2015 Fiscal Year Annual Research Report
新規キビ亜科モデル植物アワにおけるSSRマーカー開発・マッピング・野生集団解析
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25450501
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| Research Institution | Prefectural University of Hiroshima |
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Principal Investigator |
福永 健二 県立広島大学, 生命環境学部, 教授 (50435533)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大迫 敬義 京都府立大学, 生命環境科学研究科(系), 講師 (80363969)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | Setaria italica / SSRマーカー / 連鎖地図 / ゲノムワイド・インデルマーカー / ゲノム / 遺伝資源 / ハマエノコロ / 系統解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
アワゲノム全体を網羅する320のSSRマーカーを作出し、日本品種(JP71640)と台湾品種(JP73913)の間で多型のスクリーニングを行い、多型のあったものを用いて、F2集団142個体における連鎖地図を作成した。最終的に85個のSSRマーカーと6個の遺伝子からなる9の連鎖群全長1279.1 cMの連鎖地図を作成することができた。
また、QTL-seq法で穂の先が割れる形質であるネコデについてマッピングを行ったところ第9染色体に座乗していることが示唆されたが、この確認と地図上の位置の絞り込みにも作出したSSRが有効に用いることができることが明らかとなった。
さらに、SSRマーカーに加えて、JP73913のゲノムシークエンスデータを用いて164 のGenome wide indel マーカーを作出し、組換え近交系における連鎖地図作成や多様性解析に用いられることも明らかとなった。現在組換え近交系を用いて95のマーカーについてマッピング済である。なお、組換え近交系はF7世代まで世代を進めることができた。今後QTL解析などに応用する予定である。
もうひとつの課題である野生遺伝資源のハマエノコロについては、日本全国から19集団を採集し、京都府立大学農場において、エノコログサとともに栽培実験を行い、草丈、出穂まで日数、穂数、刺毛数などの形態的な特徴などのデータを得た。また、上記研究で得たSSRのうち9遺伝子座についてジェノタイピングを行い、系統樹を作成しており、ハマエノコロはエノコログサから多元的に分化した可能性があるという結論を得た。
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