2013 Fiscal Year Research-status Report
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25440218
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | Tamagawa University |
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Principal Investigator |
渡辺 京子 玉川大学, 農学部, 教授 (70276682)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 子嚢菌 / 分子系統 / 交配型関連遺伝子 / 分類 |
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| Research Abstract |
１．Pestalotiopsis関連菌群の有性世代を形成する菌、交配型遺伝子MAt1-1をもつ菌株の探索を熱帯を中心に行った。採集菌株数はPestalotiopsis属を中心に約1000株である。
２．本菌群の系統解析がITS領域、B-tublin遺伝子およびEF遺伝子を用いるのが有効との論文報告がなされた。この報告に従い、交配型遺伝子を基にした系統樹と比較することを目的にITS領域とB-tublin領域の塩基配列の解析をほぼ終了させた。
３．交配型遺伝子については、2菌株について次世代シーケンスの結果から交配型遺伝子およびその周辺領域の解析を行っている。また、その他の菌株については両データから設計したMAT1-2HMGBox領域のPCRを行い系統解析を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本菌群に有効な遺伝子としてITS領域、B-tublin遺伝子およびEF遺伝子が報告されたことで、これらの解析結果から次世代シーケンスを行う菌株の選抜を行うこととした。そのため、次世代シーケンス解析が遅れ、交配型遺伝子全長の解析が遅れている。しかし、いずれは既報の有効とされるこれらの遺伝子による解析結果と本研究の目的である交配型遺伝子による系統解析とを比較する必要があるため、研究の順番が前後したと考えている。
やや遅れているとした理由は、次世代シーケンスの結果がまだ2菌株分しか得られていないためである。
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| Strategy for Future Research Activity |
本菌群の有性世代をもつ菌はへテロタリックである可能性が高いので、MAT1-1遺伝子とMAT1-2遺伝子の関係を解明する上で不可欠である。これについては引き続き探索を行う。なお現在は3菌株を得ている。
一方、本題である解析は現有の菌株を用いて進めていくことができる。膨大な菌株の中から本研究の解析に用いる菌株を選抜した。また既報では比較的OTUの少ないクレードに熱帯産の菌株が加えられた。今後はPCRを行う力仕事で研究成果は得られると期待している。
唯一の懸念材料は、MAT1-１をもつ菌が得られないことである。その際は、MAT1-2遺伝子をもつ膨大な数の菌株のみで系統解析を行う。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
平成25年度は次世代シーケンスでの解析に適した菌株を採集し、選抜することに時間を要した。現在、その中から次世代シーケンスでの解析依頼をしており、平成26年度に支払うことになる。また、体調を壊したことから、カナダでの菌類採集を計画していながら実施できなかった。消耗品費については、PCR関連キット等への支出が予定より多くなった。
次世代シーケンスやPCR産物のシーケンシングを行う。また、引き続き有性世代を有する菌を探索する。カナダでの菌類探索と研究協力者との打ち合わせ等を行う。
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Research Products
(2 results)
