2013 Fiscal Year Research-status Report
RNA編集様式の亜種間差を利用したエネルギー代謝関連・量的形質遺伝子の探索
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25430097
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | National Institute of Genetics |
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Principal Investigator |
高田 豊行 国立遺伝学研究所, 系統生物研究センター, 助教 (20356257)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | エネルギー代謝表現型 / 遺伝子発現 / RNA編集 / マウス亜種 |
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| Research Abstract |
本研究の目的は、B6およびMSM系統から樹立されたマウス亜種間コンソミック（染色体置換）系統を利用し、エネルギー代謝表現型に特徴のある系統を対象にして、「翻訳されるタンパク質に変化をもたらすRNA編集の亜種間差」に注目し、RNA編集を受ける遺伝子の同定と、これがいかにして表現型の差に結びつくかを探索することである。
本年度は、エネルギー代謝表現型を指標にした解析系統の選抜、および選抜した系統の肝臓を使用したRNA-Seq解析について計画を遂行した。初年度に計画したMSM、B6およびコンソミック系を含む計4種類の系統の10週齢個体を対象にして、各系統から雌雄を含めて12頭ずつ、合計48頭分の表現型データを得た。対象とする形質は、解剖学的観察（体重、肝臓重量など）および血液生化学的観察（血中コレステロールなど）であり、現在、26種類の測定が終了している。RNA-Seq解析については、表現型収集を行った個体を対象に行った。すなわち、各系統の雌雄3匹、合計24種類の肝臓からRNAを抽出した。このRNA試料による遺伝子発現データの解析は、新学術領域研究「ゲノム支援」に支援を受けた。平成26年3月に解析結果を受領し、現在、国立遺伝学研究所DDBJのスーパーコンピュータにおいて解析を行っている。解析はおもにRNAの配列内のリファレンスとの挿入/欠失あるいは変換/置換型の塩基の探索であり、平成26年度には、これをRNA編集感受座位の候補としてcDNAの塩基配列をMassARRAYシステムやサンガー法による塩基配列解読により解析する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
本研究計画を遂行するにあたり、解析対象のマウス系統については、一部のコンソミック系統の繁殖困難が原因で、データ生産および遺伝子発現解析試料に必要な個体の確保に遅延が生じたが、国立遺伝学研究所系統生物研究センターマウス系統維持事業スタッフの協力により、当初予定数の個体を得ることができた。さらに、RNA試料による遺伝子発現データの解析については、新学術領域研究「ゲノム支援」の支援を受けることができた。このおかげで、基盤Cである本研究課題のみでは解析が困難であったデータを得ることができ、目標のデータ生産を達成することができた。これらデータについては次年度前半に情報解析を終了させ、候補遺伝子配列の絞り込みに進む。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在、初年度の解析結果を使用して、国立遺伝学研究所DDBJのスーパーコンピュータにおいて情報解析を行っている。解析はおもにRNAの配列内のリファレンスとの挿入/欠失あるいは変換/置換型の塩基の探索であり、平成26年度には、これをRNA編集感受座位の候補としてcDNAの塩基配列をMassARRAYシステム、あるいはサンガー法による塩基配列解読により解析する。これにより発現遺伝子群とRNA編集部位の候補を探索するとともに、分子生物学的な解析により遺伝子発現動態を観察する。これらに平行して、RNA編集部位を含む候補遺伝子について、B6あるいはMSMのBACクローンを用いたトランスジェネシス実験あるいはコンジェニック系統を用いた表現型レスキュー実験により候補遺伝子のRNA編集が対象とする表現型の原因遺伝子であることを検証する。
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