2013 Fiscal Year Research-status Report
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25430173
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | Hosei University |
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Principal Investigator |
石浜 明 法政大学, マイクロナノテクノロジー研究センター, 研究員 (80019869)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 転写制御 / ゲノム / 遺伝子 / 転写因子 / シグマ因子 / プロモータ－ / 制御ネットワーク / 大腸菌 |
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| Research Abstract |
大腸菌ゲノムの転写パターンの決定と環境変動に応じた制御は、転写酵素RNAポリメラーゼが、７種類のプロモーター認識シグマ因子と約300種類の転写因子との、２段階の相互作用で、遺伝子選択性を変動させることでなされるとの理論を提唱して来た。この理論を実証する目的で、以下の研究を実施して来た。
１）全シグマ因子、全転写因子が支配する標的プロモータ－・標的遺伝子セットの同定： この目標に達成するために、シグマ因子が認識する全プロモータ－、転写因子が認識する全標的遺伝子群を同定するために、純化蛋白を利用してゲノム上の認識結合DNA配列を同定する「Genomic SELEX法」を開発し、系統的解析を実施した。一方、ひとつのプロモータ－を認識制御するシグマ因子、転写因子群を全て一挙に同定するための「PS-TF screening法」を開発し、系統的解析を実施した。ふたつの方向からの研究から、大腸菌転写因子が、一般に、多数の標的遺伝子群を制御していることや、一つのプロモータ－の制御に、多数の転写因子が関わっている、画期的発見をした。
２）全シグマ因子、全転写因子の細胞内濃度の実測と機能制御機構の解明： シグマ因子、転写因子の標的同定と平行して、それらの細胞内濃度の実測を、純化蛋白を利用して作製した抗体を利用した転写因子蛋白免疫定量法と、転写因子プロモーター活性を蛍光蛋白レポーターで測定する転写因子プロモータ－強度測定法を併用して行って来た。加えて、転写因子の機能を制御するエフェクターの系統的探索と、転写因子のリン酸化などの蛋白修飾による活性制御様式の系統的分析を開始した。
大腸菌シグマ因子７種、転写因子300種を対象にした本研究の実施に伴って得られつつある成果は膨大である。論文発表に加えて、新たなデータベースを構築するための準備を開始した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
大腸菌RNAポリメラーゼシグマ因子7種類、転写因子300種類に関して、我々が独自に開発したSELEX-chip法とPS-TF探索法を利用して、制御標的を探索して来た。この方法を利用するためには、全シグマ因子・全転写因子の純化精製が必要であるが、これまでにシグマ因子7種全部、転写因子280種を、それぞれの遺伝子を人為的に大量発現をし、精製に成功した。純化蛋白を利用したSELEX-chip解析は、シグマ全種、転写因子150種に関して実施した。制御標的を推定した後、生体内での制御については、個別に解析する膨大な作業が必要であるが、国内外の共同研究者の協力を得て、取り敢えずは、順調に進んでいる。研究成果の全貌を公表すれば、原核生物ゲノム発現制御の教科書的概念を一新させることになる。
研究成果については、シグマ因子に関してはRpoDシグマ（増殖期主要シグマ）、転写因子に関しては20種類に関して得られた成果を論文として公表した。なお、大腸菌シグマ因子７種、転写因子300種を対象にした本研究の実施に伴って得られつつある成果は膨大である。論文発表に加えて、新たなデータベースを構築するために、国立遺伝学研究所の協力を得て準備を開始した。成果を統合して、世界に先駆けて「ひとつの生物のすべての転写因子の制御機能解明」を達成する最終目標に向けて、研究は着実に進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
研究申請段階で申請した研究目標、(1) 大腸菌シグマ因子7種、転写因子300種の制御標的のSELEX-chip法、PS-TF法を併用した制御標的の探索、(2) 試験管内反応で予測した、これら転写調節蛋白群の制御標的の生体内での制御の実証、(3) 転写因子蛋白群の細胞内濃度の計測、(4) 転写因子群の活性に影響するエフェクター探索、蛋白修飾による機能制御の解析は、共同研究ネットワークの支援を得て継続し完成を目指す。
個別シグマ因子、転写因子に関する研究成果は、新たな制御様式、制御機構、制御ネットワークなどが含まれる場合には、独立して論文として公表する方針である。これまでに、併せて23報の論文を報公表して来たが、この努力を継続する。しかし、併せて300種以上の転写調節蛋白全てについて論文公表は、長期間の膨大な作業が必要であり、個人の努力では困難である。従って、国立遺伝学研究所の協力を得て開始した、新たなデータベースを構築するための作業を加速する計画である。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
平成25年度に予定していた海外の国際会議での研究成果発表のための出張が、招待講演者として主催者から旅費滞在費の支援を得たので、予算節約となった。
研究開始後、研究実験室を移動し、研究環境が変わったので、本研究を遂行するために必要な研究支援の必要性が当初計画より増大した。予算は、主として、研究支援員の雇傭に充当する。
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Research Products
(36 results)
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[Journal Article] Roles of cell division control factor SdiA: Recognition of quorum sensing signals and modulation of transcription regulation targets2014
Author(s)
Shimada, T., Shimada, K., Matsui, M., Kitai, Y., Igarashi, J., Suga, H. and Ishihama, A.
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Journal Title
Genes Cells
Volume: 19
Pages: in press
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Role of σ38 in prolonged survival of Escherichia coli in Drosophila melanogaster2014
Author(s)
Shiratsuchi, A., Shimamoto, N., Tusan, T.Q., Mitta, M., Firdausi, A., Nagasawa, M., Yamamoto, K., Ishihama, A. and Nakanishi, Y.
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Journal Title
J. Immunol.
Volume: 192
Pages: 666-675
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Identification of the set of genes, including non-annotated morA, under the direct control of ModE in Escherichia coli.2013
Author(s)
Kurata, T., Katayama, A., Hiramatsu, M., Kiguchi, Y., Takeuchi, M., Watanabe, T., Ogasawara, H., Ishihama, A. and Yamamoto, K.
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Journal Title
J. Bacteriol.
Volume: 195
Pages: 3396-4505
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Regulation of pathogeneticy of Escherichia coli by EnvZ-OmpR two-component system in Drosophila melanogaster.2013
Author(s)
Pukklay, P., Nakanishi, Y., Nitta, M., Yamamoto, K., Ishihama, A. and Shiratsuchi, A.
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Journal Title
Biochem. Biophys. Res. Commun.
Volume: 438
Pages: 306-311
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Structural changes of DNA induced by nucleoid proteins: Growth phase-specifc Fis and stationary phase-specific Dps2013
Author(s)
Sato, Y.T., Watanabe, S., Kenmotsu, T., Ichikawa, M., Yoshikawa, Y., Teramoto, J., Imanaka, T., Ishihama, A., and Yoshikawa, K.
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Journal Title
Biophys. J.
Volume: 105
Pages: 1037-1044
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Screening of promoter-specific transcription factors: Multiple regulators for the sdiA gene involved in cell differentiation and quorum sensing2013
Author(s)
Shimada, K., Ogasawara, H., Yamada, K., Shimura, M., Kori, A., Shimada, T., Yamanaka,Y., Yamamoto, K. and Ishihama, A.
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Journal Title
Microbiology
Volume: 159
Pages: 2501-2512
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Screening in vitro of promoter-specific transcription factors: Identification of TFs involved in regulation of the E. coli sdiA gene for control of cell division and differentiation2014
Author(s)
Ishihama, A., Shimada, K., Ogasawara, Y., Shimada, T., Yamada, K., Kori, A., Yamamoto, K. and Kawagishi, I
Organizer
法政大学マイクロナノテクノロジー研究開発センター公開シンポジウム
Place of Presentation
法政大学マルチメディアホール
Year and Date
20140125-20140125
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[Presentation] Transcription regulation by cAMP-CRP of the rmf gene for 10S ribosome formation2013
Author(s)
Yoshida, H., Shimada, T., Maki, Y., Furuike, S., Uea, M., Wada, C., Wada, A. and Ishihama, A.
Organizer
The 18th Annu. Meet. RNA Society
Place of Presentation
Dovos, Switzerland
Year and Date
20130611-20130616
