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2014 Fiscal Year Research-status Report

核小体の形成メカニズムと栄養飢餓応答における役割

Research Project

Project/Area Number 25440089
Research InstitutionKumamoto University

Principal Investigator

斉藤 典子  熊本大学, 発生医学研究所, 准教授 (40398235)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywords細胞核構造 / 核小体 / 細胞ストレス / 画像解析
Outline of Annual Research Achievements

細胞核は遺伝の本体であるゲノムDNAを包括している場で、遺伝子の発現、複製、損傷修復など生命活動に重要な事象が起こる場である。核内には様々な構造体が存在し、これらの核内事象に関わる因子の局所密度をあげるなどして、それぞれ、複雑な制御に関わっている。核小体はリボソームRNA 遺伝子座を中心に形成され、リボソーム合成の場として機能する構造体である。核小体で構築されたリボソームは、その後核外に輸送され、細胞質におけるタンパク質一般の産生に機能する。また、リボソーム合成はrRNAの大量の転写をはじめとして、細胞内のエネルギーを大量に消費する過程であることから、核小体が細胞のエネルギー恒常性の維持や、栄養飢餓応答や細胞増殖制御などに密接に関わるとされているが、詳細な分子機序は不明である。本研究では、核小体の形成・維持に関わる因子を検索、同定し、作用機序を解明することで、核小体の本態を明らかにすることを目的としている。まず、siRNA ライブラリーを用いたハイコンテントスクリーニングをもとに、ノックダウンすることで核小体の形成に異常を示す、いわゆる“核小体ストレス”の状態を引きおこす因子を15程度同定し、これらを核小体形成関連因子とした。これらのノックダウンが、pre-rRNAの合成、細胞増殖などに影響があることを調べた。また、それぞれが示す核小体の形態変化を定量化、比較して、主に3種のタイプに分類されることを明らかにした。核小体の形成に関わる因子には、疾患に関わるものがあることから、それぞれの疾患における核小体機能の解析を行っている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

核小体の形成・維持に関わるメカニズムを解明するために、ノックダウンすることで核小体の形態に影響を与えるような因子を検索した。siRNAライブラリーと画像解析を組みあわせたハイコンテント解析により、核小体の形成不全や異形成などの形態変化を誘導する因子を15程度、同定した。さらに個々について精査したところ、ノックダウンによって、rRNAの転写、プロセッシング異常や細胞増殖の低下を誘導し、かつ疾患に関わる因子を見いだした。本研究は十分に進捗している

Strategy for Future Research Activity

前年度までの研究結果で得られた、核小体の形成・維持に関する候補因子15のうち、最も興味深いもの2つに焦点を絞り、その細胞機能を詳細に解析する。主に、エネルギー代謝やストレス応答機能にどのように関わるかについて、さらに疾患との関わりや病態における機能などについても解析する。

  • Research Products

    (29 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (24 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] A cluster of noncoding RNAs activates the ESR1 locus during breast cancer adaptation2015

    • Author(s)
      Tomita, S., Abdalla, M. O. A., Fujiwara, S., Matsumori, H., Maehara, K., Ohkawa, Y., Iwase, H., Saitoh, N., and Nakao, M.
    • Journal Title

      Nat. Commun

      Volume: - Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Computational image analysis of colony and nuclear morphology to evaluate human induced pluripotent stem cells2014

    • Author(s)
      Tokunaga, K., Saitoh, N.*, Goldberg, I. G., Sakamoto, C., Yasuda, Y., Yoshida, Y., Yamanaka, S., and Nakao, M.
    • Journal Title

      Sci. Rep

      Volume: 4 Pages: 6996

    • DOI

      10.1038/srep0699

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 機械学習による細胞形態の分類と推定2014

    • Author(s)
      斉藤典子、坂本智代美、松森はるか、中尾光善、Ilya G. Goldberg
    • Journal Title

      バイオ画像解析 手とり足とりガイド

      Volume: - Pages: 195-207

  • [Journal Article] クロマチン構造と核異型2014

    • Author(s)
      安田洋子 斉藤典子 藤原沙織 Mohamed O. Abdalla 松森はるか 坂本智代美 中尾光善
    • Journal Title

      病理と臨床

      Volume: 132 Pages: 789-795

  • [Presentation] ハイコンテントスクリーニングによる核小体の形成と維持に関わる分子の同定2015

    • Author(s)
      松森はるか、徳永和明、中尾光善、斉藤典子
    • Organizer
      第3回リボソームミーティング
    • Place of Presentation
      ANAホリデイ・イン リゾート宮崎(宮崎県・宮崎市)
    • Year and Date
      2015-03-17
  • [Presentation] Multiple non-coding RNAs Eleanors, create a large active chromatin domain of the ESR1 locus during breast cancer cell adaptation2014

    • Author(s)
      Saitoh, N., Tomita, S., Abdalla, M. O., Fujiwara, S and Nakao, M.
    • Organizer
      The 4D Nucleome 2014
    • Place of Presentation
      Aki Grand Hotel, Hiroshima, Japan
    • Year and Date
      2014-12-19
  • [Presentation] Identification of regulators for the nucleolar formation by high-content siRNA screening2014

    • Author(s)
      Matsumori, H., Tokunaga, K., Nakao, M., Saitoh N
    • Organizer
      The 4D Nucleome 2014
    • Place of Presentation
      Aki Grand Hotel, Hiroshima, Japan
    • Year and Date
      2014-12-19
  • [Presentation] Non-coding RNAs from nearby the ESR1 locus may function as a chromatin regulator in breast cancer cell adaptation to estrogen deprivation2014

    • Author(s)
      Fujiwara, S., Saitoh, N., Tomita, S., Abdalla, M. O. A., Iwase, H., and Nakao, M.
    • Organizer
      The 4D Nucleome 2014
    • Place of Presentation
      Hiroshima, Japan
    • Year and Date
      2014-12-18
  • [Presentation] Evaluation of the nuclear shapes in human cancer tissue2014

    • Author(s)
      Yasuda, Y., Tokunaga, K., Sakamoto, C., Saitoh, N., and Nakao M.
    • Organizer
      The 4D Nucleome 2014
    • Place of Presentation
      Hiroshima, Japan
    • Year and Date
      2014-12-18
  • [Presentation] ESR1遺伝子座近傍のnon-coding RNAは乳がん細胞のエストロゲン枯渇耐性獲得に関連している2014

    • Author(s)
      藤原沙織.、斉藤典子、冨田さおり、モハメド・オサマ・アブダラ、岩瀬弘敬、中尾光善
    • Organizer
      第32回染色体ワークショップ・第13回核ダイナミクス研究会合同開催
    • Place of Presentation
      安芸グランドホテル(広島県・廿日市市)
    • Year and Date
      2014-12-16
  • [Presentation] ハイコンテントスクリーニングと類似度解析による核小体形成メカニズムの解明2014

    • Author(s)
      松森はるか、徳永和明、中尾光善、斉藤典子
    • Organizer
      第32回染色体ワークショップ・第13回核ダイナミクス研究会合同開催
    • Place of Presentation
      安芸グランドホテル(広島県・廿日市市)
    • Year and Date
      2014-12-16
  • [Presentation] 腫瘍組織における細胞形態の数量的解析2014

    • Author(s)
      安田洋子、徳永和明、坂本智代美、斉藤典子、中尾光善
    • Organizer
      第32回染色体ワークショップ・第13回核ダイナミクス研究会 合同開催
    • Place of Presentation
      安芸グランドホテル(広島県・廿日市)
    • Year and Date
      2014-12-16
  • [Presentation] 乳がん細胞における非コードRNAクラウドを介したESR1 遺伝子座の活性化2014

    • Author(s)
      斉藤典子、冨田さおり、モハメド・オサマ・アブダラ、藤原沙織、松森はるか、中尾光善
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜 (神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-27
  • [Presentation] 乳がん細胞のエストロゲン枯渇耐性獲得におけるESR1クロマチンドメイン由来non-coding RNAの解析2014

    • Author(s)
      藤原沙織.、斉藤典子、冨田さおり、モハメド・オサマ・アブダラ、岩瀬弘敬、中尾光善
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-27
  • [Presentation] ハイコンテントスクリーニングによる核小体制御因子の同定とその分子機構の解明2014

    • Author(s)
      松森はるか、徳永和明、中尾光善、斉藤典子
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-26
  • [Presentation] 癌組織における細胞形態の定量的解析2014

    • Author(s)
      安田洋子、徳永和明、坂本智代美、斉藤典子、中尾光善
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-26
  • [Presentation] Analysis of Long Range Chromatin Interactions of the ESR1 Locus in Endocrine Therapy Resistant Breast Cancer Cells2014

    • Author(s)
      Abdalla, M. O. A, Saitoh, N., Tomita, S., Fujiwara, S., Maehara, K., Ohkawa, Y., and Nakao, M.
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県・横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25
  • [Presentation] The ESR1 gene activation is mediated by novel non-coding RNAs Eleanors in breast cancer cell adaptation2014

    • Author(s)
      Saitoh, N., Tomita, S., Abdalla, M. O. A., Fujiwara, S., and Nakao, M.
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia Conferences, RNA Biology
    • Place of Presentation
      Suzhou, China
    • Year and Date
      2014-11-13
  • [Presentation] Non-coding RNAs from ESR1 chromatin domain are involved in breast cancer adaptation to estrogen deprivation2014

    • Author(s)
      Fujiwara, S., Saitoh, N., Tomita, S., Abdalla, M. O. A., Iwase, H., and Nakao, M.
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia Conferences, RNA Biology
    • Place of Presentation
      Suzhou, China
    • Year and Date
      2014-11-11
  • [Presentation] 機械学習を用いた細胞核形態の定量化と細胞状態の評価2014

    • Author(s)
      斉藤典子、徳永和明、松森はるか、 安田洋子、Ilya G Goldberg、中尾光善
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館 (京都府・京都市)
    • Year and Date
      2014-10-15
    • Invited
  • [Presentation] Non-coding RNAs from ESR1 chromatin domain are involved in breast cancer adaptation to estrogen deprivation2014

    • Author(s)
      Fujiwara, S., Saitoh, N., Tomita, S., Abdalla, M. O. A., Iwase, H., and Nakao, M.
    • Organizer
      KEY Forum:From Stem Cells to Organs
    • Place of Presentation
      Kumamoto City Medical Association, Kumamoto, Japan.
    • Year and Date
      2014-09-04
  • [Presentation] Analysis of Long Range Chromatin Interactions of the ESR1 Locus in Breast Cancer Under Estrogen Deprivation2014

    • Author(s)
      Abdalla, M. O A., Saitoh, N., Tomita, S., and Nakao, M.
    • Organizer
      Key forum: From Stem Cells to Organs
    • Place of Presentation
      Kumamoto City Medical Association, Kumamoto, Japan.
    • Year and Date
      2014-09-04
  • [Presentation] Novel non-coding RNAs Eleanors, activate the ESR1 locus during breast cancer cell adaptation2014

    • Author(s)
      Saitoh, N., Tomita, S., Abdalla, M. O. and Nakao, M
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory Meeting: Nuclear Organization and Function
    • Place of Presentation
      Cold Spring Harbor, NY, USA
    • Year and Date
      2014-08-21
  • [Presentation] High-content RNAi screening for regulators for the nucleolus2014

    • Author(s)
      Matsumori, H., Tokunaga, K., Nakao, M., and Saitoh N
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory meeting for the Nuclear Organization & Function
    • Place of Presentation
      Cold Spring Harbor, NY, USA
    • Year and Date
      2014-08-21
  • [Presentation] ER陽性乳がん細胞のエストロゲン枯渇下における遺伝子変化の解析2014

    • Author(s)
      藤原沙織.、斉藤典子、冨田さおり、モハメド・オサマ・アブダラ、岩瀬弘敬、中尾光善
    • Organizer
      第22回日本乳癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      大阪国際会議場(大阪府・大阪市)
    • Year and Date
      2014-07-10
  • [Presentation] 核内構造体の形成機序と機能2014

    • Author(s)
      斉藤典子、松森はるか、モハメド・オサマ・アブダラ、藤原沙織、安田洋子、中尾光善
    • Organizer
      第66回日本細胞生物学会大会
    • Place of Presentation
      新公会堂(奈良県・奈良市)
    • Year and Date
      2014-06-11
    • Invited
  • [Presentation] 細胞核形態画像と機械学習を用いた細胞状態の評価2014

    • Author(s)
      斉藤典子、松森はるか、安田洋子、坂本智代美、Ilya G Goldberg、中尾光善
    • Organizer
      バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2014
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県・岡崎市)
    • Year and Date
      2014-06-09
  • [Presentation] 癌組織における細胞形態の定量的解析2014

    • Author(s)
      安田洋子、徳永和明、坂本智代美、斉藤典子、中尾光善
    • Organizer
      バイオイメージ・インフォマティクスワークショップ2014
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター (愛知県・岡崎市)
    • Year and Date
      2014-06-09
  • [Remarks] http://www.imeg.kumamoto-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2016-05-27  

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