2015 Fiscal Year Research-status Report
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25450098
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| Research Institution | Gifu University |
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Principal Investigator |
横山 慎一郎 岐阜大学, 応用生物科学部, 特別協力研究員 (30291008)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 徹 岐阜大学, 応用生物科学部, 教授 (20235972)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 腸内細菌 / イソフラボン / ゲノム / 遺伝子マーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
当初の事業計画においては、研究開始２年目においてゲノムシークエンスの解析を終了させている予定であったが、ゲノム解析に供する腸内細菌が難培養の嫌気性菌であり、抽出に要する菌量を得るのに日数を要するのに加え、解析に必要なRNAの混入を排除し断片化を抑えた、塩基配列解析装置（Pac-Bio RS II）に供するため要求されるクオリティーを満たしたゲノムを必要量得るために多大な試行錯誤を繰り返し、イソフラボン代謝腸内細菌3菌株（Asaccharobacter celatus JCM 14811、Slackia equolifaciens JCM 16059、Slackia isoflavoniconvertens JCM 16137）の塩基配列解析が大幅に遅延した。しかし培養における培地成分の見直し、抽出における溶菌手法、夾雑物の除去、および溶出液のpH等の諸条件の見直しを行うことで現在は本課題の解決に成功し、塩基配列の解析については３菌株ともに完了した。現在比較ゲノム解析を進めており、特に大豆イソフラボンの一種であるdaidzeinを中間代謝物であるdihydrodaidzeinおよびtetrahydrodaidzeinへ、さらに最終代謝物であるequolへ変換するのにかかわる４つの酵素遺伝子については解析が完了し、これまでに解析されたイソフラボン代謝腸内細菌の当該遺伝子群は大別して３つの系統学的グループに分けられることを明らかにした。現在は当該遺伝子を主として、遺伝子マーカーとしての可能性を調査している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
ゲノム解析に供する腸内細菌の培養と、解析に必要なクオリティーおよび量ののゲノムの抽出に困難をきたしたため。現在は本項目をクリアし、ゲノム解析に着手している。
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| Strategy for Future Research Activity |
以前我々の解析したEggerthella sp.YY7918株、他者により解析されたAdlercreutzia equolifaciens JCM 14793株に加え、今回新たにシークエンス解析を行った３菌株のゲノム情報を用い、比較ゲノム解析を行い、特徴的な遺伝子を見出すことにより、遺伝子マーカーの構築を行う。
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| Causes of Carryover |
ゲノム解析に供する細菌の培養と、解析に必要なクオリティーおよび量ののゲノムの抽出に困難をきたしたため、イソフラボン代謝腸内細菌3菌株のゲノム解析に遅延が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
現在は本項目をクリアし、ゲノム解析に着手している。現在比較ゲノム解析を進めており、イソフラボン代謝腸内細菌に特徴的ないくつかの遺伝子について、遺伝子マーカーとしての可能性を調査している。次年度使用額はマーカー構築にかかる経費に充当する。
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