2015 Fiscal Year Annual Research Report
昆虫類核ゲノムに転移した細菌由来遺伝子群の探索とその進化的役割
| Project/Area Number |
25440195
|
|---|
| Research Institution | The Open University of Japan |
|---|
Principal Investigator |
二河 成男 放送大学, 教養学部, 教授 (70364916)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
|
| Keywords | 遺伝子水平転移 / 共生 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度に引き続き、GenBankで公開されている昆虫のゲノムプロジェクトデータを用い水平転移遺伝子の探索を試みた。これらの水平転移遺伝子の中でも、その由来が共生細菌となるものに注目している。そこで、共生細菌を保持する種、あるいは比較的近縁種に共生細菌を保持するものに着目して、解析を進めた。DNAなどが手に入る可能性があるものの中から、現時点では、ハエの仲間から1種、カイガラムシの仲間から1種、ウンカの仲間から2種、キジラミの仲間から1種、カメムシの仲間から4種を重点的に調べている。候補遺伝子は得られつつあるが、その同定までには至っていない。
問題点は、相同検索だけでは多数の候補が選択されてしまう点にある。長さの短いDNA断片や細菌ゲノムDNA由来の断片などの、コンタミ由来の塩基配列を除く仕組みを導入した。これによって検出候補がより妥当なものになった。今後は、このデータを元に、より網羅的な相同性検索や系統解析を行うことにより、水平転移遺伝子の同定とその進化について解析を進めていく。
また、先に示したように、共生細菌との関係が重要であり、ゲノムデータ中には共生細菌ゲノムが混入する場合もある。その場合はどのような結果が得られるかを、アブラムシゲノムで一部解析した。それに伴い、アブラムシの共生細菌のゲノム解析も行っており、アブラムシのある共生細菌ゲノムデータについて、その近縁な昆虫寄生性細菌との比較解析を行った。
|
