2013 Fiscal Year Research-status Report
先史時代における有用樹種クヌギおよびイチイガシの遺伝構造
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25450206
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
齊藤 陽子 東京大学, 農学生命科学研究科, 助教 (00302597)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
黒河内 寛之 東京大学, アジア生物資源環境研究センター, 助教 (00609000)
井出 雄二 東京大学, 農学生命科学研究科, 教授 (90213024)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 遺伝構造 / ドングリピット / 葉緑体DNA |
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| Research Abstract |
有用樹木の遺伝構造は、自然のプロセスである進化や種分化、分布変遷のみならず、人間による種苗移動や栽培化により形成される。クヌギやイチイガシは、日本列島において人間により食糧や道具として長期間利用されてきた。従って人間による種苗移動により遺伝構造が自然のものとは異なる可能性がある。この２種は、先史時代の遺跡から堅果が発掘されるため、その堅果のDNA分析により先史時代の遺伝構造を明らかにすることが可能で
あると考えられる。そこで本研究ではこの２樹種について、先史時代の遺伝構造を明らかにし、現在の遺伝構造と比較することにより、現在の両種の分布に対する人為的影響の有無や現在生育している個体の由来を明らかにすることを目的とする。本年度は、イチイガシの現在の遺伝構造を明らかにし、また、ドングリピットからのサンプルの遺伝解析手法を確立することを目指した。
イチイガシの現在の遺伝構造については、日本および中国本土、台湾の全28集団よりサンプルを収集し、葉緑体シーケンスを行った。その結果、遺伝構造を明らかにすることができ、イチイガシの現在の遺伝構造には地域性があることが分かった。一方で、飛び地的なハプロタイプの分布もあり、人為による移動も行われていたことが考えられた。
ドングリピットからのサンプルは、大阪市立自然史博物館の協力により、イチイガシ堅果９サンプル、葉１サンプルおよびクヌギ堅果２サンプルを入手することができた。しかし長年エタノールに保存されていたサンプルで、DNAの抽出および増幅は成功に至らなかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
本研究の目的は、古代有用樹木の遺伝構造に人為が与えた影響を明らかにするために、先史時代と現在のイチイガシとクヌギの遺伝構造を明らかにすることである。そのために、今年度はイチイガシの現在の遺伝構造を明らかにするためサンプリングと遺伝解析を行った。その結果、現在の遺伝構造が人為の影響を受けているが、その影響は限定的であろうと考えられた。しかし、先史時代の遺伝構造については、サンプルを入手することはできたが、遺伝解析手法を確立することができず、研究の達成度はやや遅れていると判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
今年度、ドングリピットからの試料のDNAを分析する手法を確立することができなかった。そのため、さらに、様々な手法を試みる。また、今年度使用したサンプルが長年エタノールに浸けて保存されていたため解析が難しかった可能性がある。そのため、本年度はより新鮮なサンプルを入手する努力を重ねる。具体的には、市町村の教育委員会などに直接連絡をとり、提供可能なサンプルがないかを問い合わせる。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
本年度は、入手したドングリピットのサンプルからのDNA抽出および遺伝解析手法を確立することができなかった。そのため、複数のDNA分析やシーケンスなどの次のステップに進むことができず、次年度使用額が生じた。
次年度は、ドングリピットのサンプルから確実にDNAを抽出し解析する方法の確立を目指す。そのための分析試薬の購入に使用する。一方で、今年度使用したサンプルがエタノールで保存されていたため分析が難しかった可能性も考えられる。そのため、次年度はより新鮮なサンプルを入手するため、全国の市町村教育委員会に、サンプルの有無や提供の可能性を問い合わせる。そのための通信費や旅費としても使用する。
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