2015 Fiscal Year Research-status Report
体細胞エピゲノム情報の系統解析による哺乳類の細胞系譜および細胞分化過程の推定
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25440186
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
小柳 香奈子 北海道大学, 情報科学研究科, 准教授 (20362840)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 系統解析 / 細胞分化 / エピジェネティクス / DNAメチル化 / 細胞系譜 / 祖先復元 / 遺伝子発現 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、体細胞エピゲノム情報の系統解析から哺乳類の細胞系譜を構築し、さらに推定された細胞系譜の祖先節の形質状態を推定することにより、発生過程の各種細胞のエピジェネティック修飾状態の推定し、細胞分化過程を理解することを目的としている。2013年度および2014年度の研究においては、血球系細胞をモデルケースとして解析を行ったが、本年度はそこで得られた知見に基づき、ヒト成体の各種細胞への応用を試みた。具体的には、ENCODEプロジェクトから公開されているヒト成体（肺、胃、肝臓、膵臓、腎臓、副腎、骨芽細胞、骨格筋、心膜、左心室、心筋、子宮筋、脳、皮膚、乳房、子宮、精巣、胎盤、メラニン細胞、白血球、線維芽細胞）の各種細胞のゲノムワイドなDNAメチル化情報を用いて系統解析を行った。その結果、胃・肝臓・肺などの内胚葉由来の器官、脳や腺などの外胚葉由来の器官、骨芽細胞や線維芽細胞などの中胚葉由来の器官、生殖器官、心筋や子宮筋などの筋組織は、それぞれ系統樹上で単系統群をなすことが示された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
ENCODEプロジェクトの公開データはデータ量が多く、2013年度および2014年度に用いた血球系細胞のデータとの違いもあり、祖先節の推定および遺伝子発現セットの推定には至らなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
ENCODEプロジェクトのデータを用いて推定したヒト各種成体細胞の系統樹について、祖先節推定および遺伝子発現セットの変遷過程の推定を行うことで、各種細胞が分化する過程で発現する遺伝子セットの変遷過程を明らかにする。
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| Causes of Carryover |
研究成果をまとめ、論文の投稿・出版を行いたいため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
論文の投稿・出版にあたり必要な英文校閲費、再解析のための解析サーバレンタル費や物品費、論文出版費にあてる。
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Research Products
(2 results)
