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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Folding mechanism of non-two-state proteins based on correlation analyses of kinetic folding data

Research Project

Project/Area Number 25440075
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

桑島 邦博  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 名誉教授 (70091444)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2017-03-31
Keywordsフォールディング / 速度論
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、Φ値解析などによってフォールディング開始部位が明らかにされている二状態蛋白質と非二状態蛋白質を対象として、フォールディング速度データと立体構造との間の相関解析を行い、非二状態蛋白質のフォールデイング分子機構の解明に寄与することを目的とする。28年度の研究実績を以下に示す。

(1) 蛋白質フォールディングの速度論データの収集:昨年度に引き続き,PubMedなどを利用した学術論文調査を行い,単一ドメイン球状蛋白質のフォールディング速度定数(kf)とフォールディングタイプ(二状態または非二状態)に関するデータを収集した。現在,データのエントリー数は,二状態蛋白質78個,非二状態蛋白質55個の計133個であるが,現在登録途上のものが6件ほどあるので,最終的にはエントリー数が140程度になる予定である。これは,現在まで知られている,蛋白質フォールディングのデータベースの中で,最大で最新のものとなる。このデータベース公開の準備のため,共同研究者である,韓国高等科学院Jooyounh Lee教授の研究室ホームページにデータベースをアップロード中である(URL: http://lee.kias.re.kr/~protein/wiki/doku.php?id=pkhd:view)。

(2) 蛋白質フォールディング速度データベースの温度補正に関する準備研究:平成28年度より,基盤研究(C)「速度データと天然構造の相関解析による蛋白質フォールディングの遷移状態の研究」を実施しており,その準備研究として,本研究で作成したデータベース中の,各蛋白質のフォールディング実験における測定温度の調査を行った。

Remarks

本研究で作成したデータベースを上記webページに公開予定である。

  • Research Products

    (7 results)

All 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 韓国高等科学院(韓国)

    • Country Name
      KOREA (REP. OF KOREA)
    • Counterpart Institution
      韓国高等科学院
  • [Presentation] Folding mechanism of Borrelia burgdorferi Osp A, a dumbbell-shaped two-domain protein2017

    • Author(s)
      Makabe, K. & Kuwajima, K.
    • Organizer
      The 3rd Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    • Place of Presentation
      Jeongsun-kun (Korea)
    • Year and Date
      2017-02-05 – 2017-02-09
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Relationship between the folding rate and structure-based parameters of globular proteins2016

    • Author(s)
      Manavalan, B., Kuwajima, K. & Lee, J.
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [Presentation] The problem of protein folding2016

    • Author(s)
      Kuwajima, K., Manavalan, B. & Lee, J.
    • Organizer
      The 16th KIAS Conference on Protein Structure
    • Place of Presentation
      Seoul (Korea)
    • Year and Date
      2016-09-22 – 2016-09-24
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Relationship between the folding rate and structure-based parameters of globular proteins2016

    • Author(s)
      Manavalan, B., Kuwajima, K. & Lee, J.
    • Organizer
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      2016-06-07 – 2016-06-09
  • [Presentation] The problem of protein folding2016

    • Author(s)
      Kuwajima, K., Manavalan, B. & Lee, J.
    • Organizer
      The 2nd Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    • Place of Presentation
      Gdansk (Poland)
    • Year and Date
      2016-05-28 – 2016-06-01
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] Protein Folding Database

    • URL

      http://lee.kias.re.kr/~protein/wiki/doku.php?id=pkhd:view

URL: 

Published: 2018-01-16   Modified: 2022-02-16  

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