2013 Fiscal Year Research-status Report
遺伝子コピー数変化による早期胃癌の進行期への進展リスク評価システムの構築
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25460454
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Research Institution | Shiga University of Medical Science |
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Principal Investigator |
杉原 洋行 滋賀医科大学, 医学部, 教授 (30171169)
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| Project Period (FY) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 未分化型胃癌 / アレイCGH解析 / 階層的クラスタリング / TP53 / MYC / 定量的PCR |
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| Research Abstract |
今年度はアレイCGHによる胃癌症例の追加を主として行い、これまで蓄積した症例を加えて論文にまとめた。粘膜病変を含む複数個所からサンプリングを行った未分化型胃癌29例63サンプルアのアレイCGH解析を行い、unsupervisedの条件で階層的クラスタリングを行った。遺伝子サイズだけでランダムに選んだ遺伝子を使い、また同一腫瘍の異なる部位のサンプルどうしは他の腫瘍より類似性が高いため、クラスタ内で隣接することを利用した。未分化型胃癌のアレイデータでこの内部対照を満たすためには、3個以上のプローブを含む、約5000遺伝子を使えばよいことがわかった｡クラスタリングの結果、層構造のある（LS+） UGCを多く含むクラスタAと 層構造が無く腺管成分のある（LS－/TC+）UGCを多く含むクラスタBとに分かれた。この両者を識別するために有用な、KIT、ETS1、RASファミリー遺伝子やTERTを含む40遺伝子をt検定（Bonferroni補正後）で同定した。両クラスタともTP53/MYCのコピー数からは、aggressiveパタン（TP53－ and/or MYC+）あるいは分類不能パタンを示し、dormantパタン（TP53+ and MYC－）をとるものは一例も無かった。このことは、浸潤傾向を示さない粘膜内癌も、いずれは進行癌になることを示している。
また、腺腫を含む小型の胃粘膜内腫瘍の内視鏡切除材料については、フェノタイプによる系譜解析を行った結果について論文にまとめ、その材料に対して、すでにアレイ解析を行い、現在、結果をまとめている。
定量的PCRでTP53、MYCを含む6遺伝子のコピー数を判定するためのプライマー候補をそれぞれ約10セット準備し、培養細胞を用いて使用可能な1～3セットを決定した。これらのプライマーセットを使ってアレイデータの確認を開始している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
アレイ解析は予定していた未分化型胃癌、分化型胃癌の転移巣と転移しにくい進行癌の比較以外に、腺腫を含む小型の胃粘膜内腫瘍へも応用を広げることができた。一方、定量的PCRのプライマーセットの設計も、TP53とMYC以外にaggressiveパタンとdormantパタンを識別するのに重要な４遺伝子について、それぞれの遺伝子に対して複数のセットを準備することができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
・腺腫を含む小粘膜内腫瘍、およびリンパ節転移例と非転移例との比較について、アレイ解析データをまとめて、論文にする。
・定量的PCRによるアレイCGHデータのvalidationを今年度中に終える。
・小粘膜内腫瘍については、昨年度論文にまとめたフェノタイプと組織形態のデータと、アレイCGHのデータを対比し、相互に相関があるかどうかを明らかにする。
・ESDでSM浸潤の確認できた癌でのアレイCGHの結果によって、その後の切除材料でリンパ節転移の有無をどの程度予知できるかを確認するための症例、および5年以上無再発のSM癌のESD症例、SM癌のESD後のリンパ節転移再発例の収集を行う。
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| Expenditure Plans for the Next FY Research Funding |
少額の残金を無理に使うことなく、次年度に回すことにした。
次年度の物品費として使用する。
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Research Products
(15 results)
