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2013 Fiscal Year Research-status Report

エピゲノム改変を基点としたブタ有用形質発現とヒト生活習慣病病態の総合理解

Research Project

Project/Area Number 25450472
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Research InstitutionMeiji University

Principal Investigator

大鐘 潤  明治大学, 農学部, 講師 (50313078)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Keywordsエピジェネティクス / エピゲノム改変 / 非コードRNA / 食肉形質 / 生活習慣病
Research Abstract

平成25年度は、ブタ個体より摘出した骨格筋、脂肪組織および脂肪前駆細胞について、バイサルファイト変換したゲノムDNAからのPCR産物を用いて、次世代シーケンサーMiSeqでのウルトラディープシーケンスによるDNAメチル化解析を行った。これらの組織に加えて個体の成長、筋肉・脂肪量の増減および生活習慣病の発症にも重要な働きをする脳下垂体、肝臓で発現する転写因子、ホルモン、脂質代謝因子などの重要遺伝子についても同様にMiSeqを用いたDNAメチル化解析を行った。これにより、筋肉・脂肪への分化、個体の成長および筋肉・脂肪量を制御する200遺伝子程度のDNAメチル化解析を終了した。また組織特異的に非メチル化状態となるプロモーター領域を探索するために、CpGアイランド近傍のCpGショアに注目し、GCリッチな認識配列を持つ制限酵素による切断断片長を指標とした濃縮を試みた。これにより、ゲノム上の遺伝子プロモーター領域でDNAメチル化制御を受けやすい領域のみに焦点を当て、解析する総配列長を限定したプロモーターDNAメチル化解析を行うことで、DNAメチル化解析後のインフォーマティクス解析を容易にし、簡易型次世代シーケンサーでほ乳類のDNAメチル化解析を行うための基盤を構築した。さらにブタおよびヒト、マウスのゲノム、転写物データベースからDNAメチル化解析を行った200遺伝子を中心として、プロモーター領域に内在性アンチセンス非コード(ASnc)RNAを持つものを抽出した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

食肉形質および生活習慣病態に関連する筋肉・脂肪および脳下垂体・肝臓の主要遺伝子を中心とした次世代シーケンサーによるDNAメチル化解析系を構築するとともに、それらの遺伝子でプロモーター領域に存在する内在性ASncRNAを同定し、ASncRNAを標的としたエピゲノム改変により食肉形質改善や生活習慣病態発症機序の解明につながる基盤を構築することが出来た。

Strategy for Future Research Activity

平成26年度以降は、脂肪前駆細胞から脂肪細胞への再分化、筋肉細胞への分化転換を行った細胞について前年度に構築した次世代シーケンサーによるDNAメチル化解析を行い、脂肪・筋肉への分化に重要な遺伝子のDNAメチル化状態の変化を明らかにする。また、内在性ASncRNA発現パターンおよびタンパク質のmRNA発現パターンをRT-PCR法により解析し、組織・細胞種特異的なDNAメチル化パターンとの相関を考慮したエピゲノム改変を行ってゆく予定である。

Expenditure Plans for the Next FY Research Funding

今年度は研究開始にあたって次世代シーケンサーによるDNAメチル化解析法の確立を行ったため、解析する組織数が当初計画より少なくなったため、次年度使用額が生じた。
平成25年度に解析を行わなかった組織・細胞について次世代シーケンサーによるDNAメチル化解析を行うために使用する予定である。

  • Research Products

    (11 results)

All 2013 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] DNA methylation profiles provide a viable index for porcine pluripotent stem cells.2013

    • Author(s)
      Arai Y, Ohgane J, Fujishiro SH, Nakano K, Matsunari H, Watanabe M, Umeyama K, Azuma D, Uchida N, Sakamoto N, Makino T, Yagi S, Shiota K, Hanazono Y, Nagashima H.
    • Journal Title

      Genesis

      Volume: 51 Pages: 763-776

    • DOI

      10.1002/dvg.22423

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Evaluation of porcine induced pluripotent stem cells based on the DNA methylation profile of mouse embryonic stem cell-specific hypomethylated loci.

    • Author(s)
      Arai Y, Ohgane J, Fujishiro S, Nakano K, Matsunari H, Watanabe M, Umeyama K, Azuma D, Uchida N, Sakamoto N, Makino T, Yagi S, Shiota K, Hanazono Y, Nagashima H
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      兵庫
  • [Presentation] 脂肪細胞分化に関わる遺伝子の発現制御

    • Author(s)
      内田奈緒美, 東大, 坂本望, 牧野智宏, 新井良和, 長嶋比呂志, 大鐘潤
    • Organizer
      第106回日本繁殖生物学会
    • Place of Presentation
      東京
  • [Presentation] ブタHnf1a、Hnf4aの肝臓特異的発現にはDNAメチル化とアンチセンス非コードRNAが関与する

    • Author(s)
      坂本望, 東大, 内田奈緒美, 牧野智宏, 新井良和, 長嶋比呂志, 大鐘潤
    • Organizer
      第106回日本繁殖生物学会
    • Place of Presentation
      東京
  • [Presentation] ブタにおけるFbn1遺伝子のエピジェネティック制御解析

    • Author(s)
      牧野智宏, 東大, 内田奈緒美, 坂本望, 新井良和, 松本守雄, 長嶋比呂志, 大鐘潤
    • Organizer
      第106回日本繁殖生物学会
    • Place of Presentation
      東京
  • [Presentation] 骨格筋分化抑制遺伝子MstnのDNAメチル化による発現制御

    • Author(s)
      東大, 内田奈緒美, 坂本望, 牧野智宏, 新井良和, 長嶋比呂志, 大鐘潤
    • Organizer
      第106回日本繁殖生物学会
    • Place of Presentation
      東京
  • [Presentation] マウス多能性幹細胞DNAメチル化プロフィールに基づくほ乳類の幹細胞評価:ブタiPS細胞を例として

    • Author(s)
      大鐘潤
    • Organizer
      明治大学・科学技術研究所シンポジウム
    • Place of Presentation
      神奈川
    • Invited
  • [Presentation] ゼブラフィッシュゲノムに存在する2種類のG2A相同遺伝子の機能解析

    • Author(s)
      一條祐太, 大鐘潤, 東森生, 松田恒平, 戸村秀明
    • Organizer
      第28回日本下垂体研究会
    • Place of Presentation
      岩手
  • [Presentation] 実物としてのマウス多能性幹細胞DNAメチル化プロフィールに基づく幹細胞評価:ブタiPS細胞を例として

    • Author(s)
      新井良和, 大鐘潤, 藤城修平, 中野和明, 塩田邦郎, 花園豊, 長嶋比呂志
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会
    • Place of Presentation
      奈良
  • [Presentation] エピジェネティック制御下にある新たなNodal遺伝子の制御領域

    • Author(s)
      新井大祐, 大鐘潤, 田中智, 塩田邦郎
    • Organizer
      日本エピジェネティクス研究会
    • Place of Presentation
      奈良
  • [Presentation] Epigenetic assessment of environmental chemicals using mouse embryonic stem cells.

    • Author(s)
      大鐘潤
    • Organizer
      AsiaCORD 2013
    • Place of Presentation
      兵庫
    • Invited

URL: 

Published: 2015-05-28  

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