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2014 Fiscal Year Research-status Report

構造揺らぎと溶媒揺らぎの相互作用によるDNA電荷移動過程の理論化学

Research Project

Project/Area Number 25410021
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

吉田 紀生  九州大学, 高等研究院, 准教授 (10390650)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
KeywordsDNA / 電子移動 / フラグメント分子軌道法 / 3D-RISM理論 / 線形応答理論 / 構造揺らぎ
Outline of Annual Research Achievements

本年度は,前年につづきフラグメント分子軌道法と3D-RISM理論のハイブリッド手法の開発を行った。手法の基礎部分に関して,査読付き国際誌に論文を出版した。(Journal of Chemical Physics誌)
また,この手法を用いた計算から多体相互作用による溶質電荷分布の変化が予想以上に大きく溶媒分布に影響することが分かったため,これを取り入れるための方法論構築およびプログラムデザインを行った。
また,混合溶液内生体分子のプロトン移動に関する研究を行った。この研究ではプロトン移動に対する共溶媒効果を理論的に扱う手法を提案するもので,現在,その成果を投稿中である。この手法を展開させた,溶液内生体分子の酸化還元反応(電子移動)を扱うための手法構築に現在は取り組んでいる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

新手法に関する論文も出版されるなど,当初予定通り,理論構築,プログラム開発が順調に行われている。

Strategy for Future Research Activity

フラグメント化された分子軌道から全体の分子軌道を構築するLCMO-FMO法と,これまでに開発してきたFMO/3D-RISM法の組み合わせ手法の理論構築およびプログラム作成,そしてDNA電子移動への応用を行う。
また,生体分子の構造揺らぎに関してはMDシミュレーションおよび線形応答理論,そして3D-RISM理論の組み合わせ手法を開発し,DNA電子移動に伴う構造揺らぎの影響を明らかにする。

Causes of Carryover

年度末に参加を計画していた学会日程が学内行事と重なったため予定を変更したことや,調達予定物品の仕様変更により金額が変更になったため,差額が生じた。

Expenditure Plan for Carryover Budget

繰り越し分は,当初予定通りの使用計画に加え,研究打合せのための旅費として使用する。これまでの研究の進展により,本研究計画において新たな共同研究が立ち上がったため、そのうち合わせ費用として使用する計画である。

  • Research Products

    (10 results)

All 2015 2014

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 5 results)

  • [Journal Article] Efficient implementation of the three-dimensional reference interaction site model method in the fragment molecular orbital method2014

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 140 Pages: 214118(1-13)

    • DOI

      10.1063/1.4879795

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Water-mediated forces between the nucleotide binding domains generate the power stroke in an ABC transporter2014

    • Author(s)
      Tomoka Furukawa-Hagiya, Norio Yoshida, Shuntaro Chiba, Tomohiko Hayashi, Tadaomi Furuta, Yoshiro Sohma, Minoru Sakurai
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 616-617 Pages: 165-170

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2014.10.038

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distinct configurations of cations and water in the selectivity filter of the KcsA potassium channel probe by 3D-RISM theory2014

    • Author(s)
      Saree Phongphanphanee, Norio Yoshida, Shigetoshi Oiki, Fumio Hirata
    • Journal Title

      Journal of Molecular Liquids

      Volume: 200 Pages: 52-58

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2014.03.050

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Theoretical analysis of salt effect on intramolecular proton transfer reaction of glycine in NaCl aqueous solution2014

    • Author(s)
      Yukako Kasai, Norio Yoshida, Haruyuki Nakano
    • Journal Title

      Journal of Molecular Liquids

      Volume: 200 Pages: 32-37

    • DOI

      10.1016/j.molliq.2014.02.013

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 液体の統計力学理論によるチャネルタンパクの透過現象解析2014

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Journal Title

      膜

      Volume: 39 Pages: 379-384

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 液体の統計力学理論でみる膜チャネルタンパク質の物質輸送2015

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Organizer
      「統合分析・生物化学研究特区」公開講演会 メンブレンサイエンス研究の新潮流
    • Place of Presentation
      九州大学箱崎キャンパス
    • Year and Date
      2015-03-20
    • Invited
  • [Presentation] チャネルロドプシンのイオン輸送経路の理論化学2014

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Organizer
      柔らかな分子系第2回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪大学会館,豊中市
    • Year and Date
      2014-11-28 – 2014-11-29
    • Invited
  • [Presentation] 液体の統計力学理論でみる生体分子の溶媒和2014

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Organizer
      奈良先端大生体分子セミナー
    • Place of Presentation
      奈良先端科学技術大学院大学,生駒市
    • Year and Date
      2014-11-18
    • Invited
  • [Presentation] Efficient Implementation of 3D-RISM Theory to the FMO Method, and Its Applications2014

    • Author(s)
      Norio Yoshida
    • Organizer
      International Meeting on Applications of Statistical Mechanics of Molecular Liquid on Soft Matter
    • Place of Presentation
      Kasesart University, Bangkok, Thai
    • Year and Date
      2014-09-14 – 2014-09-17
    • Invited
  • [Presentation] Molecular Recognition in Biomolecules Studied by Statistial-Mechanical Integral-Equation Theory of Liquids2014

    • Author(s)
      吉田紀生
    • Organizer
      兵庫県立大学大学院工学研究科物質系工学専攻・セミナー
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学・姫路キャンパス,姫路市
    • Year and Date
      2014-04-21
    • Invited

URL: 

Published: 2016-05-27  

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