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2015 Fiscal Year Annual Research Report

分岐年代推定に関わる諸問題

Research Project

Project/Area Number 25440219
Research InstitutionThe Institute of Statistical Mathematics

Principal Investigator

長谷川 政美  統計数理研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 名誉教授 (60011657)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 足立 淳  統計数理研究所, 大学共同利用機関等の部局等, 准教授 (30370092)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywords古顎類 / 古代DNA解析 / ゴンドワナ超大陸 / エピオルニス科 / 分岐年代 / 二ホンツキノワグマ / アジアクロクマ
Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的は、分岐年代推定の信頼できる方法を確立することである。
現生の古顎類鳥類はすべて南半球に分布するため、ゴンドワナ超大陸起源と考えられていた。ここでは頑健な分岐年代推定が必須だが、そのために密なtaxon samplingが重要だ。しかし古顎類は起源が古い割に現生系統が少ないために、絶滅した系統も含めた解析が望まれる。我々は、完新世に絶滅したマダガスカルのエピオルニス科2属の古代DNA解析を行い、ミトコンドリアゲノムの全塩基配列と核ゲノムの約74,000bpの配列決定を行い、現生種データと併せて解析し、従来の定説を覆す結果を得た。
古顎類進化がゴンドワナ超大陸の分断とあわせて進んできたという従来の説が成り立つためには、我々の得た分岐年代は若過ぎる。Prumら(2015)は鳥類全体のTime-treeを発表したが、分岐年代推定に関しては我々のと多くの点で矛盾する。外群のとり方で彼らの解析には致命的な欠陥があるが、我々の推定値はcalibrationのとり方に依存しない頑健なものであることが示された。
リトルニスという初期の古顎類化石が北半球で見つかっているが、収斂進化の影響を受けない形態形質を解析した結果、これが古顎類系統樹の根元から由来していることが分かった。また現生種のなかでダチョウが根元から派生していることを考慮すると、興味深い可能性が浮上した。ダチョウは現在はアフリカに限られるが、かつてはユーラシアにも分布していた。これらのことから、古顎類はもともと北半球で進化したものが、北米から南米に渡り、当時陸続きであった南極、オーストラリアへと分布を広げた可能性が高い。
二ホンツキノワグマはアジアクロクマの一亜種であるが、アジアクロクマの亜種間の進化やその時間スケールに関しては不明なことが多かった。我々はミトコンドリアゲノムの解析により、二ホンツキノワグマの進化についての新たな知見を得た。

  • Research Products

    (3 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results)

  • [Int'l Joint Research] 復旦大学生命科学学院(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      復旦大学生命科学学院
  • [Journal Article] Cretaceous origin of the giant rhinoceros beetles (Dynastini; Coleoptera) and the correlation of their evolution with Pangean breakup2016

    • Author(s)
      Haofei Jin, Takahiro Yonezawa, Yang Zhong, Hirohisa Kishino, Masami Hasegawa
    • Journal Title

      Genes & Genetic Systems

      Volume: 0 Pages: 0

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Phylogeographic and demographic analysis of the Asian black bear (Ursus thibetanus) based on mitochondrial DNA2015

    • Author(s)
      Jiaqi Wu, Naoki Kohno, Shuhei Mano, Yukio Fukumoto, Hideyuki Tanabe, Masami Hasegawa, Takahiro Yonezawa
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 10 (9) Pages: e0136398

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0136398

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant

URL: 

Published: 2017-01-06  

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