 – 2016-01-15
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Application of graph theory and knot theory to polymer chemistry2015

    • Author(s)
      Koya Shimokawa
    • Organizer
      Cyclic and Topological Polymers, Pacifichem
    • Place of Presentation
      Hawaii Convention center, Honolulu, Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-12-19
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Knots and graphs in polymer chemistry2015

    • Author(s)
      Koya Shimokawa
    • Organizer
      International Workshop on Topology/Geometry-driven Electron Systems toward New Horizon of Functional Materials
    • Place of Presentation
      名古屋大学 野依記念学術交流館(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2015-12-12
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Knots and links in the simple cubic lattice2015

    • Author(s)
      Koya Shimokawa
    • Organizer
      Simons Center's Workshop: Symplectic and Algebraic Geometry in the Statistical Physics of Polymers
    • Place of Presentation
      Simons Center of Geometry and Physics, Stony Brook University, NY, USA
    • Year and Date
      2015-10-13
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unknotting operation and growth constant of knots in a tube region2015

    • Author(s)
      Koya Shimokawa
    • Organizer
      Combinatorics, topology and statistical mechanics of polymer models II, CanaDAM 2015
    • Place of Presentation
      University of Saskatchewan in Saskatoon, SK, Canada
    • Year and Date
      2015-06-02
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 下川航也 ホームページ

    • URL

      http://www.rimath.saitama-u.ac.jp/lab.jp/KoyaShimokawa.html

URL: 

Published: 2017-01-06   Modified: 2022-01-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi