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2014 Fiscal Year Research-status Report

ヒト純化細胞を用いた肝多段階発がん過程におけるエピゲノムプロファイル解析

Research Project

Project/Area Number 25460487
Research InstitutionNational Cancer Center Japan

Principal Investigator

新井 恵吏  独立行政法人国立がん研究センター, 研究所, 主任研究員 (40446547)

Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
KeywordsDNAメチル化 / 肝細胞がん / ウイルス性肝炎
Outline of Annual Research Achievements

純化肝細胞の収集は引き続き行いつつ、既収集凍結組織検体を解析に加える方針とした。大腸がん肝転移症例等の正常肝組織36検体、肝細胞がん症例の非がん肝組織36検体、肝細胞がん組織24検体について、Infinium HumanMethylation450 BeadChip解析を行った。非がん肝組織において正常肝組織に比してすでに生じ、その異常が肝細胞がんに継承されるDNAメチル化の変化を示すCpG部位を21,106CpG検出した。肝細胞がん症例にはHBV陽性症例・HCV陽性症例の双方を含むように選択し、各肝炎ウイルス毎に肝発がんに寄与する可能性のあるDNAメチル化の変化を検出した。HCV陽性症例はHBV陽性症例に比してDNAメチル化異常の頻度が高く、HCV陽性症例ではDNAメチル化亢進の頻度が高いことがわかった。HBV特異的プロファイルは極めて少なく、一方でHCV特異的プロファイルはゲノム全体に高頻度で認められた。凍結組織と純化細胞による結果を比較すると、HBV陽性例の純化細胞において全体的なDNAメチル化減弱とCpGアイランドのDNAメチル化亢進のパターンが顕在化した点が異なっていたが、ゲノム全体を俯瞰したDNAメチル化パターンにおいては純化細胞と凍結組織に大きな差異はなかった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

純化肝細胞の解析予定数の減少を、既収集組織検体による解析を加えることで補っている。検体数を増やすことで統計解析における正確性を担保すると共に、純化細胞と血管・胆管・炎症細胞等を含む組織検体とのDNAメチル化プロファイルを比較することが可能になり、今後自他ともに増えていくとみられる、既収集組織バイオバンク試料を用いた観察研究の可能性について検討できると考えている。

Strategy for Future Research Activity

純化肝細胞のInfinium解析データのバイオインフォマティクス解析を行う。また、組織検体の検体数を増やし、Infiniumアレイ施行とデータ解析を行う。発がんに寄与する可能性のあるDNAメチル化プロファイル解析を進めると共に、純化細胞による結果と組織検体による結果を比較し、組織検体に混入していると思われる非肝細胞の結果に対する影響について検討する。

Causes of Carryover

10円未満の微小な残金であり、これのみでは研究に有用な使途がないため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

次年度交付額と合わせて、物品費等として使用する。

  • Research Products

    (20 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 6 results,  Acknowledgement Compliant: 5 results) Presentation (9 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Epigenetic clustering of gastric carcinomas based on DNA methylation profiles at the precancerous stage: its correlation with tumor aggressiveness and patient outcome.2015

    • Author(s)
      Yamanoi K, Arai E, Tian Y, Takahashi Y, Miyata S, Sasaki H, Chiwaki F, Ichikawa H, Sakamoto H, Kushima R, Katai H, Yoshida T, Sakamoto M, Kanai Y.
    • Journal Title

      Carcinogenesis

      Volume: 36 Pages: 509-520

    • DOI

      10.1093/carcin/bgv013.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Tumour multifocality and grade predict intravesical recurrence after nephroureterectomy in patients with upper urinary tract urothelial carcinoma without a history of bladder cancer.2015

    • Author(s)
      Narukawa T, Hara T, Arai E, Komiyama M, Kawahara T, Kanai Y, Fujimoto H.
    • Journal Title

      Jpn J Clin Oncol

      Volume: 45 Pages: 488-93

    • DOI

      10.1093/jjco/hyv019

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Silencing of microRNA-122 is an early event during hepatocarcinogenesis from non-alcoholic steatohepatitis.2014

    • Author(s)
      Takaki Y, Saito Y, Takasugi A, Toshimitsu K, Yamada S, Muramatsu T, Kimura M, Sugiyama K, Suzuki H, Arai E, Ojima H, Kanai Y, Saito H.
    • Journal Title

      Cancer Sci

      Volume: 105 Pages: 1254-60

    • DOI

      10.1111/cas.12498

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Epigenetic clustering of lung adenocarcinomas based on DNA methylation profiles in adjacent lung tissue: Its correlation with smoking history and chronic obstructive pulmonary disease.2014

    • Author(s)
      Sato T, Arai E, Kohno T, Takahashi Y, Miyata S, Tsuta K, Watanabe S, Soejima K, Betsuyaku T, Kanai Y.
    • Journal Title

      Int J Cancer

      Volume: 135 Pages: 319-34

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Multilayer-omics analysis of renal cell carcinoma, including the whole exome, methylome and transcriptome.2014

    • Author(s)
      Arai E, Sakamoto H, Ichikawa H, Totsuka H, Chiku S, Gotoh M, Mori T, Nakatani T, Ohnami S, Nakagawa T, Fujimoto H, Wang L, Aburatani H, Yoshida T and Kanai Y.
    • Journal Title

      Int J Cancer

      Volume: 135 Pages: 1330-42

    • DOI

      10.1002/ijc.28768

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Multilayer-omics analyses of human cancers: exploration of biomarkers and drug targets based on the activities of the International Human Epigenome Consortium.2014

    • Author(s)
      Kanai Y, Arai E.
    • Journal Title

      Front Genet

      Volume: 5 Pages: 24

    • DOI

      10.3389/fgene.2014.00024

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Comprehensive exploration of novel chimeric transcripts in clear cell renal cell carcinomas using whole transcriptome analysis.2014

    • Author(s)
      Gotoh M, Ichikawa H, Arai E, Chiku S, Sakamoto H, Fujimoto H, Hiramoto M, Nammo T, Yasuda K, Yoshida T and Kanai Y.
    • Journal Title

      Genes Chromosomes Cancer

      Volume: 53 Pages: 1018-32

    • DOI

      10.1002/gcc.22211

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Prognostication of patients with clear cell renal cell carcinomas based on quantification of DNA methylation levels of CpG island methylator phenotype marker genes.2014

    • Author(s)
      Tian Y, Arai E, Gotoh M, Komiyama M, Fujimoto H and Kanai Y.
    • Journal Title

      BMC Cancer

      Volume: 14 Pages: 772

    • DOI

      10.1186/1471-2407-14-772

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 多層的オミックス解析に基づく診断薬・治療薬シーズ同定2014

    • Author(s)
      金井弥栄,新井恵吏
    • Journal Title

      病理と臨床

      Volume: 32 Pages: 830-8

  • [Journal Article] 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム (IHEC)の展開.2014

    • Author(s)
      金井弥栄,新井恵吏
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 32 Pages: 3030-6

  • [Presentation] 逆行分析前方シミュレーションモデルを用いた腎細胞がんのバイオマーカーならびに治療標的分子の同定2014

    • Author(s)
      新井恵吏、高橋順子、坂本裕美、尾野雅哉、宮田彩香、藤元博行、山田哲司、吉田輝彦、金井弥栄
    • Organizer
      日本癌学会第73回学術総会
    • Place of Presentation
      横浜市
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [Presentation] 腎細胞がんに発現する新規融合遺伝子の同定2014

    • Author(s)
      後藤政広、市川仁、新井恵吏、知久季倫、坂本裕美、藤元博行、平本正樹、南茂隆生、安田和基、吉田輝彦、金井弥栄
    • Organizer
      日本癌学会第73回学術総会
    • Place of Presentation
      横浜市
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [Presentation] 非小細胞肺がんにおけるPTPRHのDNA低メチル化と予後への関与2014

    • Author(s)
      佐藤崇、副島研三、新井恵吏、浜本純子、安田浩之、荒井大輔、石岡宏太、扇野圭子、楢木克彦、河野隆志、渡辺俊一、金井弥栄、別役智子
    • Organizer
      日本癌学会第73回学術総会
    • Place of Presentation
      横浜市
    • Year and Date
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [Presentation] CpGアイランドメチル化形質陽性腎淡明細胞がんの多層的オミックス解析2014

    • Author(s)
      新井恵吏、坂本裕美、尾野雅哉、高橋順子、宮田彩香、藤元博行、後藤政広、山田哲司、金井弥栄
    • Organizer
      第103回日本病理学会総会
    • Place of Presentation
      広島市
    • Year and Date
      2014-04-24 – 2014-04-26
  • [Presentation] CpGアイランドメチル化形質陽性腎細胞がんのDNAメチル化診断法の開発2014

    • Author(s)
      田迎、新井恵吏、後藤政広、藤元博行、金井弥栄
    • Organizer
      第103回日本病理学会総会
    • Place of Presentation
      広島市
    • Year and Date
      2014-04-24 – 2014-04-26
  • [Presentation] 腎細胞がんに発現する新規融合遺伝子の同定2014

    • Author(s)
      後藤政広、市川仁、新井恵吏、知久季倫、坂本裕美、藤元博行、安田和基、吉田輝彦、金井弥栄
    • Organizer
      第103回日本病理学会総会
    • Place of Presentation
      広島市
    • Year and Date
      2014-04-24 – 2014-04-26
  • [Presentation] 胃がん症例の非がん胃粘膜におけるDNAメチル化プロファイルが、がんの悪性度・症例の予後と相関する2014

    • Author(s)
      山ノ井一裕、新井恵吏、高橋順子、宮田彩香、九嶋亮治、片井均、坂元亨宇、金井弥栄
    • Organizer
      第103回日本病理学会総会
    • Place of Presentation
      広島市
    • Year and Date
      2014-04-24 – 2014-04-26
  • [Presentation] Multilayer omics analyses in CpG island methylator phenotype clear cell renal cell carcinomas2014

    • Author(s)
      Arai E, Sakamoto H, Ono M, Takahashi Y, Miyata S, Fujimoto H, Gotoh M, Yamada T, Kanai Y.
    • Organizer
      American Association of Cancer Research 105th Annual Meeting 2014
    • Place of Presentation
      San Diego, CA, USA
    • Year and Date
      2014-04-05 – 2014-04-09
  • [Presentation] Epigenetic clustering of gastric carcinoma based on DNA methylation profiles at the precancerous stage: its correlation with tumor aggressiveness and patient outcome2014

    • Author(s)
      Yamanoi K, Arai E, Takahashi Y, Miyata S, Kushima R, Katai H, Sakamoto M, Kanai Y.
    • Organizer
      American Association of Cancer Research 105th Annual Meeting 2014
    • Place of Presentation
      San Diego, CA, USA
    • Year and Date
      2014-04-05 – 2014-04-09
  • [Remarks] 国立がん研究センター研究所 分子病理分野 研究内容

    • URL

      http://www.ncc.go.jp/jp/nccri/divisions/01path/01path01.html

URL: 

Published: 2016-05-27  

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