2015 Fiscal Year Annual Research Report
家族性及び同胞癌症例ゲノム解析による遺伝性癌原因遺伝子の同定とその応用
| Project/Area Number |
25430180
|
|---|
| Research Institution | Research Institute, Osaka Medical Center for Cancer and Cardiovascular Disaeses |
|---|
Principal Investigator |
久木田 洋児 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪府立成人病センター(研究所), 研究所, 主任研究員 (60372744)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
加藤 菊也 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪府立成人病センター(研究所), 研究所, 部門長 (60194809)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
|
| Keywords | 疾患関連遺伝子 / 癌 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
昨年に引き続き、収集した家族性癌が疑われる家系症例（昨年にエキソームシーケンスデータを産出した胃癌2家系、肉腫1家系）の解析を行った。これまでのところ原因と疑われるような異常を検出することが出来なかったが、今後も最新の変異データベースや新しい解析手法を利用した解析を続けていくつもりである。症例のゲノム解析と並行して、癌バイオマーカー開発に必要な、血液中や癌組織中に微量に含まれる癌細胞由来の変異DNA配列を高精度に検出する方法の開発を引き続き行った。昨年開発した方法では、バーコード配列タグを利用し、DNA分子高精度塩基配列決定及び絶対定量ができるので、本年度は、肺癌患者の血中遊離DNAを抽出・使用し、KRAS遺伝子変異の検出にその方法を応用した。高精度な配列決定ができるが、読み取りエラーを完全に無くすことはできない。それで、解析したDNA分子数と塩基配列情報を使い、エラーと真の変異を統計学的手法により区別する変異判定法を考案して変異の検出に用いた。肺癌患者では、EGFR遺伝子変異とKRAS遺伝子変異は相互排他的にみられることが知られているが、そのことと矛盾なく、EGFR遺伝子変異を持たない患者でのみKRAS変異が検出された。また、肺癌患者では通常突然変異が検出されないCTNNB1遺伝子の解析では、アミノ酸を変える変異は検出されなかった。これらの結果から、独自に開発した方法では、事前に癌組織中の変異の情報を知ることなく、癌患者の血中から癌組織の体細胞変異を検出できることを確認した。今後は、高精度塩基配列決定及び絶対定量の機能を保持したまま、解析領域を拡大する方向に技術を改良していく予定である。
|
Research Products
(8 results)
-
-
-
-
[Journal Article] Diagnostic Accuracy of Noninvasive Genotyping of EGFR in Lung Cancer Patients by Deep Sequencing of Plasma Cell-Free DNA.2015
Author(s)
Uchida J, Kato K, Kukita Y, Kumagai T, Nishino K, Daga H, Nagatomo I, Inoue T, Kimura M, Oba S, Ito Y, Takeda K, Imamura F
-
Journal Title
Clinical Chemistry
Volume: 61
Pages: 1191-1196
DOI
Peer Reviewed
-
-
-
-
